-
1
-
-
43849093505
-
-
Freddolino, P. L.; Liu, F.; Gruebele, M.; Schulten, K. Biophys. J. 2008, 94, L75
-
(2008)
Biophys. J.
, vol.94
, pp. 75
-
-
Freddolino, P.L.1
Liu, F.2
Gruebele, M.3
Schulten, K.4
-
3
-
-
44949111351
-
-
Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Klepeis, J. L.; Arkin, I. T.; Jensen, M. Ø.; Xu, H.; Trbovic, N.; Friesner, R. A.; Palmer, A. G.; Shaw, D. E. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6155
-
(2008)
J. Phys. Chem. B
, vol.112
, pp. 6155
-
-
Maragakis, P.1
Lindorff-Larsen, K.2
Eastwood, M.P.3
Dror, R.O.4
Klepeis, J.L.5
Arkin, I.T.6
Jensen M.Ø7
Xu, H.8
Trbovic, N.9
Friesner, R.A.10
Palmer, A.G.11
Shaw, D.E.12
-
5
-
-
4043057278
-
-
Patel, S.; Mackerell, A. D., Jr.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1504
-
(2004)
J. Comput. Chem.
, vol.25
, pp. 1504
-
-
Patel, S.1
Mackerell Jr., A.D.2
Brooks, C.L.3
-
6
-
-
2942532422
-
-
Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157
-
(2004)
J. Comput. Chem.
, vol.25
, pp. 1157
-
-
Wang, J.1
Wolf, R.M.2
Caldwell, J.W.3
Kollman, P.A.4
Case, D.A.5
-
7
-
-
33748518255
-
-
Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 712
-
(2006)
Proteins: Struct., Funct., Bioinf.
, vol.65
, pp. 712
-
-
Hornak, V.1
Abel, R.2
Okur, A.3
Strockbine, B.4
Roitberg, A.5
Simmerling, C.6
-
8
-
-
33847607391
-
-
Xu, Z.; Luo, H. H.; Tieleman, D. P. J. Comput. Chem. 2007, 28, 689
-
(2007)
J. Comput. Chem.
, vol.28
, pp. 689
-
-
Xu, Z.1
Luo, H.H.2
Tieleman, D.P.3
-
9
-
-
17844363454
-
-
Soares, T. A.; Hünenberger, P. H.; Kastenholz, M. A.; Krâutler, V.; Lenz, T.; Lins, R. D.; Oostenbrink, C.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2005, 26, 725
-
(2005)
J. Comput. Chem.
, vol.26
, pp. 725
-
-
Soares, T.A.1
Hünenberger, P.H.2
Kastenholz, M.A.3
Krâutler, V.4
Lenz, T.5
Lins, R.D.6
Oostenbrink, C.7
Van Gunsteren, W.F.8
-
10
-
-
0034363671
-
-
Eds.; Wiley-VCH: New York
-
Hill, J.-R.; Freeman, C. M.; Subramanian, L. In Rev. Comput. Chem.; Lipkowitz, K. B.; Boyd, D. B., Eds.; Wiley-VCH: New York, 2007; p 141.
-
(2007)
Rev. Comput. Chem.
, pp. 141
-
-
Hill, J.-R.1
Freeman, C.M.2
Subramanian, L.3
Lipkowitz, K.B.4
Boyd, D.B.5
-
19
-
-
34147185256
-
-
Dal Peraro, M.; Ruggerone, P.; Raugei, S.; Gervasio, F. L.; Carloni, P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 149
-
(2007)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.17
, pp. 149
-
-
Dal Peraro, M.1
Ruggerone, P.2
Raugei, S.3
Gervasio, F.L.4
Carloni, P.5
-
21
-
-
0036286854
-
-
Carloni, P.; Rothlisberger, U.; Parrinello, M. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 455
-
(2002)
Acc. Chem. Res.
, vol.35
, pp. 455
-
-
Carloni, P.1
Rothlisberger, U.2
Parrinello, M.3
-
23
-
-
0038787885
-
-
Hase, W. L.; Song, K. H.; Gordon, M. S. Comput. Sci. Eng. 2003, 5, 36
-
(2003)
Comput. Sci. Eng.
