Pair interaction energy decomposition analysis

Journal of Computational Chemistry

Volumn 28, Issue 1, 2007, Pages 222-237

  Fedorov, Dmitri G ^a   Kitaura, Kazuo ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF ADVANCED INDUSTRIAL SCIENCE AND TECHNOLOGY AIST   (Japan)

Author keywords

Analysis; EDA; FMO; Fragment molecular orbital; GAMESS; GDDI; Kitaura Morokuma; Parallel; PIEDA; Protein

Indexed keywords

CHARGE TRANSFER; DECOMPOSITION; ENERGY EFFICIENCY; ERROR ANALYSIS; MOLECULAR BIOLOGY; PROTEINS;

FRAGMENT MOLECULAR ORBITAL (FMO); GAMESS; KITAURA-MOROKUMA; PAIR INTERACTION ENERGY DECOMPOSITION ANALYSIS (PIEDA);

NATURAL SCIENCES COMPUTING;

EID: 33846595219     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20496     Document Type: Article

References (38)

1. Morokuma, K. J Chem Phys 1971, 55, 1236.
2. Kitaura, K.; Morokuma, K. Int J Quantum Chem 1976, 10, 325.
3. Kitaura, K.; Morokuma, K. In Molecular Interactions, Vol. 1; Ratajczak, H.; Orville-Thomas, W. J., Eds.; Wiley: Chichester, England, 1980; p. 21.
4. Morokuma, K.; Kitaura, K. In Chemical Applications of Atomic and Molecular Electrostatic Potentials; Politzer, P.; Truhlar, D. G., Eds.; Plenum:New York, 1981; p. 215.
5. Gordon, M. S.; Jensen, J. H. In Encyclopedia of Computational Chemistry, Vol. 5; Schleyer, P. V. R., Ed.; Wiley: Chichester, England, 1998; p. 3198.
6. Takahashi, H.; Yuki, K.; Nitta, T. Fluid Phase Equilib 2002, 194, 153.
7. Pejov, L.; Hermansson, K. J Chem Phys 2003, 119, 313.
8. Wang, J.; Gut, J.; Leszczynski, J. J Phys Chem B 2005, 109, 13761.
9. Stevens, W. J.; Fink, W. H. Chem Phys Lett 1987, 139, 15.
10. Sokalski, W. A.; Roszak, S.; Hariharan, P. C.; Kaufman, J. J. Int J Quantum Chem 1983, 23, 847.
11. Cammi, R.; Bonaccorsi, R.; Tomasi, J Theor Chim Acta 1985, 68, 271.
12. Curutchet, C.; Bofill, J. M.; Hernandez, B.; Orozco, M.; Luque, F. J. J Comput Chem 2003, 24, 1263.
13. Kawamura, Y.; Nakai, H. J Comput Chem 2004, 25, 1882.
14. Chen, W.; Gordon, M. S. J Chem Phys 1996, 100, 14316.
15. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem Phys Lett 1999, 313, 701.
16. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. In Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry and Biopolymers; Starikow, E.; Tanaka, S.; Lewis, J., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 2006.
17. Fukuzawa, K.; Kitaura, K.; Uebayasi, M.; Nakata, K.; Kaminuma, T.; Nakano, T. J Comput Chem 2005, 26, 1.
18. Nemoto, T.; Fedorov, D. G.; Uebayasi, M.; Kanazawa, K.; Komeiji, Y.; Kitaura, K. Comput Biol Chem 2005, 29, 434.
19. Ishida, T.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J Phys Chem B 2006, 110, 1457.
20. Fukuzawa, K.; Komeiji, Y.; Mochizuki, Y.; Kato, A.; Nakano, T.; Tanaka, S. J Comput Chem 2006, 27, 948.
21. Ikegami, T.; Ishida, T.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K.; Inadomi, Y.; Umeda, H.; Yokokawa, M.; Sekiguchi, S. Proc Supercomput 2005, IEEE Comput Soc, Seattle, 2005.
22. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J Chem Phys 2004, 120, 6832.
23. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem Phys Lett 2004, 389, 129.
24. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J Chem Phys 2004, 121, 2483.
25. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J Chem Phys 2005, 122, 054108.
26. Mochizuki, Y.; Koikegami, S.; Amari, S.; Segawa, K.; Kitaura, K.; Nakano, T. Chem Phys Lett 2005, 406, 283.
27. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J Chem Phys 2005, 123, 134103.
28. Fedorov, D. G.; Ishida, T.; Kitaura, K. J Phys Chem A 2005, 109, 2638.
29. Fedorov, D. G.; Kitaura, K.; Li, H.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J Comput Chem 2006, 27, 976.
30. Mochizuki, Y.; Fukuzawa, K.; Kato, A.; Tanaka, S.; Kitaura, K.; Nakano, T. Chem Phys Lett 2005, 410, 247.
31. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A., Jr. J Comput Chem 1993, 14, 1347.
32. Fedorov, D. G.; Olson, R. M.; Kitaura, K.; Gordon, M. S.; Koseki, S. J Comput Chem 2004, 25, 872.
33. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor Chim Acta 1973, 28, 213.
34. http://staff.aist.go.jp/d.g.fedorov/fmo/data.html.
35. Neidigh, J. W.; Fesinmeyer, R. M.; Andersen, N. H. Nat Struct Biol 2002, 9, 425.
36. http://www.rcsb.org/pdb/.
37. Ponder, J. W. http://dasher.wustl.edu/tinker/.
38. Umeyama, H.; Morokuma, K. J Am Chem Soc 1977, 99, 1316.