A rapid, reproducible, on-the-fly orthogonal array optimization method for targeted protein quantification by lc/ms and its application for accurate and sensitive quantification of carbonyl reductases in human liver

Analytical Chemistry

Volumn 82, Issue 7, 2010, Pages 2680-2689

  Cao, Jin ^a,b   Covarrubias, Vanessa M ^a   Straubinger, Robert M ^a   Wang, Hao ^a   Duan, Xiaotao ^a   Yu, Haoying ^a   Qu, Jun ^a   Blanco, Javier G ^a  

^a UNIVERSITY AT BUFFALO   (United States)

^b XIYUAN HOSPITAL   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MATRIXES; CALIBRATION CURVES; CARBONYL REDUCTASE; COLLISION ENERGIES; DECLUSTERING; EXPERIMENTAL DESIGN; HIGH RELIABILITY; HIGH-THROUGHPUT; HIGHLY SENSITIVE; HUMAN LIVER; NANOFLOWS; ON-THE-FLY; OPTIMIZED CONDITIONS; ORTHOGONAL ARRAY; PROOF OF CONCEPT; PROTEIN QUANTIFICATION; STANDARD PROTEINS; TARGET MATRICES; TARGET PROTEINS; TOTAL PROTEIN;

CARBONYLATION; DESIGN OF EXPERIMENTS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; LIVER; MASS SPECTROMETRY; OPTIMIZATION; RELUCTANCE MOTORS; SIGNAL TO NOISE RATIO;

PEPTIDES;

ALCOHOL DEHYDROGENASE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; ENZYMOLOGY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; LIVER; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; REPRODUCIBILITY;

ALCOHOL OXIDOREDUCTASES; AMINO ACID SEQUENCE; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; HUMANS; LIVER; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 77950415461     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac902314m     Document Type: Article

References (52)