, vol.5
, pp. 36
-
-
Hase, W.L.1
Song, K.H.2
Gordon, M.S.3
-
27
-
-
65249140526
-
-
Sonnenberg, J. L.; Wong, K. F.; Voth, G. A.; Schlegel, H. B. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 949
-
(2009)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.5
, pp. 949
-
-
Sonnenberg, J.L.1
Wong, K.F.2
Voth, G.A.3
Schlegel, H.B.4
-
28
-
-
30344440627
-
-
University of California: San Francisco
-
Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B. P.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vaníček, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hsieh, M.-J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, S.; Kovalenko, A.; Kollman, P. A. Amber; University of California: San Francisco, 2010.
-
(2010)
Amber
-
-
Case, D.A.1
Darden, T.A.2
Cheatham Iii, T.E.3
Simmerling, C.L.4
Wang, J.5
Duke, R.E.6
Luo, R.7
Walker, R.C.8
Zhang, W.9
Merz, K.M.10
Roberts, B.P.11
Wang, B.12
Hayik, S.13
Roitberg, A.14
Seabra, G.15
Kolossváry, I.16
Wong, K.F.17
Paesani, F.18
Vaníček, J.19
Wu, X.20
Brozell, S.R.21
Steinbrecher, T.22
Gohlke, H.23
Cai, Q.24
Ye, X.25
Wang, J.26
Hsieh, M.-J.27
Cui, G.28
Roe, D.R.29
Mathews, D.H.30
Seetin, M.G.31
Sagui, C.32
Babin, V.33
Luchko, T.34
Gusarov, S.35
Kovalenko, A.36
Kollman, P.A.37
more..
-
33
-
-
0041765772
-
-
Miller, W. H.; Zhao, Y.; Ceotto, M.; Yang, S. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1329
-
(2003)
J. Chem. Phys.
, vol.119
, pp. 1329
-
-
Miller, W.H.1
Zhao, Y.2
Ceotto, M.3
Yang, S.4
-
35
-
-
0343791207
-
-
Miller, W. H.; Schwartz, S. D.; Tromp, J. W. J. Chem. Phys. 1983, 79, 4889
-
(1983)
J. Chem. Phys.
, vol.79
, pp. 4889
-
-
Miller, W.H.1
Schwartz, S.D.2
Tromp, J.W.3
-
36
-
-
45149125082
-
-
Wang, Y.; Braams, B. J.; Bowman, J. M.; Carter, S.; Tew, D. P. J. Chem. Phys. 2008, 128, 224314
-
(2008)
J. Chem. Phys.
, vol.128
, pp. 224314
-
-
Wang, Y.1
Braams, B.J.2
Bowman, J.M.3
Carter, S.4
Tew, D.P.5
-
38
-
-
1842732474
-
-
Milnikov, G. V.; Yagi, K.; Taketsugu, T.; Nakamura, H.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 5036
-
(2004)
J. Chem. Phys.
, vol.120
, pp. 5036
-
-
Milnikov, G.V.1
Yagi, K.2
Taketsugu, T.3
Nakamura, H.4
Hirao, K.5
-
39
-
-
0037770093
-
-
Milnikov, G. V.; Yagi, K.; Taketsugu, T.; Nakamura, H.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2003, 119, 10
-
(2003)
J. Chem. Phys.
, vol.119
, pp. 10
-
-
Milnikov, G.V.1
Yagi, K.2
Taketsugu, T.3
Nakamura, H.4
Hirao, K.5
-
40
-
-
0035894402
-
-
Yagi, K.; Taketsugu, T.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2001, 115, 10647
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.115
, pp. 10647
-
-
Yagi, K.1
Taketsugu, T.2
Hirao, K.3
-
41
-
-
59949085124
-
-
Hazra, A.; Skone, J. H.; Hammes-Schiffer, S. J. Chem. Phys. 2009, 130, 054108
-
(2009)
J. Chem. Phys.
, vol.130
, pp. 054108
-
-
Hazra, A.1
Skone, J.H.2
Hammes-Schiffer, S.3
-
43
-
-
0002600749
-
-
Sewell, T. D.; Guo, Y.; Thompson, D. L. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8557
-
(1995)
J. Chem. Phys.
, vol.103
, pp. 8557
-
-
Sewell, T.D.1
Guo, Y.2
Thompson, D.L.3
-
44
-
-
36549101842
-
-
Shida, N.; Barbara, P. F.; Almolôf, J. E. J. Chem. Phys. 1989, 91, 4061
-
(1989)
J. Chem. Phys.
, vol.91
, pp. 4061
-
-
Shida, N.1
Barbara, P.F.2
Almolôf, J.E.3
-
46
-
-
2242456608
-
-
Ruf, B. A.; Miller, W. H. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1988, 84, 1523
-
(1988)
