Non-hermitian multiconfiguration molecular mechanics

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 6, 2009, Pages 1454-1461

  Tishchenko, Oksana ^a   Truhlar, Donald G ^a  

^a University of Minnesota   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 67650072440     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct900077g     Document Type: Article

References (56)

1. Ishtwan, J.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 1994, 100, 8080.
2. Collins, M. A. Theor. Chem. Acc. 2002, 108, 313.
3. Jin, Z.; Braams, B. J.; Bowman, J. M. J. Phys. Chem. A 2006, 220, 1569.
4. Xie, D.; Xu, C.; Ho, T.-S.; Rabitz, H.; Lendvay, G.; Lin, S. Y.; Guo, H. J. Chem. Phys. 2007, 126, 074315.
5. Dawes, R.; Thompson, D. L.; Wagner, A. F.; Minkoff, M. J. Chem. Phys. 2008, 128, 084107.
6. Albu, T. V.; Espinosa-Garcia, J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 2007, 107, 5101.
7. Valiron, P.; Wernli, M.; Favre, A.; Wiesenfeld, L.; Rist, C.; Kedzuch, S.; Noga, J. J. Chem. Phys. 2008, 129, 134306.
8. Liu, L.-P.; Lu, D.-h.; Gonzalez-Lafont, A.; Truhlar, D. G.; Garrett, B. C. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 7806.
9. Leforestier, C. J. Chem. Phys. 1978, 68, 4406.
10. Baldridge, K.; Gordon, M. S.; Steckler, R.; Truhlar, D. G. J Phys. Chem. 1989, 93, 5107.
11. Wang, I. S. Y.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 8160.
12. Truhlar, D. G.; Duff, J. W.; Blais, N. C.; Tully, J. C.; Garrett, B. C. J. Chem. Phys. 1982, 77, 764.
13. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
14. Espinosa-Garcia, J.; Corchado, J. C.; Truhlar, D. G. J. Am.Chem. Soc. 1997, 119, 9841.
15. Garrett, B. C.; Koszykowski, M. L.; Melius, C. F.; Page, M.J. Phys. Chem. 1990, 94, 7096.
16. Ellingson, B. A.; Pu, J.; Lin, H.; Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J Phys. Chem. A 2007, 111, 11706.
17. Gonzalez-Lafont, A.; Truong, T. N.; Truhlar, D. G. J. Phys.Chem. 1991, 95, 4618.
18. Pu, J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1468.
19. Corchado, J. L.; Coitino, E. L.; Chuañg, Y.-Y.; Fast, P. L.;Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2424.
20. Ruiz-Pernia, J. J.; Silla, E.; Tuñón, I.; Martí, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 17663.
21. Combined Quantum Mechanical and Molecular Mechanical Methods; Gao, J., Thompson, M. A., Eds.; ACS Symposium Series 712; American Chemical Society: Washington,DC, 1998.
22. (a) London, F. Z. Elektrochem. 1929, 35, 551.
23. (b) Eyring, H.; Polanyi, M. Naturwissenschaften 1930, 18, 914.
24. (a) Coulson, C. A.; Danielsson, U. Ark. Fys. 1954, 8, 239.
25. (b) Janev, R. K.; Radulovic, Z. M. Phys. Rev.A 1978, 17, 889.
26. Raff, L. M. J. Chem. Phys. 1974, 60, 2222.
27. (a) Warshel, A.; Weiss, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 6218.
28. (b) Åqvist, J.; Warshel, A. Chem. Rev. 1993, 93, 2523.
29. Bala, P.; Grochowski, P.; Nowinski, K.; Lesyng, B.; McCam- mon, J. A. Biophys. J. 2000, 79, 1253.
30. Kim, Y.; Corchado, J. C.; Villa, J.; Xing, J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2718.
31. Albu, T. V.; Corchado, J. C.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8465.
32. Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 5048.
33. Lin, H.; Pu, J.; Albu, T. V.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4112.
34. Tishchenko, O.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2006, 110,13530.
35. Tishchenko, O.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theor. Comp. 2007,3, 938.
36. Higashi, M.; Truhlar, D. G. J. Chem, Theory Comput. 2008,4, 1032.
37. Tishchenko, O.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2009, 130, 024105.
38. Garrett, B. C.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 1979, 70, 1593.
39. Garrett, B. C.; Truhlar, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 4534.
40. Jackels, C. F.; Gu, Z.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 1995, 102, 3188.
41. Truhlar, D. G.; Isaacson, A. D.; Skodje, R. T.; Garrett, B. C. J. Phys. Chem. 1982, 86, 2252. 1983, 87, 4554 (E).
42. Truhlar, D. G.; Gordon, M. S. Science 1990, 249, 491.
43. Liu, Y.-P.; Lynch, G. C.; Truong, T. N.; Truhlar, D. G.; Garrett, B. C. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2408.
44. Truhlar, D. G.; Garrett, B. C.; Klippenstein, S. J. J. Phys.Chem. 1996, 100, 12771.
45. Fernández-Ramos, A.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2001, 114, 1491.
46. Allinger, N. C.; Yuh, Y. H.; Lii, J.-H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 111, 8551.
47. Chang, Y. T.; Miller, W. H. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5884.
48. 2 system separated apart is not neccesserily well represented in the present fit, but because of the high energy of such configuration, this limitation does not affect dynamics in the energy range of interest.
49. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6908.
50. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986.
51. Corchado, J. C.; Chuang, Y.-Y.; Fast, P. L.; Villa, J.; Hu, W.-P.; Liu, Y.-P.; Lynch, G. C.; Nguyen, K. A.; Jackels, C. F.; Melissas, V. S.; Lynch, B. J.; Rossi, I.; Coitiño, E. L.; Fernández-Ramos, A.; Pu, J.; Albu, T. V.; Steckler, R.; Garrett, B. C.; Isaacson, A. D.; Truhlar, D. G. Polyrate 9.7; University of Minnesota: Minneapolis, MN, 2007.
52. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.;Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.;Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.;Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Strat- mann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli,C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
53. Tishchenko, O.; Higashi, M.; Albu, T. V.; Corchado, J. C.;Kim, Y.; Villà, J.; Xing, J.; Lin, H. Truhlar, D. G. MC-TINKER-2008-2; University of Minnesota: Minneapolis, MN, 2008.
54. Ponder, J. W. TINKER-Version 4.2; Washington University:St. Louis, MO, 2004.
55. Albu, T. V.; Corchado, J. C.; Kim, Y.; Villa, J.; Xing, J.; Lin, H.; Tishchenko, O.; Higashi, M.; Truhlar, D. G. MC- TINKERATE-2008; University of Minnesota: Minneapolis, MN, 2008.
56. Lu, D.-H.; Truong, T. N.; Melissas, V. S.; Lynch, G. C.; Liu, Y.-P.; Garrett, B. C.; Steckler, R.; Isaacson, A. D.; Rai, S. N.;Hancock, G. C.; Lauderdale, J. G.; Joseph, T.; Truhlar, D. G. Comput. Phys. Commun. 1992, 71, 235.