Consensus modes, a robust description of protein collective motions from multiple-minima normal mode analysis - Application to the HIV-1 protease

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 12, 2010, Pages 2850-2859

  Batista, Paulo Ricardo ^a,b   Robert, Charles Herbert ^b,d   Maréchal, Jean Didier ^c   Hamida Rebaï, Meriam Ben ^b   Pascutti, Pedro Geraldo ^a   Bisch, Paulo Mascarello ^a   Perahia, David ^b  

^a FEDERAL UNIVERSITY OF RIO DE JANEIRO   (Brazil)

^b INSTITUTE FOR INTEGRATIVE BIOLOGY OF THE CELL I2BC   (France)

^c UNIVERSITAT AUTÒNOMA DE BARCELONA   (Spain)

^d INST DE BIOLOGIE PHYSICO CHIMIQUE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

P16 PROTEASE, HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; PROTEINASE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HUMAN; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

HIV PROTEASE; HIV-1; HUMANS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION;

EID: 77949382914     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b919148h     Document Type: Article

References (73)

1. D. A. Benson I. Karsch-Mizrachi D. J. Lipman J. Ostell D. L. Wheeler Nucleic Acids Res. 2007 36 D25 30
2. F. C. Bernstein T. F. Koetzle G. J. Williams E. F. Meyer, Jr. M. D. Brice J. R. Rodgers O. Kennard T. Shimanouchi M. Tasumi J. Mol. Biol. 1977 112 535 542
3. R. Huber W. S. Bennett, Jr. Biopolymers 1983 22 261 279
4. G. N. Phillips, Jr. Biophys. J. 1990 57 381 383
5. W. C. Lu C. Z. Wang E. W. Yu K. M. Ho Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 62 152 158
6. M. L. Teodoro G. N. Phillips, Jr. L. E. Kavraki J. Comput. Biol. 2003 10 617 634
7. A. Chollet G. Turcatti J. Comput.-Aided Mol. Des. 1999 13 209 219
8. N. Sinha S. J. Smith-Gill Protein Pept. Lett. 2002 9 367 377
9. L. K. Tamm F. Abildgaard A. Arora H. Blad J. H. Bushweller FEBS Lett. 2003 555 139 143
10. M. Karplus D. L. Weaver Nature 1976 260 404 406
11. J. A. McCammon B. R. Gelin M. Karplus Nature 1977 267 585 590
12. K. A. Henzler-Wildman V. Thai M. Lei M. Ott M. Wolf-Watz T. Fenn E. Pozharski M. A. Wilson G. A. Petsko M. Karplus C. G. Hubner D. Kern Nature 2007 450 838 844
13. K. A. Henzler-Wildman M. Lei V. Thai S. J. Kerns M. Karplus D. Kern Nature 2007 450 913 916
14. W. R. Scott C. A. Schiffer Structure 2000 8 1259 1265
15. E. Kim S. Jang Y. Pak J. Chem. Phys. 2008 128 175104 175110
16. W. Treptow S. J. Marrink M. Tarek J. Phys. Chem. B 2008 112 3277 3282
17. H. Liu S. G. Dastidar H. Lei W. Zhang M. C. Lee Y. Duan Methods Mol. Biol. 2008 443 258 275
18. L. A. Alcaraz M. Del Alamo M. G. Mateu J. L. Neira FEBS J. 2008 275 3299 3311
19. G. C. Amorim A. S. Pinheiro L. E. Netto A. P. Valente F. C. Almeida J. Biomol. NMR 2007 38 99 104
20. J. A. McCammon B. R. Gelin M. Karplus P. G. Wolynes Nature 1976 262 325 326
21. M. Levitt C. Sander P. S. Stern J. Mol. Biol. 1985 181 423 447
22. B. Brooks M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1983 80 6571 6575
23. D. Perahia L. Mouawad Comput. Chem. 1995 19 241 246
24. E. Balog J. C. Smith D. Perahia Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 5543 5548
25. O. Keskin S. R. Durell I. Bahar R. L. Jernigan D. G. Covell Biophys. J. 2002 83 663 680
26. F. Tama Y. H. Sanejouand Protein Eng., Des. Sel. 2001 14 1 6
27. L. Mouawad D. Perahia J. Mol. Biol. 1996 258 393 410
28. P. Petrone V. S. Pande Biophys. J. 2006 90 1583 1593
29. N. Floquet P. Durand B. Maigret B. Badet M. A. Badet-Denisot D. Perahia J. Mol. Biol. 2009 385 653 664
30. Z. Yang P. Majek I. Bahar PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000360
31. N. Nakagawa M. Peyrard Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 5279 5284
32. D. J. Wales Phys. Biol. 2005 2 S86 93
33. D. J. Wales T. V. Bogdan J. Phys. Chem. B 2006 110 20765 20776