J. Chem. Soc., Faraday Trans.
, vol.84
, pp. 1523
-
-
Ruf, B.A.1
Miller, W.H.2
-
49
-
-
0035922555
-
-
Albu, T. V.; Corchado, J. C.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8465
-
(2001)
J. Phys. Chem. A
, vol.105
, pp. 8465
-
-
Albu, T.V.1
Corchado, J.C.2
Truhlar, D.G.3
-
50
-
-
0001477037
-
-
Kim, Y.; Cochado, J. C.; Villa, J.; Xing, J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2718
-
(2000)
J. Chem. Phys.
, vol.112
, pp. 2718
-
-
Kim, Y.1
Cochado, J.C.2
Villa, J.3
Xing, J.4
Truhlar, D.G.5
-
51
-
-
2442667811
-
-
Lin, H.; Pu, J.; Albu, T. V.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4112
-
(2004)
J. Phys. Chem. A
, vol.108
, pp. 4112
-
-
Lin, H.1
Pu, J.2
Albu, T.V.3
Truhlar, D.G.4
-
55
-
-
33846190830
-
-
Chang, Y.-T.; Minichino, C.; Miller, W. H. J. Chem. Phys. 1992, 96, 4341
-
(1992)
J. Chem. Phys.
, vol.96
, pp. 4341
-
-
Chang, Y.-T.1
Minichino, C.2
Miller, W.H.3
-
60
-
-
38849110219
-
-
Eds.; ELTE Institute of Chemistry: Budapest
-
Pulay, P. In Molecular Quantum Mechanics: Analytic Gradients and Beyond; Csaszar, A. G.; Fogarasi, G.; Schaefer, H. F., III; Szalay, P. G., Eds.; ELTE Institute of Chemistry: Budapest, 2007; p 71.
-
(2007)
Molecular Quantum Mechanics: Analytic Gradients and beyond
, pp. 71
-
-
Pulay, P.1
Csaszar, A.G.2
Fogarasi, G.3
Schaefer Iii, H.F.4
Szalay, P.G.5
-
61
-
-
0033554694
-
-
Arndt, M.; Nairz, O.; Vos-Andreae, J.; Keller, C.; van der Zouw, G.; Zeilinger, A. Nature 1999, 401, 680
-
(1999)
Nature
, vol.401
, pp. 680
-
-
Arndt, M.1
Nairz, O.2
Vos-Andreae, J.3
Keller, C.4
Van Der Zouw, G.5
Zeilinger, A.6
-
62
-
-
0037423320
-
-
Zuev, P. S.; Sheridan, R. S.; Albu, T. V.; Truhlar, D. G.; Hrovat, D. A.; Borden, W. T. Science 2003, 299, 867
-
(2003)
Science
, vol.299
, pp. 867
-
-
Zuev, P.S.1
Sheridan, R.S.2
Albu, T.V.3
Truhlar, D.G.4
Hrovat, D.A.5
Borden, W.T.6
-
67
-
-
36449000062
-
-
Martyna, G. J.; Klein, M. L.; Tuckerman, M. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2635
-
(1992)
J. Chem. Phys.
, vol.97
, pp. 2635
-
-
Martyna, G.J.1
Klein, M.L.2
Tuckerman, M.3
-
68
-
-
0347193736
-
-
Hânggi, P.; Talkner, P.; Borkovec, M. Rev. Mod. Phys. 1990, 62, 251
-
(1990)
Rev. Mod. Phys.
, vol.62
, pp. 251
-
-
Hânggi, P.1
Talkner, P.2
Borkovec, M.3
-
69
-
-
0003692531
-
-
Eds.; World Scientific: Singapore
-
Kapral, R.; Consta, S.; McWhirter, L. In Classical and Quantum Dynamics in Condensed Phase Simulations; Berne, B. J.; Ciccotti, G.; Coker, D. F., Eds.; World Scientific: Singapore, 1998.
