Raman spectra of the phycoviolobilin cofactor in phycoerythrocyanin calculated by QM/MM methods

ChemPhysChem

Volumn 11, Issue 6, 2010, Pages 1265-1274

  Mroginski, Maria A ^a   Kaminski, Steve ^a   Hildebrandt, Peter ^a  

^a TECHNISCHE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

Author keywords

Molecular dynamics; Phycoerythrocyanin; Phycoviolobilin; Proteins; Raman spectroscopy

Indexed keywords

PROTEINS; QUANTUM THEORY; RAMAN SCATTERING; RAMAN SPECTROSCOPY; VIBRATIONAL SPECTRA; VIBRATIONS (MECHANICAL);

CALCULATED SPECTRUM; INSTANTANEOUS NORMAL MODES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NORMAL MODE ANALYSIS; PHYCOERYTHROCYANIN; PHYCOVIOLOBILIN; QUANTUM MECHANICAL; VIBRATIONAL PROPERTIES;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 77951201150     PISSN: 14394235     EISSN: 14397641     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cphc.200900895     Document Type: Article

References (43)

1. M. J. Warren, A. G. Smith, Tetrapyrroles. Birth, Life and Death, Springer, New York, 2008.
2. W. R. Briggs, J. L. Spudich, Handbook of Photosensory Receptors, Wiley-VCH, Weinheim, 2005.
3. J. R. Wagner, J. R. Zhang, J. S. Brunzelle, R. D. Vierstra, K. T. Forest, J. Biol. Chem. 2007, 282, 12298-12309.
4. L. O. Essen, J. Hughes, J. Mailliet, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 14709-14714.
5. X. Yang, J. Kuk, K. Moffat, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 14715-14720.
6. F. Siebert, P. Hildebrandt, Vibrational Spectroscopy in Life Science, Wiley-VCH, Weihnheim, 2008.
7. B. Robert, Photosynth. Res. 2009, 101, 147-155.
8. M. A. Mroginski, D. H. Murgida, P. Hildebrandt, Acc. Chem. Res. 2007, 40, 258-266.
9. W. Koch, M. Holthausen, A Chemist Guide to Density Functional Theory, Wiley-VCH, Weinheim, 2001.
10. M. A. Mroginski, F. Mark, W. Thiel, P. Hildebrandt, Biophys. J. 2007, 93, 1885-1894.
11. M. A. Mroginski, D. von Stetten, F. V. Escobar, H. M. Strauss, S. Kaminski, P. Scheerer, M. Gunther, D. H. Murgida, P. Schmieder, C. Bongards, W. Gartner, J. Mailliet, J. Hughes, L. O. Essen, P. Hildebrandt, Biophys. J. 2009,96,4153-4163.
12. A. Shurki, A. Warshel, Adv. Protein Chem. 2003, 66, 249-313.
13. H. M. Senn, W. Thiel, Top. Curr. Chem. 2007, 268, 173-290.
14. G. Babitzki, G. Mathias, P. Tavan, title typejournalJ. Phys. Chem. B/title 2009, 113, 10496-10508.
15. J. Li, T. Uchida, T. Ohta, T. Todo, T. Kitagawa, J. Phys. Chem. B 2006, 110, 16724-16732.
16. M. Nonella, G. Mathias, P. Tavan, J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8638-8647.
17. E. Gantt, Photosynthesis III-Photosynthetic Membranes and Light Harvesting Systems, Springer, Berlin, 1986.
18. M. Duerring, R. Huber, W. Bode, J. Mol. Biol. 1990, 211, 633-644.
19. K. H. Zhao, R. Haessner, E. Cmiel, H. Scheer, Biochim. Biophys. Acta Bioenerg. 1995, 1228, 235-243.
20. C. Kneip, A. Parbel, H. Foerstendorf, H. Scheer, F. Siebert, P. Hildebrandt, J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 939-944.
21. A. D. Becke, J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
22. Gaussian 03, Revision C02, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyouta, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramilo, R. Gomperts, R. E. Stratman, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004.
23. A. T. Brunger, M. Karplus, Proteins Struct. Funct. Genet. 1988, 4, 148-156.
24. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, M. Karplus, J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
25. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L. Klein, J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
26. A. D. MacKerell, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
27. F. Autenrieth, E. Tajkhorshid, J. Baudry, Z. Luthey-Schulten, J. Comput. Chem. 2004, 25, 1613-1622.
28. M. Elstner, D. Porezag, G. Jungnickel, J. Elsner, M. Haugk, T. Frauenheim, S. Suhai, G. Seifert, Phys. Rev. B 1998, 58, 7260-7268.
29. J. C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid, E. Villa, C. Chipot, R. D. Skeel, L. Kale, K. Schulten, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802.
30. T. Darden, D. York, L. Pedersen, J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
31. W. F. van Gunsteren, H. J. C. Berendsen, Mol. Phys. 1977, 34, 1311-1327.
32. S. E. Feller, Y. H. Zhang, R. W. Pastor, B. R. Brooks, J. Chem. Phys. 1995, 103,4613-4621.
33. G. J. Martyna, D. J. Tobias, M. L. Klein, J. Chem. Phys. 1994, 101, 4177-4189.
34. Chemshell: a computational chemistry shell, www.chemshell.org.
35. P. Sherwood, A. H. de Vries, M. F. Guest, G. Schreckenbach, C. R. A. Catlow, S. A. French, A. A. Sokol, S. T. Bromley, W. Thiel, A. J. Turner, S. Billeter, F. Terstegen, S. Thiel, J. Kendrick, S. C. Rogers, J. Casci, M. Watson, F. King, E. Karlsen, M. Sjovoll, A. Fahmi, A. Schafer, C. Lennartz, J. Chem. Struct. THEOCHEM 2003, 632, 1-28.
36. R. Ahlrichs, M. Bar, M. Haser, H. Horn, C. Kolmel, Chem. Phys. Lett. 1989, 162,165-169.
37. D. Bakowies, W. Thiel, J. Phys. Chem. 1996, 100, 10580-10594.
38. C. Herrmann, M. Reiher, Top. Curr. Chem. 2007, 268, 85-132.
39. I. Magd, K. Nemeth, F. Mark, P. Hildebrandt, K. Schaffner, J. Phys. Chem. A 1999, 103, 289-303.
40. M. A. Mroginski, K. Nemeth, T. Bauschlicher, W. Klotzbucher, R. Goddard, O. Heinemann, P. Hildebrandt, F. Mark, J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2139-2150.
41. M. A. Mroginski, D. H. Murgida, P. Hildebrandt, J. Phys. Chem. A 2006, 110,10564-10574.
42. G. Rauhut, P. Pulay, J. Phys. Chem. 1995, 99, 3093-4000.
43. M. Klähn, G. Mathias, C. Kotting, M. Nonella, J. Schlitter, K. Gerwert, P. Tavan, J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6186-6194.