34. A. Kitao S. Hayward N. Go Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998 33 496 517
35. H. W. T. van Vlijmen M. Karplus J. Phys. Chem. B 1999 103 3009 3021
36. N. Floquet J. D. Marechal M. A. Badet-Denisot C. H. Robert M. Dauchez D. Perahia FEBS Lett. 2006 580 5130 5136
37. M. A. Navia P. M. Fitzgerald B. M. McKeever C. T. Leu J. C. Heimbach W. K. Herber I. S. Sigal P. L. Darke J. P. Springer Nature 1989 337 615 620
38. N. E. Kohl E. A. Emini W. A. Schleif L. J. Davis J. C. Heimbach R. A. Dixon E. M. Scolnick I. S. Sigal Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988 85 4686 4690
39. A. G. Tomasselli R. L. Heinrikson Biochim. Biophys. Acta, Protein Struct. Mol. Enzymol. 2000 1477 189 214
40. A. Gustchina I. T. Weber FEBS Lett. 1990 269 269 272
41. R. Lapatto T. Blundell A. Hemmings J. Overington A. Wilderspin S. Wood J. R. Merson P. J. Whittle D. E. Danley K. F. Geoghegan, et al. Nature 1989 342 299 302
42. A. Wlodawer J. W. Erickson Annu. Rev. Biochem. 1993 62 543 585
43. R. Ishima D. I. Freedberg Y. X. Wang J. M. Louis D. A. Torchia Structure 1999 7 1047 1055
44. V. Tozzini J. Trylska C. E. Chang J. A. McCammon J. Struct. Biol. 2007 157 606 615
45. D. I. Freedberg R. Ishima J. Jacob Y. X. Wang I. Kustanovich J. M. Louis D. A. Torchia Protein Sci. 2002 11 221 232
46. E. Katoh J. M. Louis T. Yamazaki A. M. Gronenborn D. A. Torchia R. Ishima Protein Sci. 2003 12 1376 1385
47. R. Ishima J. M. Louis Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 70 1408 1415
48. V. Hornak A. Okur R. C. Rizzo C. Simmerling Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 915 920
49. F. Ding M. Layten C. Simmerling J. Am. Chem. Soc. 2008 130 7184 7185
50. V. Zoete O. Michielin M. Karplus J. Mol. Biol. 2002 315 21 52
51. P. R. Batista A. Wilter E. H. Durham P. G. Pascutti Cell Biochem. Biophys. 2006 44 395 404
52. L. Yang G. Song A. Carriquiry R. L. Jernigan Structure 2008 16 321 330
53. R. M. Levy M. Karplus J. Kushick D. Perahia Macromolecules 1984 17 1370 1374
54. M. Karplus J. N. Kushick Macromolecules 1981 14 325 332
55. R. M. Levy D. Perahia M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1982 79 1346 1350
56. M. A. Balsera W. Wriggers Y. Oono K. Schulten J. Phys. Chem. 1996 100 2567 2572
57. S. Spinelli Q. Z. Liu P. M. Alzari P. H. Hirel R. J. Poljak Biochimie 1991 73 1391 1396
58. J. Janin F. Rodier Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995 23 580 587
59. K. L. Meagher H. A. Carlson Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005 58 119 125
60. A. Thomas M. J. Field D. Perahia J. Mol. Biol. 1996 261 490 506
61. Q. Cui G. Li J. Ma M. Karplus J. Mol. Biol. 2004 340 345 372
62. S. W. Rick J. W. Erickson S. K. Burt Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998 32 7 16
63. M. M. Tirion Phys. Rev. Lett. 1996 77 1905
64. N. Floquet S. Dedieu L. Martiny M. Dauchez D. Perahia Arch. Biochem. Biophys. 2008 478 103 109
65. J. C. Phillips R. Braun W. Wang J. Gumbart E. Tajkhorshid E. Villa C. Chipot R. D. Skeel L. Kale K. Schulten J. Comput. Chem. 2005 26 1781 1802
66. A. D. Mackerell, Jr M. Feig C. L. Brooks, 3rd J. Comput. Chem. 2004 25 1400 1415
67. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden H. Lee L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577 8593
68. S. Miyamoto P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 952 962
69. J.-P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
70. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. Vangunsteren A. Dinola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
71. Bernard R. Brooks Robert E. Bruccoleri Barry D. Olafson David J. States S. Swaminathan M. Karplus J. Comput. Chem. 1983 4 187 217
72. C. H. Robert J. Cherfils L. Mouawad D. Perahia J. Mol. Biol. 2004 337 969 983
73. R. Bruschweiler J. Chem. Phys. 1995 102 3396 3403