Analysis of PKR activation using analytical ultracentrifugation

Macromolecular Bioscience

Volumn 10, Issue 7, 2010, Pages 703-713

  Cole, James L ^a  

^a UNIVERSITY OF CONNECTICUT   (United States)

Author keywords

Centrifugation; Proteins; RNA; Sedimentation equilibrium; Sedimentation velocity

Indexed keywords

ACTIVATION PATHWAY; ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION; AUTOPHOSPHORYLATION REACTION; BIOPHYSICAL METHODS; CENTRAL COMPONENT; CLOSE PROXIMITY; INFECTED CELLS; MACROMOLECULAR COMPLEXES; PROTEIN KINASE; PROTEIN SYNTHESIS; SEDIMENTATION EQUILIBRIUM;

ACTIVATION ANALYSIS; CENTRIFUGATION; CENTRIFUGES; DIMERIZATION; RNA; SEDIMENTATION; STOICHIOMETRY;

PROTEINS;

INTERFERON; PROTEIN KINASE R;

AUTOPHOSPHORYLATION; DIMERIZATION; ENZYME ACTIVATION; ENZYME ACTIVITY; ENZYME ANALYSIS; ENZYME PHOSPHORYLATION; MACROMOLECULE; PROTEIN SYNTHESIS INHIBITION; REVIEW; STOICHIOMETRY; ULTRACENTRIFUGATION;

ANIMALS; EIF-2 KINASE; ENZYME ACTIVATION; HUMANS; MODELS, BIOLOGICAL; NONLINEAR DYNAMICS; RNA, DOUBLE-STRANDED; ULTRACENTRIFUGATION;

EID: 77954592227     PISSN: 16165187     EISSN: 16165195     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/mabi.201000069     Document Type: Review

References (81)

