Base composition profiling of human mitochondrial DNA using polymerase chain reaction and direct automated electrospray ionization mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 81, Issue 18, 2009, Pages 7515-7526

  Hall, Thomas A ^a   Sannes Lowery, Kristin A ^a   McCurdy, Leslie D ^b   Fisher, Constance ^b   Anderson, Theodore ^c   Henthorne, Almira ^a   Gioeni, Lora ^b   Budowle, Bruce ^d   Hofstadler, Steven A ^a  

^a Abbott Molecular Inc   (United States)

^b Federal Bureau of Investigation   (United States)

^c Armed Forces DNA Identification Laboratory   (United States)

^d UNIVERSITY OF NORTH TEXAS HEALTH SCIENCE CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AUTOMATED ANALYSIS; AUTOMATED SYSTEMS; BASE COMPOSITION; CONTROL REGION; DESOLVATION; DIRECT ANALYSIS; ELECTROSPRAY IONIZATION MASS SPECTROMETRY; FORENSIC ANALYSIS; HIGH RESOLUTION; MASS MEASUREMENTS; MITOCHONDRIAL DNA; MITOCHONDRIAL DNA (MTDNA); MITOCHONDRIAL GENOMES; MTDNA SEQUENCE; POLYMERASE CHAIN REACTION;

AUTOMATION; CHEMICAL ANALYSIS; DNA; ELECTROSPRAY IONIZATION; GENES; IONIZATION; MASS SPECTROMETERS; MASS SPECTROMETRY; MITOCHONDRIA; NUCLEIC ACIDS; POLYMERIZATION; POPULATION STATISTICS;

UNCERTAINTY ANALYSIS;

MITOCHONDRIAL DNA;

ARTICLE; AUTOMATION; CONTROLLED STUDY; DNA BASE COMPOSITION; DNA DETERMINATION; DNA EXTRACTION; DNA SEQUENCE; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; GENE AMPLIFICATION; HETEROPLASMY; HUMAN; MEASUREMENT ERROR; MITOCHONDRIAL GENOME; MULTIPLEX POLYMERASE CHAIN REACTION; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM; SOLVATION;

BASE COMPOSITION; DATABASES, GENETIC; DNA, MITOCHONDRIAL; FORENSIC GENETICS; HUMANS; POLYMERASE CHAIN REACTION; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 70349087377     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac901222y     Document Type: Article

References (48)

