The self-assembled of cyclic D,L-α- Peptide systems: Insights into the structure and energetics

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 110, Issue 9, 2010, Pages 1648-1659

  Qu, Wenwen ^a,b   Tan, Hongwei ^a   Chen, Guangju ^a   Liu, Ruozhuang ^a  

^a BEIJING NORMAL UNIVERSITY   (China)

^b KUNMING UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

DFT; Organic nanotube; Self assembly

Indexed keywords

BASIC BUILDING BLOCK; COMPUTATIONAL APPROACH; COOPERATIVITY; CYCLIC PEPTIDES; DRIVING FORCES; ELECTROSTATIC REPULSION; ENERGY CHARACTERISTICS; ORGANIC NANOTUBE; PEPTIDE NANOTUBES; PEPTIDE SYSTEM; SELF-ASSEMBLE; SELF-ASSEMBLED; SELF-ASSEMBLING; SELF-ASSEMBLY PATTERNS; SIDE CHAINS; STACKING MODES; STACKING ORIENTATION; STERIC INTERACTIONS; STRUCTURE AND ENERGETICS;

OLIGOMERS; PEPTIDES; SELF ASSEMBLY; SYSTEM STABILITY;

NANOTUBES;

EID: 77953460102     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.22308     Document Type: Article

References (43)

1. (a) Bong, D. T.; Clark, T. D.; Granja, J. R.; Ghadiri, M. R. Angew Chem Int Ed 2001, 40, 988;
2. (b) Bong, D. T.; Clark, T. D.; Granja, J. R.; Ghadiri, M. R. Angew Chem 2001, 113, 1016.
3. Ghadiri, M. R.; Granja, J. R.; Milligan, R. A.; McRee, D. E.; Khazanovich, N. Nature 1993, 366, 324.
4. Hartgerink, J. D.; Granja, J. R.; Milligan, R. A.; Ghadiri, M. R. J Am Chem Soc 1996, 118, 43.
5. Seebach, D.; Matthews, J. L.; Meden, A.; Wessels, T.; Baerlocher, C.; McCusker, L. B. Helv Chim Acta 1997, 80, 173.
6. Clark, T. D.; Buehler, L. K.; Ghadiri, M. R. J Am Chem Soc 1998, 120, 651.
7. Amorin, M.; Castedo, L.; Granja, J. R. J Am Chem Soc 2003, 125, 2844.
8. Horne, W. S.; Stout, C. D.; Ghadiri, M. R. J Am Chem Soc 2003, 125, 9372.
9. (a) Gauthier, D.; Baillargeon, P.; Drouin, M.; Dory, Y. L. Angew Chem Int Ed Engl 2001, 40, 4635;
10. (b) Gauthier, D.; Baillargeon, P.; Drouin, M.; Dory, Y. L. Angew Chem 2001, 113, 4771.
11. Fernandez-Lopez, S.; Kim, H. S.; Choi, E. C.; Delgado, M.; Granja, J. R.; Khasanov, A.; Kraehenbuehl, K.; Long, G.; Weinberger, D. A.; Wilcoxen, K. M.; Ghadiri, M. R. Nature 2001, 412, 452.
12. (a) Sanchez-Quesada, J.; Kim, H. S.; Ghadiri, M. R. Angew Chem Int Ed 2001, 40, 2503;
13. (b) Sanchez-Quesada, J.; Kim, H. S.; Ghadiri, M. R. Angew Chem 2001, 113, 2571.
14. Motesharei, K.; Ghadiri, M. R. J Am Chem Soc 1997, 119, 11306.
15. Khazanovich, N.; Granja, J. R.; McRee, D. E.; Milligan, R. A.; Ghadiri, M. R. J Am Chem Soc 1994, 116, 6011.
16. Ghadiri, M. R.; Granja, J. R.; Buehler, L. Nature 1994, 369, 301.
17. Granja, J. R.; Ghadiri, M. R. J Am Chem Soc 1994, 116, 10785.
18. (a) Kobayashi, K.; Granja, J. R.; Ghadiri, M. R. Angew Chem 1995, 107, 79;
19. (b) Kobayashi, K.; Granja, J. R.; Ghadiri, M. R. Angew Chem Int Ed Engl 1995, 34, 95.
20. Tan, H.; Chen, G.; Liu, R. Chem J Chin Univ 2001, 22, 1724.
21. Chen, G.; Tan, H.; Liu, R. Huaxue Xuebao 2001, 59, 62.
22. Chen, G.; Su, S.; Liu, R. J Phys Chem B 2002, 106, 1570.
23. Gailer, C.; Feigel, M. J Comput Aided Mol Des 1997, 11, 273.
24. Tan, H.; Qu, W.; Chen, G.; Liu, R. Int J Quantum Chem 2005, 102, 1106.
25. Qu, W.; Tan, H.; Liu, R.; Chen, G. Chem J Chin Univ 2007, 28, 307.
26. Tan, H.; Qu, W.; Chen, G.; Liu, R. Chem Phys Lett 2003, 369, 556.
27. (a) Wong, M. W.; Frisch, M. J.; Wiberg, K. B. J Am Chem Soc 1991, 113, 4776;
28. (b) Wong, M. W.; Wiberg, K. B.; Frisch, M. J. J Am Chem Soc 1992, 114, 523;
29. (c) Wong, M. W.; Wiberg, K. B.; Frisch, M. J. J Chem Phys 1991, 95, 8991.
30. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 2003.
31. (a) Tan, H.; Qu, W.; Chen, G.; Liu, R. J Phys Chem A 2005, 109, 6303;
32. (b) Qu, W.; Tan, H.; Chen, G.; Liu, R. Phys Chem Chem Phys 2003, 5, 2327.
33. (a) Prins, L. J.; Reinhoudt, D. N.; Timmerman, P. Angew Chem Int Ed 2001, 40, 2382;
34. (b) Prins, L. J.; Reinhoudt, D. N.; Timmerman, P. Angew Chem 2001, 113, 2346.
35. Hinton, J. F.; Harpool, R. D. J Am Chem Soc 1977, 99, 349.
36. Kobko, N.; Paraskevas, L.; Rio, E.; Dannenberg, J. J. J Am Chem Soc 2001, 123, 4348.
37. Guo, H.; Karplus, M. J Phys Chem 1994, 98, 7104.
38. Suhai, S. J Phys Chem 1996, 100, 3950.
39. Torii, H.; Tatsumi, T.; Kanazawa, T.; Tasumi, M. J Phys Chem B 1998, 102, 309.
40. (a) Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648;
41. (b) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys Rev B 1988, 37, 785;
42. (c) Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can J Phys 1980, 58, 1200.
43. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys Rev Lett 1997, 78, 1396.