Insight into the dynamic interaction of different carbohydrates with human surfactant protein D: Molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 21, 2010, Pages 7383-7390

  Zhang, Jilong ^a   Zheng, Qingchuan ^a   Zhang, Hongxing ^a  

^a JILIN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMS; BINDING ENERGY; CALCIUM; CARBOHYDRATES; CONFORMATIONS; GLUCOSE; HYDROGEN; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS; SUGAR (SUCROSE); SURFACE ACTIVE AGENTS;

BINDING CONFORMATIONS; CALCIUM IONS; DYNAMIC INTERACTION; EFFECTIVE INTERACTIONS; HYDROXYL GROUPS; LOWER ENERGY BARRIERS; MOLECULAR DOCKING; MOLECULAR DYNAMICS METHODS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PHYSIOLOGICAL FUNCTIONS; SURFACTANT PROTEINS;

HYDROGEN BONDS;

EID: 77952937152     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9113078     Document Type: Article

References (42)

1. Wright, J. R. Nat. Rev. Immunol. 2005, 5, 58
2. Erpenbeck, V. J.; Krug, N.; Hohlfeld, J. M. Naunyn-Schmiedebergs Arch. Pharmacol. 2009, 379, 217
3. Kingma, P. S.; Whitsett, J. A. Curr. Opin. Pharmacol. 2006, 6, 277
4. Vigerust, D. J.; Shepherd, V. L. Trends Microbiol. 2007, 15, 211
5. Gupta, G.; Surolia, A. Bioessays 2007, 29, 452
6. Kishore, U.; Greenhough, T. J.; Waters, P.; Shrive, A. K.; Ghai, R.; Kamran, M. F.; Bernal, A. L.; Reid, K. B. M.; Madan, T.; Chakraborty, T. Mol. Immunol. 2006, 43, 1293
7. Pastva, A. M.; Wright, J. R.; Williams, K. L. Proc. Am. Thorac. Soc. 2007, 4, 252
8. Haczku, A. J. Allergy Clin. Immunol. 2008, 122, 861
9. Dahl, M. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2008, 177, 1177
10. Hartshorn, K. L.; Crouch, E. C.; White, M. R.; Eggleton, P.; Tauber, A. I.; Chang, D.; Sastry, K. J. Clin. Invest. 1994, 94, 311
11. Hartshorn, K. L.; Webby, R.; White, M. R.; Tecle, T.; Pan, C.; Boucher, S.; Moreland, R. J.; Crouch, E. C.; Scheule, R. K. Respir. Res. 2008, 9, 65
12. Crouch, E.; Hartshorn, K.; Horlacher, T.; McDonald, B.; Smith, K.; Cafarella, T.; Seaton, B.; Seeberger, P. H.; Head, J. Biochemistry 2009, 48, 3335
13. Meschi, J.; Crouch, E. C.; Skolnik, P.; Yahya, K.; Holmskov, U.; Leth-Larsen, R.; Tornoe, I.; Tecle, T.; White, M. R.; Hartshorn, K. L. J. Gen. Virol. 2005, 86, 3097
14. Holmskov, U. L. APMIS Suppl. 2000, 100, 1
15. Kuroki, Y.; Voelker, D. R. J. Biol. Chem. 1994, 269, 25943
16. Persson, A.; Chang, D.; Crouch, E. J. Biol. Chem. 1990, 265, 5755
17. Crouch, E.; McDonald, B.; Smith, K.; Roberts, M.; Mealy, T.; Seaton, B.; Head, J. Biochemistry 2007, 46, 5160
18. Nie, X. M.; Nishitani, C.; Yamazoe, M.; Ariki, S.; Takahashi, M.; Shimizu, T.; Mitsuzawa, H.; Sawada, K.; Smith, K.; Crouch, E.; Nagae, H.; Takahashi, H.; Kuroki, Y. Biochemistry 2008, 47, 12878
19. Shrive, A. K.; Tharia, H. A.; Strong, P.; Kishore, U.; Burns, I.; Rizkallah, P. J.; Reid, K. B. M.; Greenhough, T. J. J. Mol. Biol. 2003, 331, 509
20. Crouch, E. C.; Smith, K.; McDonald, B.; Briner, D.; Linders, B.; McDonald, J.; Holmskov, U.; Head, J.; Hartshorn, K. Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2006, 35, 84
21. Persson, A. V.; Gibbons, B. J.; Shoemaker, J. D.; Moxley, M. A.; Longmore, W. J. Biochemistry 1992, 31, 12183
22. Ogasaware, Y.; Kuroki, Y.; Akino, T. J. Biol. Chem. 1992, 267, 21244
23. Lu, J.; Willis, A. C.; Reid, K. B. M. Biochem. J. 1992, 284, 795
24. Thormann, E.; Dreyer, J. K.; Simonsen, A. C.; Hansen, P. L.; Hansen, S.; Holmskov, U.; Mouritsen, O. G. Biochemistry 2007, 46, 12231
25. Wu, G. S.; Robertson, D. H.; Brooks, C. L.; Vieth, M. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1549
26. Discovery Studio 2.1; Accelrys Inc.: San Diego, 2008.
27. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, K.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781
28. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586
29. Guvench, O.; Greene, S. N.; Kamath, G.; Brady, J. W.; Venable, R. M.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2008, 29, 2543
30. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 33
31. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
32. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
33. Toukmaji, A. Y.; Board, J. A., Jr. Comput. Phys. Commun. 1996, 95, 73
34. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695
35. Feller, S. E.; Zhang, Y. H.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613
36. Zhang, J. L.; Zheng, Q. C.; Zhang, H. X. Chem. Phys. Lett. 2010, 484, 338
37. Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9169
38. Hénin, J.; Chipot, C. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2904
39. den Otter, W. K. J. Chem. Phys. 2000, 112, 7283
40. Rodriguez-Gomez, D.; Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 3563
41. Hendricks, B. C.; Steinbach, W. H., Jr.; LeRoy, R. H.; Moseley, A. G., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1934, 56, 99
42. Schwarz, F. P. J. Solution Chem. 1996, 25, 471