Structural Constraints Imposed by the Conserved Fusion Peptide on the HIV-1 gp41 Epitope Recognized by the Broadly Neutralizing Antibody 2F5

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 41, 2009, Pages 13626-13637

  De La Arada, Igor ^a   Julien, Jean Philippe ^b   De La Torre, Beatriz G ^c   Huarte, Nerea ^a   Andreu, David ^c   Pai, Emil F ^b,d   Arrondo, Jose L R ^a   Nieva, Jose L ^a  

^a UNIVERSITY OF THE BASQUE COUNTRY UPV EHU   (Spain)

^b UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

^c UNIVERSITAT POMPEU FABRA   (Spain)

^d PRINCESS MARGARET HOSPITAL   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIBODIES; CIRCULAR DICHROISM SPECTROSCOPY; DICHROISM; INFRARED SPECTROSCOPY; PEPTIDES; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

CIRCULAR DICHROISM; CONFORMATIONAL TRANSITIONS; FLEXIBLE TETHER; FOLDED STRUCTURES; FUSION PEPTIDES; HYBRID PEPTIDES; IMMUNOGENS; NATIVE STRUCTURES; NEUTRALIZING ANTIBODIES; PEPTIDE COMPLEX; STRUCTURAL CONSTRAINTS; STRUCTURAL FEATURE; TERTIARY INTERACTIONS; TWO-DIMENSIONAL CORRELATION INFRARED SPECTROSCOPY; X-RAY DIFFRACTION STUDIES;

AMINES;

EID: 70349974198     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp905965h     Document Type: Article

References (54)

