Quantitative mass spectrometry-based proteomics reveals the dynamic range of primary mouse astrocyte protein secretion

Journal of Proteome Research

Volumn 9, Issue 5, 2010, Pages 2764-2774

  Greco, Todd M ^a   Seeholzer, Steven H ^a   Mak, Adrian ^a   Spruce, Lynn ^a   Ischiropoulos, Harry ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

Astrocyte; Mass spectrometry; Nonconventional secretion; Protein secretion; Secretory lysosomes; SILAC

Indexed keywords

APOLIPOPROTEIN E; BREFELDIN A; CATHEPSIN; FERRITIN; HISTONE; OSTEONECTIN; PROTEOME; VIMENTIN;

ANIMAL TISSUE; ARTICLE; ASTROCYTE; CELL LYSATE; CELLULAR DISTRIBUTION; CONTROLLED STUDY; ENDOPLASMIC RETICULUM; ENDOSOME; GOLGI COMPLEX; LIQUID CHROMATOGRAPHY; LYSOSOME; MASS SPECTROMETRY; MITOCHONDRIAL MEMBRANE; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECRETION; PROTEOMICS;

ANIMALS; ASTROCYTES; BLOTTING, WESTERN; BREFELDIN A; CELLS, CULTURED; CHROMATOGRAPHY, GEL; CULTURE MEDIA, CONDITIONED; ISOTOPE LABELING; LEAST-SQUARES ANALYSIS; MICE; PROTEINS; PROTEOME; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 77952083750     PISSN: 15353893     EISSN: 15353907     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr100134n     Document Type: Article

References (63)