-
(1998)
Classical and Quantum Dynamics in Condensed Phase Simulations
-
-
Kapral, R.1
Consta, S.2
McWhirter, L.3
Berne, B.J.4
Ciccotti, G.5
Coker, D.F.6
-
72
-
-
0041290286
-
-
Voth, G. A.; Chandler, D.; Miller, W. H. J. Chem. Phys. 1989, 91, 7749
-
(1989)
J. Chem. Phys.
, vol.91
, pp. 7749
-
-
Voth, G.A.1
Chandler, D.2
Miller, W.H.3
-
76
-
-
84986519238
-
-
Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011
-
(1992)
J. Comput. Chem.
, vol.13
, pp. 1011
-
-
Kumar, S.1
Bouzida, D.2
Swendsen, R.H.3
Kollman, P.A.4
Rosenberg, J.M.5
-
77
-
-
84986497803
-
-
Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1339
-
(1995)
J. Comput. Chem.
, vol.16
, pp. 1339
-
-
Kumar, S.1
Rosenberg, J.M.2
Bouzida, D.3
Swendsen, R.H.4
Kollman, P.A.5
-
79
-
-
73949160656
-
-
Barnes, E. C.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A., Jr.; Frisch, M. J.; Martin, J. M. L. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2687
-
(2009)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.5
, pp. 2687
-
-
Barnes, E.C.1
Petersson, G.A.2
Montgomery Jr., J.A.3
Frisch, M.J.4
Martin, J.M.L.5
-
80
-
-
0038626673
-
-
Revision G.01; Gaussian, Inc, Wallingford, CT
-
Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Scalmani, G.; Mennucci, B.; Barone, V.; Petersson, G. A.; Caricato, M.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Peralta, J. E.; Izmaylov, A. F.; Kudin, K. N.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Staroverov, V.; Zheng, G.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Sonnenberg, J. L.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Parandekar, P. V.; Ferguson, G. A.; Mayhall, N. J.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Burant, J. C.; Millam; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Chen, W.; Wong, M. W.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision G.01; Gaussian, Inc, Wallingford, CT, 2007.
-
(2007)
Gaussian 03
-
-
Frisch, M.J.1
Trucks, G.W.2
Schlegel, H.B.3
Scuseria, G.E.4
Robb, M.A.5
Cheeseman, J.R.6
Montgomery Jr., J.A.7
Vreven, T.8
Scalmani, G.9
Mennucci, B.10
Barone, V.11
Petersson, G.A.12
Caricato, M.13
Nakatsuji, H.14
Hada, M.15
Ehara, M.16
Toyota, K.17
Fukuda, R.18
Hasegawa, J.19
Ishida, M.20
Nakajima, T.21
Honda, Y.22
Kitao, O.23
Nakai, H.24
Li, X.25
Hratchian, H.P.26
Peralta, J.E.27
Izmaylov, A.F.28
Kudin, K.N.29
Heyd, J.J.30
Brothers, E.31
Staroverov, V.32
Zheng, G.33
Kobayashi, R.34
Normand, J.35
Sonnenberg, J.L.36
Ogliaro, F.37
Bearpark, M.38
Parandekar, P.V.39
Ferguson, G.A.40
Mayhall, N.J.41
Iyengar, S.S.42
Tomasi, J.43
Cossi, M.44
Rega, N.45
Burant, J.C.46
Millam47
Klene, M.48
Knox, J.E.49
Cross, J.B.50
Bakken, V.51
Adamo, C.52
Jaramillo, J.53
Gomperts, R.54
Stratmann, R.E.55
Yazyev, O.56
Austin, A.J.57
Cammi, R.58
Pomelli, C.59
Ochterski, J.W.60
Ayala, P.Y.61
Morokuma, K.62
Voth, G.A.63
Salvador, P.64
Dannenberg, J.J.65
Zakrzewski, V.G.66
Dapprich, S.67
Daniels, A.D.68
Strain, M.C.69
Farkas, O.70
Malick, D.K.71
Rabuck, A.D.72
Raghavachari, K.73
Foresman, J.B.74
Ortiz, J.V.75
Cui, Q.76
Baboul, A.G.77
Clifford, S.78
Cioslowski, J.79
Stefanov, B.B.80
Liu, G.81
Liashenko, A.82
Piskorz, P.83
Komaromi, I.84
Martin, R.L.85
Fox, D.J.86
Keith, T.87
Al-Laham, M.A.88
Peng, C.Y.89
Nanayakkara, A.90
Challacombe, M.91
Chen, W.92
Wong, M.W.93
Pople, J.A.94
more..
-
81
-
-
0042041206
-
-
Rappé, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024
-
(1992)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.114
, pp. 10024
-
-
Rappé, A.K.1
Casewit, C.J.2
Colwell, K.S.3
Goddard, W.A.4
Skiff, W.M.5
-
83
-
-
84952104504
-
-
Pastor, R. W.; Brooks, B. R.; Szabo, A. Mol. Phys. 1988, 65, 1409
-
(1988)
Mol. Phys.
, vol.65
, pp. 1409
-
-
Pastor, R.W.1
Brooks, B.R.2
Szabo, A.3
|