Viscosity-dependent dynamics of CO rebinding to microperoxidase-8 in glycerol/water solution

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 33, 2010, Pages 10897-10904

  Park, Jaeheung ^a   Lee, Taegon ^a   Lim, Manho ^a  

^a Pusan National University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLYCEROL; PHOTOLYSIS; PORPHYRINS; PROTEINS; VISCOSITY;

ACTIVE SITE; CO REBINDING; DIFFUSION CONTROLLED REACTIONS; FEMTOSECONDS; GEMINATE REBINDING; HEME PROTEINS; INTERACTION POTENTIALS; LINEAR COUPLING; MICROPEROXIDASES; MODEL SYSTEM; REBINDING KINETICS; ROOM TEMPERATURE; SURVIVAL PROBABILITIES;

REACTION KINETICS;

EID: 77955863815     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp1050436     Document Type: Article

References (57)

1. Antonini, E.; Brunori, M. Hemoglobin and Myoglobin in Their Reactions With Ligands; North-Holland Publishing Company: London, UK, 1971.
2. Austin, R. H.; Beeson, K. W.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Gunsalus, I. C. Biochemistry 1975, 14, 5355
3. Springer, B. A.; Sligar, S. G.; Olson, J. S.; Phillips, G. N., Jr. Chem. Rev. 1994, 94, 699
4. Ansari, A.; Berendzen, J.; Braunstein, D. K.; Cowen, B. R.; Frauenfelder, H.; Hong, M. K.; Iben, I. E. T.; Johnson, J. B.; Ormos, P.; Sauke, T. B.; Scholl, R.; Schulte, A.; Steinbach, P. J.; Vittitow, J.; Young, R. D. Biophys. Chem. 1987, 26, 337
5. Frauenfelder, H.; Parak, F.; Young, R. D. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988, 17, 451
6. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598
7. Steinbach, P. J.; Ansari, A.; Berendzen, J.; Braunstein, D.; Chu, K.; Cowen, B. R.; Ehrenstein, D.; Frauenfelder, H.; Johnson, J. B.; Lamb, D. C. Biochemistry 1991, 30, 3988
8. Nienhaus, G. U.; Mourant, J. R.; Frauenfelder, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 2902
9. Ansari, A.; Jones, C. M.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Science 1992, 256, 1796
10. Balasubramanian, S.; Lambright, D. G.; Marden, M. C.; Boxer, S. G. Biochemistry 1993, 32, 2202
11. Cornelius, P. A.; Steele, A. W.; Chernoff, D. A.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 7526
12. Dantsker, D.; Samuni, U.; Friedman, J. M.; Agmon, N. Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2005, 1749, 234
13. Franzen, S.; Bohn, B.; Poyart, C.; Martin, J. L. Biochemistry 1995, 34, 1224
14. Frauenfelder, H.; Wolynes, P. G. Science 1985, 229, 337
15. Henry, E. R.; Sommer, J. H.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. J. Mol. Biol. 1983, 166, 443
16. Kholodenko, Y.; Gooding, E. A.; Dou, Y.; Ikeda-Saito, M.; Hochstrasser, R. M. Biochemistry 1999, 38, 5918
17. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 531
18. Braunstein, D. P.; Chu, K.; Egeberg, K. D.; Frauenfelder, H.; Mourant, J. R.; Nienhaus, G. U.; Ormos, P.; Sligar, S. G.; Springer, B. A.; Young, R. D. Biophys. J. 1993, 65, 2447
19. Li, H.; Elber, R.; Straub, J. E. J. Biol. Chem. 1993, 268, 17908
20. Petrich, J. W.; Lambry, J.-C.; Balasubramanian, S.; Lambright, D. G.; Boxer, S. G.; Martin, J. L. J. Mol. Biol. 1994, 238, 437
21. Walda, K. N.; Liu, X. Y.; Sharma, V. S.; Magde, D. Biochemistry 1994, 33, 2198
22. Beece, D.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Good, D.; Marden, M. C.; Reinisch, L.; Reynolds, A. H.; Sorensen, L. B.; Yue, K. T. Biochemistry 1980, 19, 5147