1. Pan, S.; Rush, J.; Peskind, E. R.; Galasko, D.; Chung, K.; Quinn, J.; Jankovic, J.; Leverenz, J. B.; Zabetian, C.; Pan, C.; Wang, Y.; Oh, J. H.; Gao, J.; Zhang, J. P.; Montine, T.; Zhang, J. J. Proteome Res. 2008 7, 720-730.
2. Carr, S. A.; Anderson, L. Clin. Chem. 2008 54, 1749-1752.
3. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999 17, 994-999.
4. DeSouza, L.; Diehl, G.; Rodrigues, M. J.; Guo, J.; Romaschin, A. D.; Colgan, T. J.; Siu, K. W. J. Proteome Res. 2005 4, 377-386.
5. Wang, G.; Wu, W. W.; Zeng, W.; Chou, C. L.; Shen, R. F. J. Proteome Res. 2006 5, 1214-1223.
6. Li, X. J.; Pedrioli, P. G.; Eng, J.; Martin, D.; Yi, E. C.; Lee, H.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2004 76, 3856-3860.
7. Chelius, D.; Zhang, T.; Wang, G.; Shen, R. F. Anal. Chem. 2003 75, 6658-6665.
8. Wang, W.; Zhou, H.; Lin, H.; Roy, S.; Shaler, T. A.; Hill, L. R.; Norton, S.; Kumar, P.; Anderle, M.; Becker, C. H. Anal. Chem. 2003 75, 4818-4826.
9. Old, W. M.; Meyer-Arendt, K.; Aveline-Wolf, L.; Pierce, K. G.; Mendoza, A.; Sevinsky, J. R.; Resing, K. A.; Ahn, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2005 4, 1487-1502.
10. Fang, R.; Elias, D. A.; Monroe, M. E.; Shen, Y.; McIntosh, M.; Wang, P.; Goddard, C. D.; Callister, S. J.; Moore, R. J.; Gorby, Y. A.; Adkins, J. N.; Fredrickson, J. K.; Lipton, M. S.; Smith, R. D. Mol. Cell. Proteomics 2006 5, 714-725.
11. Higgs, R. E.; Knierman, M. D.; Gelfanova, V.; Butler, J. P.; Hale, J. E. Methods Mol. Biol. 2008 428, 209-230.
12. Qu, J.; Straubinger, R. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005 19, 2857-2864.
13. Qu, J.; Jusko, W. J.; Straubinger, R. M. Anal. Chem. 2006 78, 4543-4552.
14. Collier, T. S.; Hawkridge, A. M.; Georgianna, D. R.; Payne, G. A.; Muddiman, D. C. Anal. Chem. 2008 80, 4994-5001.
15. Norris, A. J.; Whitelegge, J. P.; Yaghoubian, A.; Alattia, J. R.; Prive, G. G.; Toyokuni, T.; Sun, H.; Brooks, M. N.; Panza, L.; Matto, P.; Compostella, F.; Remmel, N.; Klingenstein, R.; Sandhoff, K.; Fluharty, C.; Fluharty, A.; Faull, K. F. J. Lipid Res. 2005 46, 2254-2264.
16. Pan, S.; Aebersold, R.; Chen, R.; Rush, J.; Goodlett, D. R.; McIntosh, M. W.; Zhang, J.; Brentnall, T. A. J. Proteome Res. 2009 8, 787-797.
17. Anderson, L.; Hunter, C. L. Mol. Cell. Proteomics 2006 5, 573-588.
18. Martin, D. B.; Holzman, T.; May, D.; Peterson, A.; Eastham, A.; Eng, J.; McIntosh, M. Mol. Cell. Proteomics 2008 7, 2270-2278.
19. Lange, V.; Malmstrom, J. A.; Didion, J.; King, N. L.; Johansson, B. P.; Schafer, J.; Rameseder, J.; Wong, C. H.; Deutsch, E. W.; Brusniak, M. Y.; Buhlmann, P.; Bjorck, L.; Domon, B.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2008 7, 1489-1500.
20. Yocum, A. K.; Gratsch, T. E.; Leff, N.; Strahler, J. R.; Hunter, C. L.; Walker, A. K.; Michailidis, G.; Omenn, G. S.; O'Shea, K. S.; Andrews, P. C. Mol. Cell. Proteomics 2008 7, 750-767.
21. Lu, Y.; Bottari, P.; Turecek, F.; Aebersold, R.; Gelb, M. H. Anal. Chem. 2004 76, 4104-4111.
22. Havlis, J.; Shevchenko, A. Anal. Chem. 2004 76, 3029-3036.
23. Ong, S. E.; Mann, M. Nat. Chem. Biol. 2005 1, 252-262.
24. Gerber, S. A.; Rush, J.; Stemman, O.; Kirschner, M. W.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100, 6940-6945.
25. Sandhu, C.; Hewel, J. A.; Badis, G.; Talukder, S.; Liu, J.; Hughes, T. R.; Emili, A. J. Proteome Res. 2008 7, 1529-1541.
26. Kuhn, E.; Wu, J.; Karl, J.; Liao, H.; Zolg, W.; Guild, B. Proteomics 2004 4, 1175-1186.
27. Anderson, N. L.; Anderson, N. G.; Haines, L. R.; Hardie, D. B.; Olafson, R. W.; Pearson, T. W. J. Proteome Res. 2004 3, 235-244.
28. Keshishian, H.; Addona, T.; Burgess, M.; Kuhn, E.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2007 6, 2212-2229.
29. Barnidge, D. R.; Goodmanson, M. K.; Klee, G. G.; Muddiman, D. C. J. Proteome Res. 2004 3, 644-652.
30. Pan, S.; Zhang, H.; Rush, J.; Eng, J.; Zhang, N.; Patterson, D.; Comb, M. J.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2005 4, 182-190.
31. Mallick, P.; Schirle, M.; Chen, S. S.; Flory, M. R.; Lee, H.; Martin, D.; Ranish, J.; Raught, B.; Schmitt, R.; Werner, T.; Kuster, B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2007 25, 125-131.
32. Diez, C.; Barrado, E.; Marinero, P.; Sanz, M. J. Chromatogr., A 2008 1180, 10-23.
33. Wan, H. B.; Wong, M. K.; Lim, P. Y.; Mok, C. Y. J. Chromatogr., A 1994 662, 147-152.
34. Miura, T.; Itoh, Y.; Takada, M.; Tsutsui, H.; Yukimura, T.; Nishinaka, T.; Terada, T. Chem. Biol. Interact. 2009 178, 211-214.
35. El-Hawari, Y.; Favia, A. D.; Pilka, E. S.; Kisiela, M.; Oppermann, U.; Martin, H. J.; Maser, E. Chem. Biol. Interact. 2009 178, 234-241.
36. Kassner, N.; Huse, K.; Martin, H. J.; Godtel-Armbrust, U.; Metzger, A.; Meineke, I.; Brockmoller, J.; Klein, K.; Zanger, U. M.; Maser, E.; Wojnowski, L. Drug Metab. Dispos. 2008 36, 2113-2120.
37. Gonzalez-Covarrubias, V.; Zhang, J.; Kalabus, J. L.; Relling, M. V.; Blanco, J. G. Drug Metab. Dispos. 2009 37, 400-407.
38. Zhang, J.; Blanco, J. G. Pharm. Res. 2009 26, 2209-2215.
39. Duan, X.; Young, R.; Straubinger, R. M.; Page, B.; Cao, J.; Wang, H.; Yu, H.; Canty, J. M.; Qu, J. J. Proteome Res. 2009 8, 2838-2850.
40. Gonzalez-Covarrubias, V.; Ghosh, D.; Lakhman, S. S.; Pendyala, L.; Blanco, J. G. Drug Metab. Dispos. 2007 35, 973-980.
41. Qu, J.; Wang, Y.; Luo, G.; Wu, Z.; Yang, C. Anal. Chem. 2002 74, 2034-2040.
42. Qu, J.; Qu, Y.; Straubinger, R. M. Anal. Chem. 2007 79, 3786-3793.
43. Qu, J.; Liang, Q.; Luo, G.; Wang, Y. Anal. Chem. 2004 76, 2239-2247.
44. Arsene, C. G.; Ohlendorf, R.; Burkitt, W.; Pritchard, C.; Henrion, A.; O'Connor, G.; Bunk, D. M.; Guttler, B. Anal. Chem. 2008 80, 4154-4160.
45. Gaspar, J. R.; Qu, J.; Straubinger, N. L.; Straubinger, R. M. Analyst 2008 133, 1742-1748.
46. Yu, H.; Straubinger, R. M.; Cao, J.; Wang, H.; Qu, J. J. Chromatogr., A 2008 1210, 160-167.
47. Wang, H.; Straubinger, R. M.; Aletta, J. M.; Cao, J.; Duan, X.; Yu, H.; Qu, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009 20, 507-519.
48. Matuszewski, B. K.; Constanzer, M. L.; Chavez-Eng, C. M. Anal. Chem. 2003 75, 3019-3030.
49. Qu, J.; Wang, Y.; Luo, G. J. Chromatogr., A 2001 919, 437-441.
50. Stahl-Zeng, J.; Lange, V.; Ossola, R.; Eckhardt, K.; Krek, W.; Aebersold, R.; Domon, B. Mol. Cell. Proteomics 2007 6, 1809-1817.
51. Brun, V.; Dupuis, A.; Adrait, A.; Marcellin, M.; Thomas, D.; Court, M.; Vandenesch, F.; Garin, J. Mol. Cell. Proteomics 2007 6, 2139-2149.
52. Cox, J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2008 26, 1367-1372.