Potential cross-linking transition metal complexes (M = Ni, Cu, Zn) in the ligand-modified LNA duplexes

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 36, 2010, Pages 11942-11948

  Hirva, Pipsa ^a   Nielsen, Anne ^b   Bond, Andrew D ^b   Mckenzie, Christine J ^b  

^a UNIVERSITY OF EASTERN FINLAND   (Finland)

^b UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COPPER COMPOUNDS; LIGANDS; METAL COMPLEXES; METAL IONS; NUCLEIC ACIDS; ZINC;

COMPUTATIONAL MODEL; COPPER COMPLEXES; DENATURATION TEMPERATURES; DFT METHOD; DIMERIC COMPLEXES; DNA DUPLEXES; DOUBLE HELIX; EXPERIMENTAL DATA; FORMATION ENERGIES; FUNCTIONALIZED; LOCKED NUCLEIC ACID; MODEL COMPLEXES; REALISTIC MODEL; SIMILAR MODELS; STRUCTURAL ANALOGUE; TETRAMERS; ZINC COMPLEX;

COPPER;

EID: 77956556226     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp105528y     Document Type: Article

References (42)

1. Duguid, J.; Bloomfield, V. A.; Benevides, J.; Thomas, G. J., Jr. Biophys. J. 1993, 65, 1916-1928
2. Martin, R. B. Acc. Chem. Res. 1985, 18, 32-38
3. Eichorn, G. L.; Shin, Y. A. J. Am. Chem. Soc. 1968, 90, 7323-7328
4. Tanaka, K.; Shionoya, M. Coord. Chem. Rev. 2007, 251, 2732-2742
5. He, W.; Franzini, R. M.; Achim, C. In Progress in Inorganic Chemistry; Karlin, K. D., Ed.; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 2007, Vol. 55; pp 545 - 611.
6. Zimmermann, N.; Meggers, E.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 13684-13685
7. Miyake, Y.; Togashi, H.; Tashiro, M.; Yamaguchi, H.; Oda, S.; Kudo, M.; Tanaka, Y.; Kondo, Y.; Sawa, R.; Fujimoto, T.; Machinami, T.; Ono, A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2172-2173
8. Clever, G. H.; Polborn, K.; Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 7204-7208
9. Bashkin, J. K.; Frolova, E. I.; Sampath, U. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5981-5982
10. Trawick, B. N.; Daniher, A. T.; Bashkin, J. K. Chem. Rev. 1998, 98, 939-960
11. Sakamoto, S.; Tamura, T.; Furukawa, T.; Komatu, Y.; Ohtsuka, E.; Kitamura, M.; Inoue, H. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 1416-1425
12. Putnam, W. C.; Bashkin, J. K. Chem. Commun. 2000, 767-768
13. Åström, H.; Strömberg, R. Nucleosides, Nucleotides, Nucl. Acids 2001, 20, 1385-1388
14. Åström, H.; Strömberg, R. Org. Biomol. Chem. 2004, 2, 1901-1907
15. Ossipov, D. A.; Strömberg, R. Nucleosides, Nucleotides, Nucl. Acids 2005, 24, 901-905
16. Matsumura, K.; Endo, M.; Komiyami, M. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1994, 2019-2020
17. Magda, D.; Miller, R. A.; Sessler, J. L.; Iverson, B. L. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 7439-7440
18. Hall, J.; Hüsken, D.; Häner, R. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3522-3526
19. Wei, L.; Babich, J.; Eckelmann, W. C.; Zubieta, J. Inorg. Chem. 2005, 7, 2198-2209
20. Yu, C. J.; Yowanto, H.; Wan, Y.; Meade, T. J.; Chong, Y.; Strong, M.; Donilon, L. H.; Kayyem, J. F.; Gozin, M.; Blackburn, G. F. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6767-6768
21. Zapata, L.; Bathany, K.; Schmitter, J.; Moreau, S. Eur. J. Org. Chem. 2003, 1022-1028
22. Göritz, M.; Krämer, R. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 18016-18017
23. Kalek, M.; Benediktson, P.; Vester, B.; Wengel, J. Chem. Commun. 2008, 762-764
24. Babu, B. R.; Hrdlicka, P. L.; McKenzie, C. J.; Wengel, J. Chem. Commun. 2005, 1705-1707
25. Kalek, M.; Madsen, A. S.; Wengel, J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 9392-9400
26. Noguera, M.; Bertran, J.; Sodupe, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 4817-4825
27. Marino, T.; Mazzuca, D.; Toscano, M.; Russo, N.; Grand, A. Int. J. Quantum Chem. 2007, 107, 311-317
28. Nakanishi, Y.; Kitagawa, Y.; Shigeta, Y.; Saito, T.; Matsui, T.; Miyachi, H.; Kawakami, T.; Okumura, M.; Yamaguchi, K. Polyhedron 2009, 28, 1714-1717
29. Fan, Y.; Gao, Y. Q. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 905-913
30. Robertazzi, A.; Vargiu, A. V.; Magistrato, A.; Ruggerone, P.; Carloni, P.; de Hoog, P.; Reedijk, J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10881-10890
31. Hirva, P.; Haukka, M.; Jakonen, M.; Moreno, M. A. J. Mol. Model. 2008, 14, 171-181
32. Shimazaki, Y.; Huth, S.; Karasawa, S.; Hirota, S.; Naruta, Y.; Yamauchi, O. Inorg. Chem. 2004, 43, 7816-7822
33. Ojida, A.; Nonaka, H.; Miyahara, Y.; Tamaru, S.; Sada, K.; Hamachi, I. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 5518-5521
34. Nielsen, A.; Veltzé, S.; Bond, A. D.; McKenzie, C. J. Polyhedron 2007, 26, 1649-1657
35. Sørensen, M. D.; Petersen, M.; Wengel, J. Chem. Commun. 2003, 2130-2131
36. Hazell, A.; Jensen, K. B.; McKenzie, C. J.; Toftlund, H. J. Chem. Soc., Dalton Trans. 1993, 3249-3257
37. Frisch, M. J.;; Trucks, G. W.;; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
38. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868
39. Dolg, M.; Wedig, U.; Stoll, H.; Preuss, H. J. Chem. Phys. 1987, 86, 866-872
40. Cancés, M. T.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3032-3041
41. Cossi, M.; Barone, V.; Mennucci, B.; Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 253-260
42. Huzinaga, S. In Gaussian Basis Sets for Molecular Calculations; Andzelm, J.; Klobukowski, M.; Radzio-Andzelm, E.; Sakai, Y.; Tatewaki, H., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1984.