1. Nedergaard, M. Science 1994, 5154, 1768-1771
2. Zito, K.; Svoboda, K. Neuron 2002, 6, 1015-1017
3. De Roo, M.; Klauser, P.; Garcia, P. M.; Poglia, L.; Muller, D. Prog. Brain Res. 2008, 199-207
4. Christopherson, K. S.; Ullian, E. M.; Stokes, C. C.; Mullowney, C. E.; Hell, J. W.; Agah, A.; Lawler, J.; Mosher, D. F.; Bornstein, P.; Barres, B. A. Cell 2005, 3, 421-433
5. Glabinski, A. R.; Tani, M.; Strieter, R. M.; Tuohy, V. K.; Ransohoff, R. M. Am. J. Pathol. 1997, 2, 617-630
6. Koistinaho, M.; Lin, S.; Wu, X.; Esterman, M.; Koger, D.; Hanson, J.; Higgs, R.; Liu, F.; Malkani, S.; Bales, K. R.; Paul, S. M. Nat. Med. 2004, 7, 719-726
7. Krumbholz, M.; Theil, D.; Cepok, S.; Hemmer, B.; Kivisakk, P.; Ransohoff, R. M.; Hofbauer, M.; Farina, C.; Derfuss, T.; Hartle, C.; Newcombe, J.; Hohlfeld, R.; Meinl, E. Brain 2006, Pt 1, 200-211
8. Liauw, J.; Hoang, S.; Choi, M.; Eroglu, C.; Choi, M.; Sun, G. H.; Percy, M.; Wildman-Tobriner, B.; Bliss, T.; Guzman, R. G.; Barres, B. A.; Steinberg, G. K. J. Cereb. Blood Flow Metab. 2008, 10, 1722-1732
9. Nagai, M.; Re, D. B.; Nagata, T.; Chalazonitis, A.; Jessell, T. M.; Wichterle, H.; Przedborski, S. Nat. Neurosci. 2007, 5, 615-622
10. Park, J. A.; Lee, H. S.; Ko, K. J.; Park, S. Y.; Kim, J. H.; Choe, G.; Kweon, H. S.; Song, H. S.; Ahn, J. C.; Yu, Y. S.; Kim, K. W. Glia 2008, 3, 247-258
11. Song, H.; Stevens, C. F.; Gage, F. H. Nature 2002, 6884, 39-44
12. Babcock, A. A.; Kuziel, W. A.; Rivest, S.; Owens, T. J. Neurosci. 2003, 21, 7922-7930
13. Dong, Y.; Benveniste, E. N. Glia 2001, 2, 180-190
14. Banker, G. A. Science 1980, 4458, 809-810
15. Pekny, M.; Nilsson, M. Glia 2005, 4, 427-434
16. Abele, A. E.; Scholz, K. P.; Scholz, W. K.; Miller, R. J. Neuron 1990, 3, 413-419
17. Ding, S.; Fellin, T.; Zhu, Y.; Lee, S. Y.; Auberson, Y. P.; Meaney, D. F.; Coulter, D. A.; Carmignoto, G.; Haydon, P. G. J. Neurosci. 2007, 40, 10674-10684
18. Grimmond, S. M.; Miranda, K. C.; Yuan, Z.; Davis, M. J.; Hume, D. A.; Yagi, K.; Tominaga, N.; Bono, H.; Hayashizaki, Y.; Okazaki, Y.; Teasdale, R. D.; RIKEN GER Group; GSL Members Genome Res. 2003, 6B, 1350-1359
19. Keene, S. D.; Greco, T. M.; Parastatidis, I.; Lee, S. H.; Hughes, E. G.; Balice-Gordon, R. J.; Speicher, D. W.; Ischiropoulos, H. Proteomics 2009, 3, 768-782
20. Dowell, J. A.; Johnson, J. A.; Li, L. J. Proteome Res. 2009, 8, 4135-4143
21. Moore, N. H.; Costa, L. G.; Shaffer, S. A.; Goodlett, D. R.; Guizzetti, M. J. Neurochem. 2009, 4, 891-908
22. Bendtsen, J. D.; Jensen, L. J.; Blom, N.; Von Heijne, G.; Brunak, S. Protein Eng. Des. Sel. 2004, 4, 349-356
23. Chen, Y.; Gu, B.; Wu, S.; Sun, W.; Ma, S.; Liu, Y.; Gao, Y. J. Mass Spectrom. 2009, 3, 397-403
24. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 12, 6591-6596
25. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 5, 376-386
26. Delcourt, N.; Jouin, P.; Poncet, J.; Demey, E.; Mauger, E.; Bockaert, J.; Marin, P.; Galeotti, N. Mol. Cell. Proteomics 2005, 8, 1085-1094
27. Ong, S. E.; Mann, M. Nat. Chem. Biol. 2005, 5, 252-262
28. Graumann, J.; Hubner, N. C.; Kim, J. B.; Ko, K.; Moser, M.; Kumar, C.; Cox, J.; Scholer, H.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2008, 4, 672-683
29. Spellman, D. S.; Deinhardt, K.; Darie, C. C.; Chao, M. V.; Neubert, T. A. Mol. Cell. Proteomics 2008, 6, 1067-1076
30. Tang, H. Y.; Ali-Khan, N.; Echan, L. A.; Levenkova, N.; Rux, J. J.; Speicher, D. W. Proteomics 2005, 13, 3329-3342
