Orientational dynamics of transient molecules measured by nonequilibrium two-dimensional infrared spectroscopy

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 113, Issue 31, 2009, Pages 8907-8916

  Baiz, Carlos R ^a   McCanne, Robert ^a   Nee, Matthew J ^a   Kubarych, Kevin J ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYCLOHEXANE SOLUTIONS; DIFFUSION TIME; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NON EQUILIBRIUM; ORIENTATIONAL DYNAMICS; ORIENTATIONAL RELAXATION; PHOTOPRODUCTS; PHOTOTRIGGERS; PULSE SEQUENCE; QUANTITATIVE AGREEMENT; ROOM TEMPERATURE; THERMAL EXCITATION; THERMAL RELAXATION; TRANSIENT MOLECULES; TRANSIENT TEMPERATURE; TWO-DIMENSIONAL INFRARED SPECTROSCOPY; WAITING-TIME;

EQUILIBRIUM CONSTANTS; MANGANESE; MANGANESE COMPOUNDS; MOLECULAR DYNAMICS; PHOTOLYSIS; PROBES; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; TWO DIMENSIONAL;

INFRARED SPECTROSCOPY;

EID: 68149144368     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9027595     Document Type: Article

References (64)

1. Cho, M. Chem. Rev. 2008, 108, 1331.
2. Hamm, P.; Lim, M. H.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
3. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Hamm, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 990.
4. Kolano, C.; Helbing, J.; Bucher, G.; Sander, W.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11297.
5. Baiz, C.; Nee, M.; McCanne, R.; Kubarych, K. Opt. Lett. 2008, 33, 2533.
6. Stewart, A. I.; Kania, R.; Greetham, G. M.; Clark, I. P.; Towrie, M.; Parker, A. W.; Hunt, N. T., submitted.
7. Bakker, H. J.; Woutersen, S.; Nienhuys, H. K. Chem. Phys. 2000, 258, 233.
8. Woutersen, S.; Bakker, H. J. Nature 1999, 402, 507.
9. Anfinrud, P. A.; Han, C.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989, 86, 8387.
10. Lim, M. H.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 209.
11. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Nienhaus, K.; Nienhaus, G. U.; Hamm, P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2007, 104, 14243.
12. Harris, C. B.; Smith, D. E.; Russell, D. J. Chem. Rev. 1990, 90, 481.
13. Chesnoy, J.; Gale, G. M. Ann. Phys. 1984, 9, 893.
14. Adelman, S. A.; Stote, R. H. J. Chem. Phys. 1988, 88, 4397.
15. Whitnell, R. M.; Wilson, K. R.; Hynes, J. T. J. Chem. Phys. 1992, 96, 5354.
16. Whitnell, R. M.; Wilson, K. R.; Hynes, J. T. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8625.
17. Backus, E. H. G.; Nguyen, P. H.; Botan, V.; Pfister, R.; Moretto, A.; Crisma, M.; Toniolo, C.; Stock, G.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9091.
18. Dougherty, T. P.; Grubbs, W. T.; Heilweil, E. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9396.
19. Herrick, R. S.; Brown, T. L. Inorg. Chem. 1984, 23, 4550.
20. Hughey, J. L.; Anderson, C. P.; Meyer, T. J. J. Organomet. Chem. 1977, 125, C49.
21. Kobayashi, T.; Ohtani, H.; Noda, H.; Teratani, S.; Yamazaki, H.; Yasufuku, K. Organometallics 1986, 5, 110.
22. Lee, M.; Harris, C. B. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8963.
23. Levenson, R. A.; Gray, H. B. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 6042.
24. Meyer, T. J.; Caspar, J. V. Chem. Rev. 1985, 85, 187.
25. Owrutsky, J. C.; Baronavski, A. P. J. Chem. Phys. 1996, 105, 9864.
26. Rosa, A.; Ricciardi, G.; Baerends, E. J.; Stufkens, D. J. Inorg. Chem. 1996, 35, 2886.
27. Rothberg, L. J.; Cooper, N. J.; Peters, K. S.; Vaida, V. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 3536.
28. Seder, T. A.; Church, S. P.; Weitz, E. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 7518.
29. Steinhurst, D. A.; Baronavski, A. P.; Owrutsky, J. C. Chem. Phys. Lett. 2002, 361, 513.
30. Waldman, A.; Ruhman, S.; Shaik, S.; Sastry, G. N. Chem. Phys. Lett. 1994, 230, 110.
31. Zhang, J. Z.; Harris, C. B. J. Chem. Phys. 1991, 95, 4024.
32. Dougherty, T. P.; Heilweil, E. J. J. Chem. Phys. 1994, 100, 4006.
33. George, M. W.; Dougherty, T. P.; Heilweil, E. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 201.
34. Wang, Z. H.; Pakoulev, A.; Dlott, D. D. Science 2002, 296, 2201.
35. Deak, J. C.; Iwaki, L. K.; Dlott, D. D. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 8193.
36. Dlott, D. D. Chem. Phys. 2001, 266, 149.
37. Tao, T. Biopolymers 1969, 8, 609.
38. Berne, B.; Pecora, R. Dynamic Light Scattering: With Applications to Chemistry, Biology, and Physics; Dover Publications; Mineola, NY, 2000.
39. Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1.
40. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5943.
41. Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 1996, 105, 13.
42. Baiz, C. R.; Nee, M. J.; McCanne, R.; Kubarych, K. J. Opt. Lett. 2008, 33, 2533.
43. Tauber, M. J.; Mathies, R. A.; Chen, X. Y.; Bradforth, S. E. Rev. Sci. Instrum. 2003, 74, 4958.
44. Nee, M. J.; McCanne, R.; Kubarych, K. J.; Joffre, M. Opt. Lett. 2007, 32, 713.
45. Wang, J.; Wang, W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Mol. Graphics Modell. 2006, 25, 247.
46. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157.
47. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
48. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1984, 5, 129.
49. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.; Wallingford, CT, 2004.
50. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNoIa, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
51. Van Der Spoel, D.; Hess, E. L. B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701.
52. Hamm, P.; Ohline, S. M.; Zinth, W. J. Chem. Phys. 1997, 106, 519.
53. Schneider, W.; Thiel, W. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 367.
54. Dressler, S.; Thiel, W. Chem. Phys. Lett. 1997, 273, 11.
55. Barone, V. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014108.
56. Califano, S. Vibrational States; John Wiley and Sons; London, 1976.
57. Baiz, C. R.; McRobbie, P. L.; Anna, J.; Geva, E.; Kubarych, K. J. Acc Chem. Res., in press.
58. Nee, M.; Baiz, C.; Anna, J.; McCanne, R.; Kubarych, K. J. Chem. Phys. 2008, 129, 084503.
59. Sando, G. M.; Zhong, Q.; Owrutsky, J. C. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2158.
60. Woutersen, S.; Emmerichs, U.; Nienhuys, H. K.; Bakker, H. J. Phys. Rev. Lett. 1998, 81, 1106.
61. Moore, P.; Tokmakoff, A.; Keyes, T.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 1995, 103, 3325.
62. Sanni, S. A.; Fell, C J. D.; Hutchinson, H. P. J. Chem. Eng. Data 1971, 16, 424.
63. Berman, R. Thermal Conduction in Solids; Clarendon Press; Oxford, 1976.
64. Dougherty, T. P.; Heilweil, E. J. Chem. Phys. Lett. 1994, 227, 19.