Global protein-level responses of halobacterium salinarum NRC-1 to prolonged changes in external sodium chloride concentrations

Journal of Proteome Research

Volumn 8, Issue 5, 2009, Pages 2218-2225

  Leuko, Stefan ^a   Raftery, Mark J ^a   Burns, Brendan P ^a   Walter, Malcolm R ^a   Neilan, Brett A ^a  

^a UNIVERSITY OF NEW SOUTH WALES   (Australia)

Author keywords

Changed osmotic conditions; Halophilic Archaea; ITRAQ; Mass spectrometry; Proteomics

Indexed keywords

AMINO ACID; CHAPERONE; POTASSIUM CHLORIDE; PROTEOME; SODIUM CHLORIDE;

ARTICLE; BACTERIAL CELL; BACTERIAL GROWTH; BACTERIUM CULTURE; CONTROLLED STUDY; DNA REPAIR; EVOLUTIONARY ADAPTATION; FATTY ACID OXIDATION; HALOBACTERIUM SALINARUM; NONHUMAN; OSMOTIC PRESSURE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN METABOLISM; PROTEIN PROCESSING; PROTEIN SYNTHESIS; PROTEOMICS; SALINITY;

ARCHAEAL PROTEINS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; DOSE-RESPONSE RELATIONSHIP, DRUG; HALOBACTERIUM SALINARUM; MASS SPECTROMETRY; PROTEOME; PROTEOMICS; SODIUM CHLORIDE; TIME FACTORS;

HALOBACTERIUM SP. NRC-1;

EID: 66749192040     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr800663c     Document Type: Article

References (48)