23. Martin, J. L.; Migus, A.; Poyart, C.; Lecarpentier, Y.; Astier, R.; Antonetti, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 173
24. Moore, J. N.; Hansen, P. A.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 1987, 138, 110
25. Petrich, J. W.; Poyart, C.; Martin, J. L. Biochemistry 1988, 27, 4049
26. Miers, J. B.; Postlewaite, J. C.; Cowen, B. R.; Roemig, G. R.; Lee, I. Y. S.; Dlott, D. D. J. Chem. Phys. 1991, 94, 1825
27. Miers, J. B.; Postlewaite, J. C.; Zyung, T.; Chen, S.; Roemig, G. R.; Wen, X.; Dlott, D. D.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 1990, 93, 8771
28. Lee, T.; Park, J.; Kim, J.; Joo, S.; Lim, M. Bull. Korean Chem. Soc. 2009, 30, 177
29. Ye, X.; Lonascu, D.; Gruia, F.; Yu, A.; Benabbas, A.; Champion, P. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14682
30. Ye, X.; Yu, A.; Georgiev, G. Y.; Gruia, F.; Ionascu, D.; Cao, W.; Sage, J. T.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 5854
31. Srajer, V.; Reinisch, L.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 6656
32. Ye, X.; Yu, A.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1444
33. Aron, J.; Baldwin, D. A.; Marques, H. M.; Pratt, J. M.; Adams, P. A. J. Inorg. Biochem. 1986, 27, 227
34. Kim, S.; Jin, G.; Lim, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 20366
35. Lim, M.; Wolford, M. F.; Hamm, P.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 1998, 290, 355
36. Hamm, P.; Kaindl, R. A.; Stenger, J. Opt. Lett. 2000, 25, 1798
37. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123
38. Urry, D. W.; Pettegrew, J. W. J. Am. Chem. Soc. 1967, 89, 5276
39. Cao, W.; Ye, X.; Georgiev, G. Y.; Berezhna, S.; Sjodin, T.; Demidov, A. A.; Wang, W.; Sage, J. T.; Champion, P. M. Biochemistry 2004, 43, 7017
40. White, W. I. The Porphyrins; Academic Press: New York, 1978; Vol. 5.
41. Lide, D. R. CRC Hanbook of Chemistry and Physics, 76th ed.; CRC Press, Inc.: Boca Raton, FL, 1995.
42. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 4355
43. Kim, H.; Shin, S.; Shin, K. J. J. Chem. Phys. 1998, 108, 5861
44. Tachiya, M. Radiat. Phys. Chem. 1983, 21, 167
45. Shoup, D.; Lipari, G.; Szabo, A. Biophys. J. 1981, 36, 697
46. Mills, F. C.; Ackers, G. K.; Gaud, H. T.; Gill, S. J. J. Biol. Chem. 1979, 254, 2875
47. Rudolph, S. A.; Boyle, S. O.; Dresden, C. F.; Gill, S. J. Biochemistry 1972, 11, 1098
48. Meuwly, M.; Becker, O. M.; Stote, R.; Karplus, M. Biophys. Chem. 2002, 98, 183
49. Kim, J.; Park, J.; Lee, T.; Lim, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 260
50. Marden, M. C. Ph.D. Thesis, University of Illinois, 1980.
51. Ye, X.; Demidov, A.; Rosca, F.; Wang, W.; Kumar, A.; Ionascu, D.; Zhu, L.; Barrick, D.; Wharton, D.; Champion, P. M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8156
52. Hayashi, Y.; Puzenko, A.; Feldman, Y. J. Non-Cryst. Solids 2006, 352, 4696
53. Petrich, J. W.; Lambry, J. C.; Kuczera, K.; Karplus, M.; Poyart, C.; Martin, J. L. Biochemistry 1991, 30, 3975
54. Kuczera, K.; Lambry, J. C.; Martin, J. L.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5805
55. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5801
56. Tian, W. D.; Sage, J. T.; Srajer, V.; Champion, P. M. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 408
57. Srajer, V.; Champion, P. M. Biochemistry 1991, 30, 7390