Electronic energy transfer in condensed phase studied by a polarizable QM/MM model

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 7, 2009, Pages 1838-1848

  Curutchet, Carles ^a,e   Muñoz Losa, Aurora ^b,e   Monti, Susanna ^c,e   Kongsted, Jacob ^c,e   Scholes, Gregory D ^d,e   Mennucci, Benedetta ^b,e  

^a UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

^b UNIVERSITY OF PISA   (Italy)

^c AREA DELLA RICERCA   (Italy)

^d UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

^e Department of Chemistry ^*  (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 67849118682     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct9001366     Document Type: Article

References (64)

1. Scholes, G. D. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 57.
2. Fleming, G. R.; Scholes, G. D. Nature 2004, 431, 256.
3. Sundstrom, V.; Pullerits, T.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2327.
4. van Amerongen, H.; Valkunas, L.; van Grondelle, R. Photosynthetic Excitons; World Scientific Publishers: Singapore, 2000.
5. Gust, D.; Moore, T. A.; Moore, A. L. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 40.
6. Jolliffe, K. A.; Bell, T. D. M.; Ghiggino, K. P.; Langford, S. J.; Paddon-Row, M. N. Angew. Chem., Int. Ed. 1998, 37, 915.
7. Balzani, V.; Campagna, S.; Denti, G.; Juris, A.; Serroni, S.; Venturi, M. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 26.
8. Holten, D.; Bocian, D. F.; Lindsey, J. S. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 57.
9. Lee, J.-I.; Kang, I.-N.; Hwang, D.-H.; Shim, H.-K.; Jeoung, S. C.; Kim, D. Chem. Mater. 1996, 8, 1925.
10. List, E. J. W.; Holzer, L.; Tasch, S.; Leising, G.; Scherf, U.; Müllen, K.; Catellani, M.; Luzzati, S. Solid State Commun. 1999, 109, 455.
11. Wang, H.-L.; McBranch, D. W.; Klimov, V. I.; Helgeson, R.; Wudl, F. Chem. Phys. Lett. 1999, 315, 173.
12. Brédas, J. L.; Beljonne, D.; Coropceanu, V.; Cornil, J. Chem. Rev. 2004, 104, 4971.
13. Jares-Erijman, E.; Jovin, T. M. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1387.
14. Lippincott-Schwartz, J.; Snapp, E.; Kenworthy, A. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2001, 2, 444.
15. Weiss, S. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 724.
16. Förster, T. Ann. Phys. 1948, 2, 55.
17. Beljonne, D.; Curutchet, C.; Scholes, G. D.; Silbey, R. J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6583.
18. Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5378.
19. Beljonne, D.; Cornil, J.; Silbey, R.; Millie, P.; Bredas, J. L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 4749.
20. Wong, K. F.; Bagchi, B.; Rossky, P. J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5752.
21. Beenken, W. J. D.; Pullerits, T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 2490.
22. Scholes, G. D.; Curutchet, C.; Mennucci, B.; Cammi, R.; Tomasi, J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 6978.
23. Curutchet, C.; Scholes, G. D.; Mennucci, B.; Cammi, R. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 13253.
24. Pullerits, T.; Freiberg, A. Chem. Phys. 1991, 149, 409.
25. Pullerits, T.; Hess, S.; Herek, J. L.; Sundstrom, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10560.
26. Scholes, G. D.; Jordanides, X. J.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1640.
27. Sumi, H. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 252.
28. Jang, S.; Newton, M. D.; Silbey, R. J. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 218301.
29. Engel, G. S.; Calhoun, T. R.; Read, E. L.; Ahn, T.-K.; Mancal, T.; Cheng, Y.-C.; Blankenship, R. E.; Fleming, G. R. Nature 2007, 446, 782.
30. Lee, H.; Cheng, Y.-C.; Fleming, G. R. Science 2007, 316, 1462.
31. Iozzi, M. F.; Mennucci, B.; Tomasi, J.; Cammi, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 7029.
32. Madjet, M. E.; Abdurahman, A.; Renger, T. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 17268.
33. Muñoz-Losa, A.; Curutchet, C.; Fdez. Galván, I.; Mennucci, B. J. Chem. Phys. 2008, 129, 034104.
34. Curutchet, C.; Mennucci, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16733.
35. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999.
36. Cohen, B. E.; McAnaney, T. B.; Park, E. S.; Jan, Y. N.; Boxer, S. G.; Jan, L. Y. Science 2002, 296, 1700.
37. Golosov, A. A.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1482.
38. King, G.; Lee, F. S.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1991, 95, 4366.
39. Smith, P. E.; Brunne, R. M.; Mark, A. E.; Van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. 1993, 97, 2009.
40. Pitera, J. W.; Falta, M.; van Gunsteren, W. F. Biophys. J. 2001, 80, 2546.
41. Simonson, T.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8452.
42. Fidder, H.; Knoester, J.; Wiersma, D. A. J. Chem. Phys. 1991, 95, 7880.
43. Scholes, G. D.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 1854.
44. Thompson, M. A.; Schenter, G. K. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6374.
45. Osted, A.; Kongsted, J.; Mikkelsen, K. V.; Astrand, P.-O.; Christiansen, O. J. Chem. Phys. 2006, 124, 124503.
46. Nielsen, C. B.; Christiansen, O.; Mikkelsen, K. V.; Kongsted, J. J. Chem. Phys. 2007, 126, 154112.
47. Öhrn, A.; Karlström, G. Mol. Phys. 2006, 104, 3087.
48. Lin, Y.-l.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1484.
49. Muñoz-Losa, A.; Fdez. Galván, I.; Aguilar, M. A.; Martín, M. E. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9864.
50. Casida, M. E. In Recent Advances in Density Functional Methods; Chong, D. P., Ed.; World Scientific: Singapore, 1995; Part I.
51. Cammi, R.; Mennucci, B. J. Chem. Phys. 1999, 110, 9877.
52. Hsu, C.-P.; Fleming, G. R.; Head-Gordon, M.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2001, 114, 3065.
53. Tretiak, S.; Middleton, C.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4519.
54. Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208.
55. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9, 9th ed.; University of California: San Francisco, 2006.
56. Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1980, 72, 2384.
57. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
58. Ponder, J. W.; Case, D. A.; Valerie, D. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27.
59. Gagliardi, L.; Lindh, R.; Karlström, G. J. Chem. Phys. 2004, 121, 4494.
60. Karlström, G.; Lindh, R.; Malmqvist, P.-Å.; Roos, B. O.; Ryde, U.; Veryazov, V.; Widmark, P.-O.; Cossi, M.; Schimmelpfennig, B.; Neogrady, P.; Seijo, L. Comput. Mater. Sci. 2003, 28, 222.
61. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; BurantJ. C., Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
62. Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024.
63. Magyar, R. J.; Tretiak, S. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 976.
64. Müh, F.; Madjet, M. E.-A.; Adolphs, J.; Abdurahman, A.; Rabenstein, B.; Ishikita, H.; Knapp, E.-W.; Renger, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 16862.