Tautomeric equilibrium of uracil and thymine in model protein - Nucleic acid contacts. Spectroscopic and quantum chemical approach

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 3, 2010, Pages 1454-1461

  Samijlenko, Svitlana P ^a   Yurenko, Yevgen P ^a   Stepanyugin, Andriy V ^a   Hovorun, Dmytro M ^a  

^a INSTITUTE OF MOLECULAR BIOLOGY AND GENETICS   (Ukraine)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COORDINATION REACTIONS; DYES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NUCLEIC ACIDS; QUANTUM CHEMISTRY; STRETCHING; ULTRAVIOLET SPECTROSCOPY;

BIOLOGICAL SIGNIFICANCE; C-PCM SOLVATION MODEL; CARBONYL GROUPS; CARBOXYLIC GROUP; COORDINATION COMPLEX; EXPERIMENTAL DATA; H NMR SPECTRA; HIGH ENERGY; IMINO PROTONS; IR BANDS; IR SPECTRUM; MODEL COMPLEXES; MODEL PROTEINS; NMR DATA; NUCLEOTIDE BASIS; QUANTUM CHEMICAL APPROACH; QUANTUM CHEMICAL CALCULATIONS; SPECTRAL FEATURE; STRETCHING VIBRATIONS; TAUTOMERIC EQUILIBRIA; TAUTOMERIC TRANSFORMATION; UV SPECTRUM; UV- AND;

COMPLEXATION;

EID: 76249127058     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp909099a     Document Type: Article

References (45)

1. Takahashi, I.; Marmur, J. Nature 1963, 197, 794.
2. Dekker, C. A.; Todd, A. R. Nature 1950, 166, 557.
3. Hagen, L.; Peñ-Diaz, J.; Kavli, B.; Otterlei, M.; Slupphaug, G.; Krokan, H. E. Exp. Cell. Res. 2006, 312, 2666.
4. Liu, P.; Burdzy, A.; Sowers, L. C. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 1001.
5. Kavli, B.; Otterlei, M.; Slupphaug, G.; Krokan, H. E. DNA Repair 2007, 6, 505.
6. De Pascuale, R. J. Ind. Chem. Prod. Res. Dev. 1978, 17, 278.
7. Danilov, V. I.; Anisimov, V. N.; Kurita, N.; Hovorun, D. M. Chem. Phys. Lett. 2005, 412, 285.
8. Jalbout, A. F.; Trzaskowski, B.; Xia, Y.; Li, Y.; Hu, X.; Li, H.; El-Nahas, A.; Adamowicz, L. Chem. Phys. 2007, 332, 152.
9. Podolyan, Y.; Gorb, L.; Leszczynski, J. Int. J. Mol. Sci 2003, 4, 410.
10. Hanus, M.; Ryjacek, F.; Kabelac, M.; Kubar, T.; Bogdan, T. V.; Trygubenko, S. A.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7678.
11. Trygubenko, S. A.; Bogdan, T. V.; Sponer, J.; Rueda, M.; Orozko, M.; Luque, F. J.; Slaviek, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 4192.
12. Kosenkov, D.; Kholod, Y.; Gorb, L.; Shishkin, O.; Hovorun, D. M.; Mons, M.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6140.
13. Danilov, V. I.; van Mourik, T.; Kurita, N.; Wakabayashi, H.; Tsukamoto, T.; Hovorun, D. M. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 2233.
14. Gorb, L.; Leszczynski, J. Int. J. Quantum Chem. 1998, 70, 855.
15. Gorb, L.; Podolyan, Y.; Leszczynski, J. THEOCHEM 1999, 487, 47.
16. Platonov, M. O.; Samijlenko, S. P.; Sudakov, O. O.; Kondratyuk, I. V.; Hovorun, D. M. Spectrochim. Acta, Part A 2005, 62, 112.
17. Bartl, T.; Zacharová, Z.; Sečkářová, P.; Kolehmainen, E.; Marek, R. Eur. J. Org. Chem. 2009, 2009, 1377-1383.
18. Zheltovsky, N. V.; Samoilenko, S. A.; Kolomiets, I. N.; Kondratyuk, I. V.; Gubaidullin, M. I. J. Mol. Struct. 1989, 214, 15.
19. Kolomiets, I. N.; Kondratyuk, I. V.; Stepanyugin, A. V.; Samoilenko, S. A.; Zheltovsky, N. V. J. Mol. Struct. 1991, 250, 1.
20. Zheltovsky, N. V.; Samoilenko, S. A.; Kondratyuk, I. V.; Kolomiets, I. N.; Stepanyugin, A. V. J. Mol. Struct. 1995, 344, 54.
21. Samijlenko, S. P.; Kondratyuk, I. V.; Kolomiets, I. M.; Stepanyugin, A. V. Biopolymers Cell 1998, 14, 47.
22. Samijlenko, S. P.; Potyahaylo, A. L.; Stepanyugin, A. V.; Hovorun, D. M. Ukr. Biochem. J. 2003, 75, 42.
23. Saenger, W. Principle of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1984.
24. von Hippel, P. H. Science 1994, 263, 769.
25. Jeffrey, G. A.; Saenger, W. Hydrogen Bonding in Biological Structures; Springer-Verlag: Berlin Heidelberg, 1991.
26. Blumenfeld, V. A.; Crothers, D. M.; Tinoco, I., Jr. Nucleic Acids. Structure, Properties, and Functions; University Science Book: Sausalito, CA, 1999.
27. Travers, A. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1992, 2, 71.
28. Gorenstein, D. G. Chem. Rev. 1994, 94, 1315.
29. Koshland, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1958, 44, 98.
30. Daune, M. Molecular Biophysics. Structure in Motion; Oxford University Press: London, 1999.
31. Hou, Y. H.; Schimmel, P. R. Nature 1988, 333, 140.
32. Samijlenko, S. P.; Bogdan, T. V.; Trygubenko, S. A.; Potyahaylo, A. L.; Hovorun, D. M. Ukr. Biochem. J. 2000, 72, 92.
33. Trygubenko, S. A.; Bogdan, T. V.; Samijlenko, S. P.; Hovorun, D. M.; Kabelac, M.; Hobza, P. Phys. Alive 2002, 10, 39.
34. Samijlenko, S. P.; Krechkivska, O. M.; Kosach, D. A.; Hovorun, D. M. J. Mol. Struct. 2004, 708, 97.
35. Samijlenko, S. P.; Potyahaylo, A. L.; Stepanyugin, A. V.; Dzerzhynskyi, M. E.; Hovorun, D. M. Ukr. Biochem. J. 2001, 73, 147.
36. Samijlenko, S. P.; Bogdan, T. V.; Trygubenko, S. A.; Hovorun, D. M. Biopolymers Cell 2001, 17, 540.
37. Samijlenko, S. P.; Stepanyugin, A. V.; Krechkivska, O. M.; Potyahaylo, A. L.; Hovorun, D. M. Dopovidi Nats. Akad. Nauk Ukr. 2002, 4, 187.
38. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
39. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
40. Wesolowski, S. S.; Leininger, M. L.; Pentchew, P. N.; Schaefer, H. F., III. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4023.
41. Rienstra-Kiracofe, J. C.; Barden, C. J.; Brown, S. T.; Schaefer, H. F., III. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 524.
42. Barone, V.; Cossi, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1995.
43. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
44. Bader, R. F. W. Atoms in Molecules: A Quantum Theory; Clarendon: Oxford, U.K., 1995.
45. Kondratyuk, I. V.; Samijlenko, S. P.; Kolomiets, I. M.; Hovorun, D. M. J. Mol. Struct. 2000, 523, 109.