Molecular dynamics study on the interactions of porphyrin with two antiparallel human telomeric quadruplexes

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 18, 2010, Pages 6216-6224

  Li, Ming Hui ^a   Luo, Quan ^a   Li, Ze Sheng ^a  

^a JILIN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPLEXATION; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; PORPHYRINS; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS; STOICHIOMETRY;

BINDING AFFINITIES; BINDING INTERACTION; BINDING MODES; FREE-ENERGY CALCULATIONS; GROOVE BINDING; HIGH FLEXIBILITY; HIGH STABILITY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PORPHYRIN DERIVATIVES; PRINCIPAL COMPONENTS ANALYSIS; QUADRUPLEXES; STACKING MODES;

BINDING ENERGY;

EID: 77952228999     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp101373p     Document Type: Article

References (49)

1. Moyzis, R. K.; Buckingham, J. M.; Cram, L. S.; Dani, M.; Deaven, L. L.; Jones, M. D.; Meyne, J.; Ratliff, R. L.; Wu, J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 6622
2. Wright, W. E.; Tesmer, V. M.; Huffman, K. E.; Levene, S. D.; Shay, J. W. Genes Dev. 1997, 11, 2801
3. Chen, F. M. Biochemistry 1992, 31, 3769
4. Henderson, E.; Hardin, C. C.; Walk, S. K.; Tinoco, I., Jr.; Blackburn, E. H. Cell 1987, 51, 899
5. Williamson, J. R.; Raghuraman, M. K.; Cech, T. R. Cell 1989, 59, 871
6. Zahler, A. M.; Williamson, J. R.; Cech, T. R.; Prescott, D. M. Nature 1991, 350, 718
7. Kim, N. W.; Piatyszek, M. A.; Prowse, K. R.; Harley, C. B.; West, M. D.; Ho, P. L.; Coviello, G. M.; Wright, W. E.; Weinrich, S. L.; Shay, J. W. Science 1994, 266, 2011
8. Read, M. A.; Neidle, S. Biochemistry 2000, 39, 13422
9. Randazzo, A.; Galeone, A.; Luciano, M. Chem. Commun. 2001, 11, 1030
10. Clark, G. R.; Pytel, P. D.; Squire, C. J.; Neidle, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4066
11. Haider, S. M.; Parkinson, G. N.; Neidle, S. J. Mol. Biol. 2003, 326, 117
12. Wheelhouse, R. T.; Sun, D.; Han, H.; Han, F. X.; Hurley, L. H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3261
13. Parkinson, G. N.; Ghosh, R.; Neidle, S. Biochemistry 2007, 46, 2390
14. Mita, H.; Ohyama, T.; Tanaka, Y.; Yamamoto, Y. Biochemistry 2006, 45, 6765
15. Han, H.; Langley, D. R.; Rangan, A.; Hurley, L. H. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8902
16. Haq, I.; Trent, J. O.; Chowdhry, B. Z.; Jenkins, T. C. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1768
17. Wei, C.; Jia, G.; Yuan, J.; Feng, Z.; Li, C. Biochemistry 2006, 45, 6681
18. Zhang, H. J.; Wang, X. F.; Wang, P.; Ai, X. C.; Zhang, J. P. Photochem. Photobiol. Sci. 2008, 7, 948
19. Gaynutdinov, T. I.; Neumann, R. D.; Panyutin, I. G. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 4079
20. Martino, L.; Pagano, B.; Fotticchia, I.; Neidle, S.; Giancola, C. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 14779
21. Wang, Y.; Patel, D. J. Structure 1993, 1, 263
22. Lim, K. W.; Amrane, S.; Bouaziz, S.; Xu, W.; Mu, Y.; Patel, D. J.; Luu, K. N.; Phan, A. T. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4301
23. Phan, A. T.; Kuryavyi, V.; Gaw, H. Y.; Patel, D. J. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 167
24. INSIGHTII; Modelling EnVironment; Molecular Simulations Inc. (MSI), 1984.
25. Cavallari, M.; Calzolari, A.; Garbesi, A.; Di Felice, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 26337
26. Guschlbauer, W.; Chantot, J. F.; Thiele, D. J. Biomol. Struct. Dyn. 1990, 8, 491
27. Hardin, C. C.; Watson, T.; Corregan, M.; Bailey, C. Biochemistry 1992, 31, 833
28. Xu, Q.; Deng, H.; Braunlin, W. Biochemistry 1993, 32, 13130
29. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Ross, W. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER 10; University of California: San Francisco, CA, 2008.
30. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157
31. Cavallari, M.; Garbesi, A.; Di Felice, R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13152
32. Lubitz, I.; Borovok, N.; Kotlyar, A. Biochemistry 2007, 46, 12925
33. Price, D. J.; Brooks, C. L. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10096
34. Thenmalarchelvi, R.; Yathindra, N. Nucleic Acids Res. 2005, 1, 43
35. Darden, T.; Perera, L.; Li, L.; Pedersen, L. Structure 1999, 7, R55
36. Hauptman, H. A. Methods Enzymol. 1997, 277, 3
37. Perez, A.; Marchan, I.; Svozil, D.; Sponer, J.; Cheatham III, T. E.; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2007, 92, 3817
38. Luo, R.; David, L.; Gilson, M. K. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1244
39. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978
40. Fadrna, E.; Spackova, N.; Stefl, R.; Koca, J.; Cheatham, T. E.; Sponer, J. Biophys. J. 2004, 87, 227
41. Haider, S.; Parkinson, G. N.; Neidle, S. Biophys. J. 2008, 95, 296
42. Amadei, A.; Linssen, A. B.; Berendsen, H. J. Proteins 1993, 17, 412
43. Kitao, A.; Go, N. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 164
44. Freyer, M. W.; Buscaglia, R.; Kaplan, K.; Cashman, D.; Hurley, L. H.; Lewis, E. A. Biophys. J. 2007, 6, 2007
45. Nagesh, N.; Sharma, V. K.; Ganesh Kumar, A.; Lewis, E. A. J. Nucleic Acids 2010, doi:10.4061/2010/146418.
46. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E., Jr. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889
47. Wang, J.; Morin, P.; Wang, W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5221
48. Ferrari, A. M.; Degliesposti, G.; Miriam, S.; Rastelli, G. Bioorg. Med. Chem. 2007, 15, 7865
49. Cashman, D. J.; Buscaglia, R.; Freyer, M. W.; Dettler, J.; Hurley, L. H.; Lewis, E. A. J. Mol. Model. 2008, 14, 93