31. Speicher, K.; Kolbas, O.; Harper, S.; Speicher, D. J. Biomol. Tech. 2000, 2, 74-86
32. Park, S. K.; Venable, J. D.; Xu, T.; Yates, J. R., 3rd Nat. Methods 2008, 4, 319-322
33. Bendtsen, J. D.; Nielsen, H.; von Heijne, G.; Brunak, S. J. Mol. Biol. 2004, 4, 783-795
34. Emanuelsson, O.; Brunak, S.; von Heijne, G.; Nielsen, H. Nat. Protoc. 2007, 4, 953-971
35. Emanuelsson, O.; Nielsen, H.; Brunak, S.; von Heijne, G. J. Mol. Biol. 2000, 4, 1005-1016
36. Al-Shahrour, F.; Diaz-Uriarte, R.; Dopazo, J. Bioinformatics 2004, 4, 578-580
37. Li, X. J.; Zhang, H.; Ranish, J. A.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 23, 6648-6657
38. Lafon-Cazal, M.; Adjali, O.; Galeotti, N.; Poncet, J.; Jouin, P.; Homburger, V.; Bockaert, J.; Marin, P. J. Biol. Chem. 2003, 27, 24438-24448
39. Yocum, A. K.; Busch, C. M.; Felix, C. A.; Blair, I. A. J. Proteome Res. 2006, 10, 2743-2753
40. Donaldson, J. G.; Finazzi, D.; Klausner, R. D. Nature 1992, 6402, 350-352
41. Helms, J. B.; Rothman, J. E. Nature 1992, 6402, 352-354
42. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 20, 5383-5392
43. Hirsch-Reinshagen, V.; Zhou, S.; Burgess, B. L.; Bernier, L.; McIsaac, S. A.; Chan, J. Y.; Tansley, G. H.; Cohn, J. S.; Hayden, M. R.; Wellington, C. L. J. Biol. Chem. 2004, 39, 41197-41207
44. Von Eckardstein, A.; Langer, C.; Engel, T.; Schaukal, I.; Cignarella, A.; Reinhardt, J.; Lorkowski, S.; Li, Z.; Zhou, X.; Cullen, P.; Assmann, G. FASEB J. 2001, 9, 1555-1561
45. Price, B. D.; Mannheim-Rodman, L. A.; Calderwood, S. K. J. Cell. Physiol. 1992, 3, 545-552
46. Fatal, N.; Karhinen, L.; Jokitalo, E.; Makarow, M. J. Cell. Sci. 2004, Pt 9, 1665-1673
47. Baldwin, T. A.; Ostergaard, H. L. J. Biol. Chem. 2002, 52, 50333-50340
48. Wang, X.; Matteson, J.; An, Y.; Moyer, B.; Yoo, J. S.; Bannykh, S.; Wilson, I. A.; Riordan, J. R.; Balch, W. E. J. Cell Biol. 2004, 1, 65-74
49. Cociorva, D.; L Tabb, D.; Yates, J. R. Curr. Protoc. Bioinformatics 2007, Unit 13.
50. Kwiatkowski, D. J.; Mehl, R.; Yin, H. L. J. Cell Biol. 1988, 2, 375-384
51. Vouyiouklis, D. A.; Brophy, P. J. J. Neurochem. 1997, 3, 995-1005
52. Stinchcombe, J.; Bossi, G.; Griffiths, G. M. Science 2004, 5680, 55-59
53. Holt, O. J.; Gallo, F.; Griffiths, G. M. J. Biochem. 2006, 1, 7-12
54. Li, D.; Ropert, N.; Koulakoff, A.; Giaume, C.; Oheim, M. J. Neurosci. 2008, 30, 7648-7658
55. Haydon, P. G.; Carmignoto, G. Physiol. Rev. 2006, 3, 1009-1031
56. Zhang, Z.; Chen, G.; Zhou, W.; Song, A.; Xu, T.; Luo, Q.; Wang, W.; Gu, X. S.; Duan, S. Nat. Cell Biol. 2007, 8, 945-953
57. Seelenmeyer, C.; Stegmayer, C.; Nickel, W. FEBS Lett. 2008, 9, 1362-1368
58. Merk, M.; Baugh, J.; Zierow, S.; Leng, L.; Pal, U.; Lee, S. J.; Ebert, A. D.; Mizue, Y.; Trent, J. O.; Mitchell, R.; Nickel, W.; Kavathas, P. B.; Bernhagen, J.; Bucala, R. J. Immunol. 2009, 11, 6896-6906
59. Kinseth, M. A.; Anjard, C.; Fuller, D.; Guizzunti, G.; Loomis, W. F.; Malhotra, V. Cell 2007, 3, 524-534
60. Nickel, W.; Rabouille, C. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2009, 2, 148-155
61. Mor-Vaknin, N.; Punturieri, A.; Sitwala, K.; Markovitz, D. M. Nat. Cell Biol. 2003, 1, 59-63
62. Leimberg, M. J.; Prus, E.; Konijn, A. M.; Fibach, E. J. Cell. Biochem. 2008, 4, 1211-1218
63. Dringen, R.; Bishop, G. M.; Koeppe, M.; Dang, T. N.; Robinson, S. R. Neurochem. Res. 2007, 11, 1884-1890