Understanding energetic origins of product specificity of SET8 from QM/MM free energy simulations: What causes the stop of methyl addition during histone lysine methylation?

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 4, 2010, Pages 1380-1389

  Chu, Yuzhuo ^a   Xu, Qin ^a   Guo, Hong ^a,b  

^a UNIVERSITY OF TENNESSEE   (United States)

^b OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77951116407     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct9006458     Document Type: Article

References (33)

1. Taverna, S. D.; Li, H.; Ruthenburg, A. J.; Allis, C. D.; Patel, D. J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 1025-1040
2. Lall, S. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 1110-1115
3. Turner, B. M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 110-2
4. Jenuwein, T. FEBS J. 2006, 273, 3121-35
5. Martin, C.; Zhang, Y. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005, 6, 838-49
6. Xiao, B.; Wilson, J. R.; Gamblin, S. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 699-705
7. Cheng, X.; Collins, R. E.; Zhang, X. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2005, 34, 267-94
8. Zhang, X.; Tamaru, H.; Khan, S. I.; Horton, J. R.; Keefe, L. J.; Selker, E. U.; Cheng, X. Cell 2002, 111, 117-27
9. Zhang, X.; Yang, Z.; Khan, S. I.; Horton, J. R.; Tamaru, H.; Selker, E. U.; Cheng, X. Mol. Cell 2003, 12, 177-85
10. Couture J. F.; Collazo, E.; Brunzelle, J. S.; Trievel, R. C. Genes Dev. 2005, 19 (12) 1455-1465
11. Xiao, B.; Jing, C.; Kelly, G.; Walker, P. A.; Muskett, F. W.; Frenkiel, T. A.; Martin, S. R.; Sarma, K.; Reinberg, D.; Gamblin, S. J.; Wilson, J. R. Genes Dev. 2005, 19, 1444-1454
12. Xiao, B.; Jing, C.; Wilson, J. R.; Walker, P. A.; Vasisht, N.; Kelly, G.; Howell, S.; Taylor, I. A.; Blackburn, G. M.; Gamblin, S. J. Nature 2003, 421, 652-656
13. Couture, J. F.; Dirk, L. M. A.; Brunzelle, J. S.; Houtz, R. L.; Trievel, R. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 20659-20664
14. Guo, H. B.; Guo, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 8797-802
15. Xu, Q.; Chu, Y.-Z.; Guo, H.-B.; Smith, J. C.; Guo, H. Chem.-Eur. J. 2009, 15, 12596-12599
16. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
17. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700-733
18. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
19. Neria, E.; Fischer, S.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1902-1921
20. Brooks, C. L.; Brunger, A.; Karplus, M. Biopolymers 1985, 24, 843-865
21. Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Elsner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260-7268
22. Cui, Q.; Elstner, M.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 569-585
23. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
24. Hu, P.; Wang, S.; Zhang, Y. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3806-3813
25. Hu, P.; Zhang, Y. K. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1272-1278
26. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. Chem. Phys. Lett. 1974, 28, 578-581
27. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
28. Zhang, X. D.; Bruice, T. C. Biochem. 2008, 47, 6671-6677
29. Zhang, X.; Bruice, T. C. Biochemistry 2007, 46, 5505-14
30. Zhang, X.; Bruice, T. C. Biochemistry 2007, 46, 14838-14844
31. Zhang, X.; Bruice, T. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 5728-5732
32. Zhang, X. D.; Bruice, T. C. Biochemistry 2007, 46, 9743-9751
33. Zhang, X. D.; Bruice, T. C. Biochemistry 2008, 47, 2743-2748