1. R. J. Kaufman, "The Double Stranded RNA-Activated Protein Kinase PKR", in: Translational Control of Gene Expression, N. Sonenberg, J. W. B. Hershey, M. B. Mathews, Eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY 2000, p. 503.
2. A. M. Toth, P. Zhang, S. Das, C. X. George, C. E. Samuel, Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 2006, 81, 369.
3. F. Weber, V. Wagner, S. B. Rasmussen, R. Hartmann, S. R. Paludan, J. Virol. 2006, 80, 5059.
4. B. Tian, P. C. Bevilacqua, A. Diegelman-Parente, M. B.Mathews, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004, 5, 1013.
5. S. Nanduri, B. W. Carpick, Y. Yang, B. R. Williams, J. Qin, EMBO J. 1998, 17, 5458.
6. Y. Liu, M. Lei, C. E. Samuel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 12541.
7. R. Nagel, M. Ares, Jr., RNA 2000, 6, 1142.
8. R. J. Spanggord, P. A. Beal, Biochemistry 2001, 40, 4272.
9. I. Kim, C. W. Liu, J. D. Puglisi, J. Mol. Biol. 2006, 358, 430.
10. A. C. Dar, T. E. Dever, F. Sicheri, Cell 2005, 122, 887.
11. M. Huse, J. Kuriyan, Cell 2002, 109, 275.
12. H. D. Robertson, M. B. Mathews, Biochimie 1996, 78, 909.
13. J. L. Cole, Trends Biochem. Sci. 2007, 32, 57.
14. S. A. McKenna, D. A. Lindhout, I. Kim, C. W. Liu, V. M. Gelev, G. Wagner, J. D. Puglisi, J. Biol. Chem. 2007, 282, 11474.
15. T. L. Ung, C. Cao, J. Lu, K. Ozato, T. E. Dever, EMBO J. 2001, 20, 3728.
16. K. M. Vattem, K. A. Staschke, R. C. Wek, Eur. J. Biochem. 2001, 268, 3674.
17. T. Hunter, T. Hunt, R. J. Jackson, H. D. Robertson, J. Biol. Chem. 1975, 250, 409.
18. L. Manche, S. R. Green, C. Schmedt, M. B. Mathews, Mol. Cell Biol. 1992, 12, 5238.
19. M. Kostura, M. B. Mathews, Mol. Cell. Biol. 1989, 9, 1576.
20. S. Wu, R. J. Kaufman, J. Biol. Chem. 1997, 272, 1291.
21. J. W. Ucci, J. L. Cole, Biophys. Chem. 2004, 108, 127.
22. L. G. Ortega, M. D. McCotter, G. L. Henry, S. J. McCormack, D. C. Thomis, C. E. Samuel, Virology 1996, 215, 31.
23. R. C. Patel, P. Stanton, N. M. McMillan, B. R. Williams, G. C. Sen, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 8283.
24. S. Wu, R. J. Kaufman, J. Biol. Chem. 1997, 272, 1291.
25. B. W. Carpick, V. Graziano, D. Schneider, R. K. Maitra, X. Lee, B. R. G. Williams, J. Biol. Chem. 1997, 272, 9510.
26. G. P. Cosentino, S. Venkatesan, F. C. Serluca, S. R. Green, M. B. Mathews, N. Sonenberg, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 9445.
27. J. O. Langland, B. L. Jacobs, J. Biol. Chem. 1992, 267, 10729.
28. R. Rende-Fournier, L. G. Ortega, C. X. George, C. E. Samuel, Virology 1997, 238, 410.
29. B. Tian, M. B. Mathews, J. Biol. Chem. 2001, 276, 9936.
30. S. L. Tan, M..J Gale, Jr., M. G. Katze, Mol. Cell Biol. 1998, 18, 2431.
31. S. Wu, R. J. Kaufman, J. Biol. Chem. 1996, 271, 1756.
32. P. A. Lemaire, J. Lary, J. L. Cole, J. Mol. Biol. 2005, 345, 81.
33. N. V. Jammi, P. A. Beal, Nucleic Acids Res. 2001, 29, 3020.
34. E. Anderson, C. Quartararo, R. S. Brown, Y. Shi, X. Yao, J. L. Cole, Biochemistry 2010, 49, 1217.
35. J. W. Ucci, Y. Kobayashi, G. Choi, A. T. Alexandrescu, J. L. Cole, Biochemistry 2007, 46, 55.
36. S. Nanduri, B. Carpick, Y. Yang, B. R. G. Williams, J. Qin, J. Biomol. NMR 1998, 12, 349.
37. M. Dey, C. Cao, A. C. Dar, T. Tamura, K. Ozato, F. Sicheri, T. E. Dever, Cell 2005, 122, 901.
38. J. Galabru, M. G. Katze, N. Robert, A. G. Hovanessian, Eur. J. Biochem. 1989, 178, 581.
39. K. H. Mellits, M. Kostura, M. B. Mathews, Cell 1990, 61, 843.
40. S. J. McCormack, C. E. Samuel, Virology 1995, 206, 511.
41. C. Schmedt, S. R. Green, L. Manche, D. R. Taylor, Y. Ma, M. B. Mathews, J. Mol. Biol. 1995, 249, 29.