1. Baliga, N. S.; Bjork, S. J.; Bonneau, R.; Pan, M.; Iloanusi, C.; Kottemann, M. C. H.; Hood, L.; DiRuggiero, J. Genome Res. 2004, 14 , 1025-1035.
2. Grant, W. D. Philos. Trans. R. Soc., B 2004, 359 , 1249-1267.
3. Martin, D. D.; Ciulla, R. A.; Roberts, M. F. Appl. Environ. Microbiol. 1999, 65 , 1815-1825.
4. Elshahed, M. S.; Najar, F. Z.; Roe, B. A.; Oren, A.; Dewers, T. A.; Krumholz, L. R. Appl. Environ. Microbiol. 2004, 70 , 2230-2239.
5. Purdy, K. J.; Cresswell-Maynard, T. D.; Nedwell, D. B.; McGenity, T. J.; Grant, W. D.; Timmis, K. N.; Embley, T. M. Environ. Microbiol. 2004, 6 , 591-595.
6. Goh, F.; Leuko, S.; Allen, M. A.; Bowman, J. P.; Kamekura, M.; Neilan, B. A.; Burns, B. P Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006, 56 , 1323-1329.
7. Leuko, S.; Goh, F.; Allen, M. A.; Burns, B. P.; Walter, M. R.; Neilan, B. A. Extremophiles 2007, 11 , 203-210.
8. Gruber, C.; Legat, A.; Pfaffenhuemer, M.; Radax, C.; Weidler, G.; Busse, H. J.; Stan-Lotter, H. Extremophiles 2004, 8 , 431-439.
9. Ng, W. V.; Kennedy, S. P.; Mahairas, G. G.; Berquist, B.; Pan, M.; Shukla, H. D.; Lasky, S. R.; Baliga, N. S.; Thorsson, V.; Sbrogna, J.; Swartzell, S.; Weir, D.; Hall, J.; Dahl, T. A.; Welti, R.; Goo, Y. A.; Leithauser, B.; Keller, K.; Cruz, R.; Danson, M. J.; Hough, D. W.; Maddocks, D. G.; Jablonski, P. E.; Krebs, M. P.; Angevine, C. M.; Dale, H.; Isenbarger, T. A.; Peck, R. F.; Pohlschroder, M.; Spudich, J. L.; Jung, K. H.; Alam, M.; Freitas, T.; Hou, S.; Daniels, C. J.; Dennis, P. P.; Omer, A. D.; Ebhardt, H.; Lowe, T. M.; Liang, P.; Riley, M.; Hood, L.; DasSarma, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97 , 12176-12181.
10. Oren, A.; Litchfield, C. D. FEMS Microbiol. Lett. 1999, 173 , 353-358.
11. Kokoeva, M. V.; Storch, K. F.; Klein, C.; Oesterhelt, D. EMBO J. 2002, 21 , 2312-2322.
12. Kottemann, M.; Kish, A.; Iloanusi, C.; Bjork, S.; DiRuggiero, J. Extremophiles 2005, 9 , 219-227.
13. McCready, S.; Muller, J. A.; Boubriak, I.; Berquist, B. R.; Ng, W. L.; DasSarma, S. Saline Syst. 2005, 1 ,3.
14. Shukla, H. D. Proteome Sci. 2006, 4 ,6.
15. Choi, J.; Joo, W. A.; Park, S. J.; Lee, S. H.; Kim, C. W. Proteomics 2005, 5 , 907-917.
16. Coker, J. A.; DasSarma, P.; Kumar, J.; Muller, J. A.; DasSarma, S. Saline Syst. 2007, 3 ,6.
17. Lobasso, S.; Lopalco, P.; Lattanzio, V. M. T.; Corcelli, A. J. Lipid Res. 2003, 44 , 2120-2126.
18. Park, S. J.; Joo, W. A.; Choi, J.; Lee, S. H.; Kim, C. W. Proteomics 2004, 4 , 3632-3641.
19. Evans, F. F.; Raftery, M. J.; Egan, S.; Kjelleberg, S. J. Proteome Res. 2007, 6 , 967-975.
20. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Wiliamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3 , 1154-1169.
21. Whitehead, K.; Kish, A.; Pan, M.; Kaur, A.; Reiss, D. J.; King, N.; Hohmann, L.; DiRuggiero, J.; Baliga, N. S. Mol. Syst. Biol. 2006, 2 , 47.
22. Gatlin, C. L.; Kleemann, G. R.; Hays, L. G.; Link, A. J.; Yates, J. R. Anal. Biochem. 1998, 263 , 93-101.
23. Guo, Y.; Singleton, P. A.; Rowshan, A.; Gucek, M.; Cole, R. N.; Graham, D. R. M.; VanEyk, J. E.; Garcia, J. G. N. Mol. Cell. Proteomics 2007, 64 , 689-696.
24. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L.; Gygi, S. P. J Proteome Res. 2003, 2 , 43-50.
25. Fischer, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16 , 178-182.
26. Wallner, B.; Elofsson, A. Bioinformatics 2005, 21 , 4248-4254.
27. Kanehisa, M.; Araki, M.; Goto, S.; Hattori, M.; Hirakawa, M.; Itoh, M.; Katayama, T.; Kawashima, S.; Okuda, S.; Tokimatsu, T.; Yamanishi, Y. Nucleic Acid Res. 2008, 36 , 480-484.
28. Mojica, F. J. M.; Cisneros, E.; Ferrer, C.; Rodrlguez-Valera, F.; Juez, G. J. Bacteriol. 1997, 179 , 5471-5481.
29. Macario, A. J.; Lange, M.; Ahring, B. K.; De Macario, E. C. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1999, 63 , 923-967.
30. Muller, V.; Spanheimer, R.; Santos, H. Curr. Opin. Microbiol. 2005, 8 , 729-736.
31. Bidle, K. A.; Hanson, T. E.; Howell, K.; Nannen, J. Extremophiles 2007, 11 , 49-55.
32. Tachibana, A.; Tanaka, T.; Taniguchi, M.; Oi, S. FEBS Lett. 1996, 379 , 43-46.
33. Lopalco, P.; Lobasso, S.; Babudri, F.; Corcelli, A. J. Lipid Res. 2004, 45 , 194-201.
34. Kaur, A.; Pan, M.; Meislin, M.; Facciotti, M. T.; El-Gewely, R.; Baliga, N. S. Genome Res. 2006, 16 , 841-854.
35. Haupts, U.; Tittor, J.; Oesterhelt, D. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28 , 367-399.
36. Danon, A.; Stoeckenius, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1974, 71 , 1234-1238.
37. Hubbard, J. S.; Rinehart, C. A. Can. J. Microbiol. 1976, 22 , 1274-1281.
38. Sherwood, J. E.; Stagnitti, F.; Kokkin, M. J.; Williams, W. D. Limnol. Oceanogr. 1991, 36 , 235-250.
39. Pandhal, J.; Wright, P. C.; Biggs, C. A. J. Proteome Res. 2007, 6 , 996-1005.
40. Wickner, S.; Maurizi, M. R.; Gottesman, S. Science 1999, 286 , 1888-1893.
41. Klunker, D.; Haas, B.; Hirtreiter, A.; Figueiredo, L.; Naylor, D. J.; Pfeifer, G.; Muller, V.; Deppenmeier, U.; Gottschalk, G.; Hartl, F. U.; Hayer-Hartl, M. J. Biol. Chem. 2003, 278 , 33256-3367.
42. Trent, J. D.; Kagawa, H. K.; Yaoi, T.; Olle, E.; Zaluzec, N. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94 , 5383-5388.
43. Gottesman, S.; Maurizi, M. R. Microbiol. Rev. 1992, 56 , 592-621.
44. Spector, M. P.; DiRusso, C. C.; Pallen, M. J.; del Portillo, F. G.; Dougan, G.; Finlay, B. F. Microbiology 1999, 145 , 15-31.
45. Fu, W.; Oriel, P. Extremophiles 1999, 3 , 45-53.
46. Sancho, J. Cell. Mol. Life Sci. 2006, 63 , 855-864.
47. Mulliez, E.; Padovani, D.; Atta, M.; Alcouffe, C.; Fontecave, F. Biochemistry 2001, 40 , 3730-3736.
48. Burns, B. P.; Goh, F.; Allen, M.; Neilan, B. A. Environ. Microbiol. 2004, 6 , 1096-1101.