1. Budowle, B.; Allard, M. W.; Wilson, M. R.; Chakraborty, R. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2003, 4, 119-141.
2. Ginther, C.; Issel-Tarver, L.; King, M. C. Nat. Genet. 1992, 2, 135-138.
3. Sullivan, K. M.; Hopgood, R.; Gill, P. Int. J. Legal Med. 1992, 105, 83-86.
4. Wilson, M. R.; DiZinno, J. A.; Polanskey, D.; Replogle, J.; Budowle, B. Int. J. Legal Med. 1995, 108, 68-74.
5. Bogenhagen, D.; Clayton, D. A. J. Biol. Chem. 1974, 249, 7791-7795.
6. Anderson, S.; Bankier, A. T.; Barrell, B. G.; de Bruijn, M. H. L.; Coulson, A. R.; Drouin, J.; Eperon, I. C.; Nierlich, D. P.; Roe, B. A.; Sanger, F.; Schreier, P. H.; Smith, A. J. H.; Staden, R.; Young, I. G. Nature 1981, 290, 457-465.
7. Andrews, R. M.; Kubacka, I.; Chinnery, P. F.; Lightowlers, R. N.; Turnbull, D. M.; Howell, N. Nat. Genet. 1999, 23, 147.
8. Bar, W.; Brinkmann, B.; Budowle, B.; Carracedo, A.; Gill, P.; Holland, M.; Lincoln, P. J.; Mayr, W.; Morling, N.; Olaisen, B.; Schneider, P. M.; Tully, G.; Wilson, M. Int. J. Legal Med 2000, 113, 193-196.
9. Tully, G.; Bar, W.; Brinkmann, B.; Carracedo, A.; Gill, P.; Morling, N.; Parson, W.; Schneider, P. Forensic Sci. Int. 2001, 124, 83-91.
10. Santos, C.; Sierra, B.; Alvarez, L.; Ramos, A.; Fernandez, E.; Nogues, R.; Aluja, M. P. J. Mol. Evol. 2008, 67, 191-200.
11. Bendall, K. E.; Sykes, B. C. Am. J. Hum. Genet. 1995, 57, 248-256.
12. Budowle, B.; Allard, M. W.; Wilson, M. R.; Chakraborty, R. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2003, 4, 119-141.
13. Lagerstrom-Fermer, M.; Olsson, C.; Forsgren, L.; Syvanen, A. C. Am. J. Hum. Genet. 2001, 68, 1299-1301.
14. Salas, A.; Lareu, M. V.; Carracedo, A. Int. J. Legal Med. 2001, 114, 186-190.
15. Hatsch, D.; Amory, S.; Keyser, C.; Hienne, R.; Bertrand, L. J. Forensic Sci. 2007, 52, 891-894.
16. Walker, J. A.; Garber, R. K.; Hedges, D. J.; Kilroy, G. E.; Xing, J.; Batzer, M. A. Anal. Biochem. 2004, 325, 171-173.
17. Andreasson, H.; Nilsson, M.; Budowle, B.; Frisk, S.; Allen, M. Int. J. Legal Med. 2006, 120, 383-390.
18. Andreasson, H.; Asp, A.; Alderborn, A.; Gyllensten, U.; Allen, M. Biotechniques 2002, 32, 124-126, 128, 130-1123
19. Kristinsson, R.; Lewis, S. E.; Danielson, P. B. J. Forensic Sci. 2009, 54, 28-36.
20. Divne, A. M.; Nilsson, M.; Calloway, C.; Reynolds, R.; Erlich, H.; Allen, M. J. Forensic Sci. 2005, 50, 548-554.
21. Vallone, P. M.; Jakupciak, J. P.; Coble, M. D. Forensic Sci. Int. Genet. 2007, 1, 196-198.
22. Hall, T. A.; Budowle, B.; Jiang, Y.; Blyn, L.; Eshoo, M.; Sannes-Lowery, K. A.; Sampath, R.; Drader, J. J.; Hannis, J. C.; Harrell, P.; Samant, V.; White, N.; Ecker, D. J.; Hofstadler, S. A. Anal. Biochem. 2005, 344, 53-69.
23. Oberacher, H.; Niederstatter, H.; Parson, W. Int. J. Legal Med. 2007, 121, 57-67.
24. Oberacher, H.; Niederstatter, H.; Pitterl, F.; Parson, W. Anal. Chem. 2006, 78, 7816-7827.
25. Zhou, S.; Kassauei, K.; Cutler, D. J.; Kennedy, G. C.; Sidransky, D.; Maitra, A.; Califano, J. J. Mol. Diagn. 2006, 8, 476-482.
26. Maitra, A.; Cohen, Y.; Gillespie, S. E.; Mambo, E.; Fukushima, N.; Hoque, M. O.; Shah, N.; Goggins, M.; Califano, J.; Sidransky, D.; Chakravarti, A. Genome Res. 2004, 14, 812-819.
27. Andreasson, H.; Nilsson, M.; Styrman, H.; Pettersson, U.; Allen, M. Forensic Sci. Int. Genet. 2007, 1, 35-43.
28. Doktycz, M. J.; Hurst, G. B.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A.; Tang, K.; Chen, C. H.; Uziel, M.; Jacobson, K. B.; Woychik, R. P.; Buchanan, M. V. Anal. Biochem. 1995, 230, 205-214.
29. Hurst, G. B.; Doktycz, M. J.; Vass, A. A.; Buchanan, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 377-382.
30. Naito, Y.; Ishikawa, K.; Koga, Y.; Tsuneyoshi, T.; Terunuma, H.; Arakawa, R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 737-742.
