A simple coarse-grained model for self-assembling silk-like protein fibers

Faraday Discussions

Volumn 144, Issue , 2009, Pages 127-141

  Schor, Marieke ^a   Ensing, Bernd ^a   Bolhuis, Peter G ^a  

^a UNIVERSITY OF AMSTERDAM   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; PROTEIN FOLDING;

MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEIN FOLDING; PROTEINS;

EID: 70350223825     PISSN: 13596640     EISSN: 13645498     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b901608b     Document Type: Article

References (41)

1. M. Schor A. A. Martens F. A. de Wolf M. A. Cohen Stuart P. G. Bolhuis Soft Matter 2009 5 2658 2665
2. S. Brown N. J. Fawzi T. Head-Gordon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 10712 10717
3. S. Zhang Nat. Biotechnol. 2003 21 1171 1178
4. H. M. König A. F. M. Kilbinger Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 8334 8340
5. M. T. Krejchi S. J. Cooper Y. Deguchi E. D. Atkins M. J. Fournier T. L. Mason D. A. Tirrell Macromolecules 1997 30 5012 5024
6. J. M. Smeenk M. B. J. Otten J. Thies D. A. Tirrell H. G. Stunnenberg J. C. M. van Hest Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 1968 1971
7. N. I. Topilina S. Higashiya N. Rana V. V. Ermolenkov C. Kossow A. Carlsen S. C. Ngo C. C. Wells E. T. Eisenbraun K. A. Dunn Biomacromolecules 2006 7 1104 1111
8. M. T. Krejchi E. D. Atkins A. J. Waddon M. J. Fournier T. L. Mason D. A. Tirrell Science 1994 265 1427 1432
9. M. W. T. Werten A. P. H. A. Moers T. H. Vong H. Zuilhof J. C. M. van Hest F. A. de Wolf Biomacromolecules 2008 9 1705 1771
10. A. A. Martens G. Portale M. W. T. Werten R. J. de Vries G. Eggingk M. A. Cohen Stuart F. A. de Wolf Macromolecules 2009 42 1002 1009
11. H. Taketomi Y. Ueda N. Go Int. J. Pept. Protein Res. 1975 7 445 459
12. J. D. Honeycutt D. Thirumalai Biopolymers 1992 32 695 709
13. A. I. Jewett A. Baumketner J. E. Shea Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 13192 13197
14. A. V. Smith C. K. Hall J. Mol. Biol. 2001 312 187 202
15. C. Clementi A. E. Garcia J. N. Onuchic J. Mol. Biol. 2003 326 933 954
16. P. Derreumaux N. Mousseau J. Chem. Phys. 2007 126 025101
17. L. Monticelli S. K. Kandasamy X. Periole R. G. Larson D. P. Tieleman S. J. Marrink J. Chem. Theory Comput. 2008 4 819 834
18. A. Liwo M. Khalili H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 2362 2367
19. P. G. Bolhuis A. A. Louis Macromolecules 2002 35 1860 1869
20. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 2469 2473
21. S. J. Marrink et al. J. Phys. Chem. B 2007 111 7812 7824
22. N. J. Fawzi E.-H. Yap Y. Okabe K. L. Kohlstedt S. P. Brown T. Head-Gordon Acc. Chem. Res. 2008 41 1037 1047
23. Y. Sugita Y. Okamoto Chem. Phys. Lett. 1999 314 141 151
24. J. Juraszek P. G. Bolhuis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 15859 15864
25. G. M. Torrie J. P. Valleau Chem. Phys. Lett. 1974 28 578 581
26. A. Laio M. Parrinello Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12562 12566
27. A. F. Voter Phys. Rev. Lett. 1997 78 3908 3911
28. T. Huber A. Torda W. van Gunsteren J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994 8 695 708
29. H. Grubmuller Phys. Rev. E 1995 52 2893 2906
30. S. Park F. Khalili-Araghi E. Tajkhorsid K. Schulten J. Chem. Phys. 2003 119 3559 3566
31. S. Park K. Schulten J. Chem. Phys. 2004 120 5946 5961
32. C. Jarzynski Phys. Rev. Lett. 1997 78 2690 2693
33. H. C. Andersen J. Comput. Phys. 1983 52 24 34
34. http://www.cmm.upenn.edu/resources/indexsoft.html
35. G. Hummer A. Szabo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 3658 3661
36. P. L. Geissler C. Dellago J. Phys. Chem. B 2004 108 6667 6672
37. G. E. Crooks J. Stat. Phys. 1998 90 1481 1487
38. M. Doi and S. F. Edwards, The Theory of Polymer Dynamics, Oxford University Press, Oxford, 1986
39. C. Oostenbrink A. Villa A. E. Mark W. F. van Gunsteren J. Comput. Chem. 2004 25 1656 1676
40. D. Van der Spoel E. Lindahl B. Hess G. Groenhof A. E. Mark J. H. C. Berendsen J. Comput. Chem. 2005 26 1701 1718
41. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38