Challenging semi-bootstrapping molecular-replacement strategy reveals intriguing crystal packing of rhizavidin

Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications

Volumn 66, Issue 4, 2010, Pages 373-378

  Meir, Amit ^a   Livnah, Oded ^a  

^a HEBREW UNIVERSITY OF JERUSALEM   (Israel)

Author keywords

Crystal packing; Molecular replacement; Rhizavidin

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; RHIZAVIDIN, RHIZOBIUM ETLI;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; PROTEIN QUATERNARY STRUCTURE; RHIZOBIUM ETLI; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

BACTERIAL PROTEINS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, QUATERNARY; RHIZOBIUM ETLI;

EID: 77950814603     PISSN: 17443091     EISSN: 17443091     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S1744309110004112     Document Type: Article

References (25)

1. Bayer, E. A. & Wilchek, M. (1990). J. Chromatogr. 510, 3-11.
2. Dehlinger, D. A., Sullivan, B. D., Esener, S. & Heller, M. J. (2007). Small, 3, 1237-1244.
3. DeLano, W. L. (2002). The PyMOL Molecular Viewer. http://www.pymol.org.
4. Freitag, S., Le Trong, I., Chilkoti, A., Klumb, L. A., Stayton, P. S. & Stenkamp, R. E. (1998). J. Mol. Biol. 279, 211-221.
5. Green, N. M. (1975). Adv. Protein Chem. 29, 85-133.
6. Green, N. M. (1990). Methods Enzymol. 184, 51-67.
7. Helppolainen, S. H., Nurminen, K. P., Mää ttä , J. A., Halling, K. K., Slotte, J. P., Huhtala, T., Liimatainen, T., Ylä-Herttuala, S., Airenne, K. J., Närvänen, A., Jä nis, J., Vainiotalo, P., Valjakka, J., Kulomaa, M. S. & Nordlund, H. R. (2007). Biochem. J. 405, 397-405.
8. Hendrickson, W. A., Pahler, A., Smith, J. L., Satow, Y., Merritt, E. A. & Phizackerley, R. P. (1989). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 86, 2190-2194.
9. Kurzban, G. P., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Horowitz, P. M. (1991). J. Biol. Chem. 266, 14470-14477.
10. Laitinen, O. H., Airenne, K. J., Marttila, A. T., Kulik, T., Porkka, E., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Kulomaa, M. S. (1999). FEBS Lett. 461, 52-58.
11. Laitinen, O. H., Hytönen, V. P., Nordlund, H. R. & Kulomaa, M. S. (2006). Cell. Mol. Life Sci. 63, 2992-3017.
12. Laitinen, O. H., Nordlund, H. R., Hytönen, V. P. & Kulomaa, M. S. (2007). Trends Biotechnol. 25, 269-277.
13. Livnah, O., Bayer, E. A.,Wilchek, M. & Sussman, J. L. (1993). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 90, 5076-5080.
14. Mää ttä , J. A., Airenne, T. T., Nordlund, H. R., Jä nis, J., Paldanius, T. A., Vainiotalo, P., Johnson, M. S., Kulomaa, M. S. & Hytönen, V. P. (2008). Chembiochem, 9, 1124-1135.
15. Matthews, B. W., Weaver, L. H. & Kester, W. R. (1974). J. Biol. Chem. 249, 8030-8044.
16. Meir, A., Helppolainen, S. H., Podoly, E., Nordlund, H. R., Hytönen, V. P., Mää ttä , J. A., Wilchek, M., Bayer, E. A., Kulomaa, M. S. & Livnah, O. (2009). J. Mol. Biol. 386, 379-390.
17. Murshudov, G. N., Vagin, A. A., Lebedev, A., Wilson, K. S. & Dodson, E. J. (1999). Acta Cryst. D55, 247-255.
18. Navaza, J. (1994). Acta Cryst. A50, 157-163.
19. Paganelli, G., Bartolomei, M., Ferrari, M., Cremonesi, M., Broggi, G., Maira, G., Sturiale, C., Grana, C., Prisco, G., Gatti, M., Caliceti, P. & Chinol, M. (2001). Cancer Biother. Radiopharm. 16, 227-235.
20. Potterton, E., Briggs, P., Turkenburg,M. & Dodson, E. (2003). Acta Cryst. D59, 1131-1137.
21. Sano, T., Vajda, S., Smith, C. L. & Cantor, C. R. (1997). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 94, 6153-6158.
22. Urbano, N., Papi, S., Ginanneschi, M., De Santis, R., Pace, S., Lindstedt, R., Ferrari, L., Choi, S., Paganelli, G. & Chinol, M. (2007). Eur. J. Nucl. Med. Mol. Imaging, 34, 68-77.
23. Vagin, A. A. & Isupov, M. N. (2001). Acta Cryst. D57, 1451-1456.
24. Weber, P. C., Cox, M. J., Salemme, F. R. & Ohlendorf, D. H. (1987). J. Biol. Chem. 262, 12728-12729.
25. Wilchek, M. & Bayer, E. A. (1990). Methods Enzymol. 184, 5-13.