1. Burton, D. R.; Desrosiers, R. C.; Doms, R. W.; Koff, W. C.; Kwong. P. D.; Moore, J. P.; Nabel, G. J.; Sodroski, J.; Wilson, I. A.; Wyatt, R. T. Nat. Immunol. 2004, 5, 233.
2. Walker, B. D.; Burton, D. R. Science 2008, 320, 760.
3. Thayer, A. Chem. Eng. News 2008, 86, 17.
4. Karlsson Hedestam, G. B.; Fouchier, R. A.; Phogat, S.; Burton, D. R.; Sodroski, J.; Wyatt, R. T. Nat. Rev. Microbiol. 2008, 6, 143.
5. Douek, D. C.; Kwong, P. D.; Nabel, G. J. Cell 2006, 124, 677.
6. Burton, D. R. Nat. Rev. Immunol. 2002, 2, 706.
7. Binley, J. M.; Wrin, T.; Korber, B.; Zwick, M. B.; Wang, M.; Chappey, C.; Stiegler, G.; Kunert, R.; Zolla-Pazner, S.; Katinger, H.; Petropoulos, C. J.; Burton, D. R. J. Virol. 2004, 78, 13232.
8. Muster, T.; Guinea, R.; Trkola, A.; Purtscher, M.; Klima, A.; Steindl, F.; Palese, P.; Katinger, H. J. Virol. 1994, 68, 4031.
9. Frankel, S. S.; Steinman, R. M.; Michael, N. L.; Kim, S. R.; Bhardwaj, N.; Pope, M.; Louder, M. K.; Ehrenberg, P. K.; Parren, P. W.; Burton, D. R.; Katinger, H.; VanCott, T. C.; Robb, M. L.; Birx, D. L.; Mascola, J. R. J. Virol. 1998, 72, 9788.
10. Mascola, J. R.; Stiegler, G.; VanCott, T. C.; Katinger, H.; Carpenter, C. B.; Hanson, C. E.; Beary, H.; Hayes, D.; Frankel, S. S.; Birx, D. L.; Lewis, M. G. Nat. Med. 2000, 6, 207.
11. Ferrantelli, F.; Hofmann-Lehmann, R.; Rasmussen, R. A.; Wang, T.; Xu, W.; Li, P. L.; Montefiori, D. C.; Cavacini, L. A.; Katinger, H.; Stiegler, G.; Anderson, D. C.; McClure, H. M.; Ruprecht, R. M. AIDS 2003, 17, 301.
12. Zwick, M. B. AIDS 2005, 19, 1725.
13. Montero, M.; van Houten, N. E.; Wang, X.; Scott, J. K. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2008, 72, 54.
14. Pai, E.; Klein, M.; Chong, P.; Pedy-czak, A. Fab-epitope complex from the HIV-1 cross-neutralizing monoclonal antibody 2F5. In World Intellectual Property Organization 2000; Vol. patent WO-00/61618.
15. Ofek, G.; Tang, M.; Sambor, A.; Katinger, H.; Mascola, J. R.; Wyatt, R.; Kwong, P. D. J. Virol. 2004, 78, 10724.
16. Julien, J. P.; Bryson, S.; Nieva, J. L.; Pai, E. F. J. Mol. Biol. 2008, 384, 377.
17. Lorizate, M.; Gomara, M. J.; de la Torre, B. G.; Andreu, D.; Nieva, J. L. J. Mol. Biol. 2006, 360, 45.
18. Lorizate, M.; de la Arada, I.; Huarte, N.; Sanchez-Martinez, S.; de la Torre, B. G.; Andreu, D.; Arrondo, J. L.; Nieva, J. L. Biochemistry 2006, 45, 14337.
19. Lorizate, M.; Huarte, N.; Saez-Cirion, A.; Nieva, J. L. Biochim. Biophys. Acta 2008.
20. Sattentau, Q. J.; Zolla-Pazner, S.; Poignard, P. Virology 1995, 206, 713.
21. Finnegan, C. M.; Berg, W.; Lewis, G. K.; DeVico, A. L. J. Virol. 2002, 76, 12123.
22. Bryson, S.; Cunningham, A.; Ho, J.; Hynes, R. C.; Isenman, D. E.; Barber, B. H.; Kunert, R.; Katinger, H.; Klein, M.; Pai, E. F. Protein Pept. Lett. 2001, 8, 413.
23. Arrondo, J. L.; Goni, F. M. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1999, 72, 367.
24. Iloro, I.; Chehin, R.; Goni, F. M.; Pajares, M. A.; Arrondo, J. L. Biophys. J. 2004, 86, 3951.
25. Kabsch, W. J. J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 795.
26. Brunger, A. T.; Adams, P. D.; Clore, G. M.; DeLano, W. L.; Gros, P.; Grosse-Kunstleve, R. W.; Jiang, J. S.; Kuszewski, J.; Nilges, M.; Pannu, N. S.; Read, R. J.; Rice, L. M.; Simonson, T.; Warren, G. L. Acta Crystallogr., Sect. D 1998, 54, 905.
27. Emsley, P.; Cowtan, K. Acta Crystallogr., Sect. D 2004, 60, 2126.
28. Cardozo, T.; Totrov, M.; Abagyan, R. Proteins 1995, 23, 403
29. White, S. H.; Wimley, W. C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 319.
30. Gallaher, W. R. Cell 1987, 50, 327.
31. Sreerama, N.; Woody, R. W. Methods Enzymol. 2004, 383, 318.
32. Arrondo, J. L.; Muga, A.; Castresana, J.; Goni, F. M. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1993, 59, 23.
33. Perczel, A.; Fasman, G. D. Protein Sci. 1992, 1, 378.
34. Keating, A. E.; Malashkevich, V. N.; Tidor, B.; Kim, P. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14825.
35. Litowski, J. R.; Hodges, R. S. J. Biol. Chem. 2002, 277, 37272.
36. Fabian, H.; Mantsch, H. H.; Schultz, C. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 13153.
37. Noda, I. Anal. Sci. 2007, 23, 139.
38. Arrondo, J. L.; Blanco, F. J.; Serrano, L.; Goni, F. M. FEBS Lett. 1996, 384, 35.
39. Tian, Y.; Ramesh, C. V.; Ma, X.; Naqvi, S.; Patel, T.; Cenizal, T.; Tiscione, M.; Diaz, K.; Crea, T.; Arnold, E.; Arnold, G. F.; Taylor, J. W.J. Pept. Res. 2002, 59, 264.
40. McGaughey, G. B.; Citron, M.; Danzeisen, R. C.; Freidinger, R. M.; Garsky, V. M.; Hurni, W. M.; Joyce, J. G.; Liang, X.; Miller, M.; Shiver, J.; Bogusky, M. J. Biochemistry 2003, 42, 3214.
41. Joyce, J. G.; Hurni, W. M.; Bogusky, M. J.; Garsky, V. M.; Liang, X.; Citron, M. P.; Danzeisen, R. C.; Miller, M. D.; Shiver, J. W.; Keller, P. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 45811.
42. Barbato, G.; Bianchi, E.; Ingallinella, P.; Hurni, W. H.; Miller, M. D.; Ciliberto, G.; Cortese, R.; Bazzo, R.; Shiver, J. W.; Pessi, A. J. Mol. Biol. 2003, 330, 1101.
43. Parker, C. E.; Deterding, L. J.; Hager-Braun, C.; Binley, J. M.; Schulke, N.; Katinger, H.; Moore, J. P.; Tomer, K. B. J. Virol. 2001, 75, 10906.
44. Sanchez-Martinez, S.; Lorizate, M.; Hermann, K.; Kunert, R.; Basanez, G.; Nieva, J. L. FEBS Lett. 2006, 580, 2395.
45. Menendez, A.; Chow, K. C.; Pan, O. C.; Scott, J. K. J. Mol. Biol. 2004, 338, 311.
46. Ahmed, Z.; Asher, S. A. Biochemistry 2006, 45, 9068.
47. Biron, Z.; Khare, S.; Quadt, S. R.; Hayek, Y.; Naider, F.; Anglister, J. Biochemistry 2005, 44, 13602.
48. Biron, Z.; Khare, S.; Samson, A. O.; Hayek, Y.; Naider, F.; Anglister, J. Biochemistry 2002, 41, 12687.
49. Bellamy-McIntyre, A. K.; Lay, C. S.; Baar, S.; Maerz, A. L.; Talbo, G. H.; Drummer, H. E.; Poumbourios, P. J. Biol. Chem. 2007, 282, 23104.
50. Noah, E.; Biron, Z.; Naider, F.; Arshava, B.; Anglister, J. Biochemistry 2008, 47, 6782.
51. Roux, K. H.; Taylor, K. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 244.
52. Zhu, P.; Liu, J.; Bess, J., Jr.; Chertova, E.; Lifson, J. D.; Grise, H.; Ofek, G. A.; Taylor, K. A.; Roux, K. H. Nature 2006, 441, 847.
53. Sanchez-Martinez, S.; Lorizate, M.; Katinger, H.; Kunert, R.; Nieva, J. L. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2006, 22, 998.
54. Sun, Z. Y.; Oh, K. J.; Kim, M.; Yu, J.; Brusic, V.; Song, L.; Qiao, Z.; Wang, J. H.; Wagner, G.; Reinherz, E. L. Immunity 2008, 28, 52.