31. Hofstadler, S. A.; Sampath, R.; Blyn, L. B.; Eshoo, M. W.; Hall, T. A.; Jiang, Y.; Drader, J. J.; Hannis, J. C.; Sannes-Lowery, K. A.; Cummins, L. L.; Libby, B.; Walcott, D. J.; Schink, A.; Massire, C.; Ranken, R.; White, N.; Samant, V.; McNeil, J. A.; Knize, D.; Robbins, D.; Rudnik, K.; Desai, A.; Moradi, E.; Ecker, D. J. Int. J. Mass Spectrom. 2005, 242, 23-41.
32. Ecker, D. J.; Sampath, R.; Blyn, L. B.; Eshoo, M. W.; Ivy, C.; Ecker, J. A.; Libby, B.; Samant, V.; Sannes-Lowery, K.; Melton, R. E.; Russell, K.; Freed, N.; Barrozo, C.; Wu, J.; Rudnick, K.; Desai, A.; Moradi, E.; Knize, D. J.; Robbins, D. W.; Hannis, J. C.; Harrell, P. M.; Massire, C.; Hall, T. A.; Jiang, Y.; Ranken, R.; Drader, J. J.; White, N.; McNeil, J. A.; Crooke, S. T.; Hofstadler, S. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 8012-8017.
33. Ecker, J. A.; Massire, C.; Hall, T. A.; Ranken, R.; Pennella, T. T.; Agasino Ivy, C.; Blyn, L. B.; Hofstadler, S. A.; Endy, T. P.; Scott, P. T.; Lindler, L.; Hamilton, T.; Gaddy, C.; Snow, K.; Pe, M.; Fishbain, J.; Craft, D.; Deye, G.; Riddell, S.; Milstrey, E.; Petruccelli, B.; Brisse, S.; Harpin, V.; Schink, A.; Ecker, D. J.; Sampath, R.; Eshoo, M. W. J. Clin. Microbiol. 2006, 44, 2921-2932.
34. Sampath, R.; Russell, K. L.; Massire, C.; Eshoo, M. W.; Harpin, V.; Blyn, L. B.; Melton, R.; Ivy, C.; Pennella, T. T.; Li, F.; Levene, H.; Hall, T.; Libby, B.; Fan, N.; Walcott, D. J.; Ranken, R.; Pear, M.; Schink, A.; Gutierrez, J.; Drader, J.; Moore, D.; Metzgar, D.; Addington, L.; Rothman, R.; Gaydos, C. A.; Yang, S.; St. George, K.; Fuschino, M. E.; Dean, A. B.; Stallknecht, D.; Goekjian, G.; Yingst, S.; Monteville, M.; Saad, M. D.; Whitehouse, C. A.; Baldwin, C.; Rudnick, K. H.; Hofstadler, S. A.; Lemon, S. M.; Ecker, D. J. PLoS ONE 2007, 2, e489, DOI: 410.1371/journal.pone.0000489.
35. Oberacher, H.; Parson, W.; Muehlmann, R.; Huber, C. G. Anal. Chem. 2001, 73, 5109-5115.
36. Pusch, W.; Wurmbach, J. H.; Thiele, H.; Kostrzewa, M. Pharmacogenomics 2002, 3, 537-548.
37. Sobrino, B.; Brion, M.; Carracedo, A. Forensic Sci. Int. 2005, 154, 181-194.
38. Monson, K. L.; Miller, K. W. P.; Wilson, M. R.; DiZinno, J. A.; Budowle, B. Forensic Sci. Commun. 2002, 4, April.
39. Ecker, D. J.; Drader, J.; Gutierrez, J.; Gutierrez, A.; Hannis, J.; Schink, A.; Sampath, R.; Ecker, J. A.; Blyn, L. B.; Eshoo, M. W.; Hall, T. A.; Tobarmosquera, M.; Jiang, Y.; Sannes-Lowery, K.; Cummins, L.; Libby, B.; Walcott, D. J.; Massire, C.; Ranken, R.; Manalili, S. M.; Ivy, C.; Melton, R.; Levene, H.; Harpin, V.; Li, F.; White, N.; Pear, M.; Samant, V.; Knize, D.; Robbins, D.; Rudnick, K.; Hajjar, F.; Hofstadler, S. A. JALA 2006, 11, 341-351.
40. Jiang, Y.; Hofstadler, S. A. Anal. Biochem. 2003, 316, 50-57.
41. Muddiman, D. C.; Anderson, G. A.; Hofstadler, S. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1997, 69, 1543-1549.
42. Scientific Working Group for DNA Analysis Methods. Forensic Sci. Commun. 2003, 5.
43. Calloway, C. D.; Reynolds, R. L.; Herrin, G. L., Jr.; Anderson, W. W. Am. J. Hum. Genet. 2000, 66, 1384-1397.
44. Szibor, R.; Plate, I.; Heinrich, M.; Michael, M.; Schoning, R.; Wittig, H.; Lutz-Bonengel, S. Int. J. Legal Med. 2007, 121, 207-213.
45. Bodenteich, A.; Mitchell, L. G.; Polymeropoulos, M. H.; Merril, C. R. Hum. Mol. Genet. 1992, 1, 140.
46. Chung, U.; Lee, H. Y.; Yoo, J. E.; Park, M. J.; Shin, K. J. Int. J. Legal Med. 2005, 119, 50-53.
47. Council, N. R. NRC Report II: The Evaluation of Forensic Evidence; National Academy Press: Washington, DC, 1996.
48. Hall, T. A.; Lowery, K.; Budowle, B. B.; Planz, J.; Eisenberg, A.; Butler, J. M.; Hofstadler, S. A. Manuscript in preparation.