42. P. C. Bevilacqua, T. R. Cech, Biochemistry 1996, 35, 9983.
43. R. J. Spanggord, P. A. Beal, Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1899.
44. P. A. Clarke, M. B. Mathews, RNA 1995, 1, 7.
45. P. A. Lemaire, E. Anderson, J. Lary, J. L. Cole, J. Mol. Biol. 2008, 381, 351.
46. S. A. McKenna, I. Kim, C. W. Liu, J. D. Puglisi, J. Mol. Biol. 2006, 358, 1270.
47. S. A. McKenna, D. A. Lindhout, T. Shimoike, C. E. Aitken, J. D. Puglisi, J. Mol. Biol. 2007, 372, 103.
48. A. M. Wahid, V. K. Coventry, G. L. Conn, J. Biol. Chem. 2008, 283, 17485.
49. A. M. Wahid, V. K. Coventry, G. L. Conn, Nucleic Acids Res. 2009, 37, 5830.
50. L. A. Heinicke, C. J. Wong, J. Lary, S. R. Nallagatla, A. Diegelman-Parente, X. Zheng, J. L. Cole, P. C. Bevilacqua, J. Mol. Biol. 2009, 390, 319.
51. M. A. Daugherty, M. G. Fried, "Protein-DNA Interactions at Sedimentation Equilibrium", in: Modern Analytical Ultracentrifugation: Techniques and Methods, D. J. Scott, (Ed., Royal Society of Chemistry, Oxford 2005, p. 195.
52. A. P. Minton, Prog. Colloid Polym. Sci. 1997, 107, 11.
53. M. Melikishvili, J. J. Rasimas, A. E. Pegg, M. G. Fried, Biochemistry 2008, 47, 13754.
54. J. J. Rasimas, S. R. Kar, A. E. Pegg, M. G. Fried, J. Biol. Chem. 2007, 282, 3357.
55. G. J. Howlett, A. P. Minton, G. Rivas, Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 430.
56. G. Rivas, W. Stafford, A. P. Minton, Methods 1999, 19, 194.
57. J. Vistica, J. Dam, A. Balbo, E. Yikilmaz, R. A. Mariuzza, T. A. Rouault, P. Schuck, Anal. Biochem. 2004, 326, 234.
58. J. S. Philo, Meth. Enzymol. 2000, 321, 100.
59. J. L. Cole, Meth. Enzymol. 2004, 384, 212.
60. M. F. Bailey, B. E. Davidson, A. P. Minton, W. H. Sawyer, G. J. Howlett, J. Mol. Biol. 1996, 263, 671.
61. J. L. Cole, S. S. Carroll, E. S. Blue, T. Viscount, L. C. Kuo, J. Biol. Chem. 1997, 272, 19187.
62. S. J. Kim, T. Tsukiyama,M. S. Lewis, C. Wu, Protein Sci. 1994, 3, 1040.
63. T. M. Laue, D. F. Senear, S. Eaton, J. B. Ross, Biochemistry 1993, 32, 2469.
64. J. J. Correia, Meth. Enzymol. 2000, 321, 81.
65. P. Schuck, Anal. Biochem. 2003, 320, 104.
66. J. Dam, C. A. Velikovsky, R. A. Mariuzza, C. Urbanke, P. Schuck, Biophys. J. 2005, 89, 619.
67. W. F. Stafford, P. J. Sherwood, Biophys. Chem. 2004, 108, 231.
68. M. A. Minks, D. K. West, S. Benvin, C. Baglioni, J. Biol. Chem. 1979, 254, 10180.
69. W. F. Stafford, Anal. Biochem. 1992, 203, 295.
70. K. H. Mellits, M. Kostura, M. B. Mathews, Cell 1990, 61, 843.
71. Y. Ben-Asouli, Y. Banai, Y. Pel-Or, A. Shir, R. Kaempfer, Cell 2002, 108, 221.
72. J. M. Nussbaum, S. Gunnery, M. B. Mathews, Nucleic Acids Res. 2002, 30, 1205.
73. I. Edery, R. Petryshyn, N. Sonenberg, Cell 1989, 56, 303.
74. D. N. SenGupta, R. H. Silverman, Nucleic Acids Res. 1989, 17, 969.
75. D. N. SenGupta, B. Berkhout, A. Gatignol, A. M. Zhou, R. H. Silverman, Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 1990, 87, 7492.
76. S. Gunnery, A. P. Rice, H. D. Robertson, M. B. Mathews, Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 1990, 87, 8687.
77. S. Gunnery, S. R. Green, M. B. Mathews, Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 1992, 89, 11557.
78. R. K. Maitra, N. A. J. McMillan, S. Desai, J. McSwiggen, A. G. Hovanessian, G. Sen, B. R. G. Williams, R. H. Silverman, Virology 1994, 204, 823.
79. B. W. Carpick, V. Graziano, D. Schneider, R. K. Maitra, X. Lee, B. R. G. Williams, J. Biol. Chem. 1997, 272, 9510.
80. R. J. Spanggord, M. Vuyisich, P. A. Beal, Biochemistry 2002, 41, 4511.
81. E. S. Andersen, S. A. Contera, B. Knudsen, C. K. Damgaard, F. Besenbacher, J. Kjems, J. Biol. Chem. 2004, 279, 22243.