Transition state ensemble for the folding of B domain of protein A: A comparison of distributed molecular dynamics simulations with experiments

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 49, 2005, Pages 23645-23654

  Cheng, Shanmel ^a   Yang, Yuedong ^a   Wang, Wenrui ^a   Liu, Haiyan ^a  

^a UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY OF CHINA   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; DISTRIBUTED COMPUTER SYSTEMS; FREE ENERGY; MATHEMATICAL MODELS; TOPOLOGY;

FREE ENERGY LANDSCAPE; STAPHYLOCOCCAL PROTEIN A; TRANSITION STATE ENSEMBLE;

PROTEINS;

EID: 30544431715     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0517798     Document Type: Article

References (45)

1. Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1982, 51, 459.
2. Daggett, V.; Fersht, A. R. Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 18.
3. Guo, Z.; Thirumalai, D. Biopolymers 1995, 36, 83.
4. Onuchic, J. N.; Luthey-Schulten, Z.; Wolynes, P. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 1997, 48, 545.
5. Vu, D. M.; Myers, J. K.; Oas, T. G.; Dyer, R. B. Biochemistry 2004, 43, 3582.
6. Myers, J. K.; Oas, T. G. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 552.
7. Bottomley, S. P.; Popplewell, A. G.; Scawen, M.; Wan, T.; Sutton, B. J.; Gore, M. G. Protein Eng. 1994, 7, 1463.
8. Bai, Y.; Karimi, A.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Protein Sci. 1997, 6, 1449.
9. Dimitriadis, G.; Drysdale, A.; Myers, J. K.; Arora, P.; Radford, S. E.; Oas, T. G.; Smith, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 3809.
10. Vu, D. M.; Peterson, E. S.; Dyer, R. B. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6546.
11. Sato, S.; Religa, T. L.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6952.
12. Fersht, A. R.; Sato, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7976.
13. Zhou, Y.; Karplus, M. Nature 1999, 401, 400.
14. Linhananta, A.; Zhou, Y. J. Chem. Phys. 2002, 117, 8983.
15. Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 133.
16. Guo, Z.; Brooks, C. L., III; Boczko, E. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10161.
17. Garcia, A. E.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13898.
18. Ghosh, A.; Elber, R.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 10394.
19. Shea, J. E.; Onuchic, J. N.; Brooks, C. L., III Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 12512.
20. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 14812.
21. Favrin, G.; Irback, A.; Wallin, S. Proteins 2002, 47, 99.
22. Jang, S.; Kim, E.; Shin, S.; Pak, Y. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14841.
23. Berriz, G. F.; Shakhnovich, E. I. J. Mol. Biol. 2001, 310, 673.
24. Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6837.
25. Shirts, M. R.; Pande, V. S. Science 2000, 290, 1903.
26. Shirts, M. R.; Pande, V. S. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 4983.
27. Voter, A. F. Phys. Rev. B 1998, 57, 13985.
28. Pande, V. S.; Baker, I.; Chapman, J.; Elmer, S. P.; Khaliq, S.; Larson, S. M.; Rhee, Y. M.; Shirts, M. R.; Snow, C. D.; Sorin, E. J.; Zagrovic, B. Biopolymers 2003, 68, 91.
29. Plaxco, K. W.; Simons, K. T.; Baker, D. J. Mol. Biol. 1998, 277, 985.
30. Weikl, T. R.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2003, 329, 585.
31. van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Hunenberger, P. H. ; Kruger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. GROMOS96; Vdf Hochschulverlag: Zurich, Switzerland, 1996.
32. Qiu, D.; Shenkin, P. S.; Hollinger, F. P.; Still, W. C. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3005.
33. Zhu, J.; Shi, Y.; Liu, H. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4844.
34. Ulmschneider, J. P.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1849.
35. Zhang, Z.; Shi, Y.; Liu, H. Biophys. J. 2003, 84, 3583.
36. Atilgan, A. R.; Durell, S. R.; Jernigan, R. L.; Demirel, M. C.; Keskin, O.; Bahar, I. Biophys. J. 2001, 80, 505.
37. Gouda, H.; Torigoe, H.; Saito, A.; Sato, M.; Arata, Y.; Shimada, I. Biochemistry 1992, 31, 9665.
38. Ponder, J. W.; Richards, F. M. J. Comput. Chem. 1987, 8, 1016.
39. van der Spoel, D.; van Drunen, R.; Berendsen, H. J. C. GROMACS; Nijenborgh: Groningen, The Netherlands, 1999.
40. Koradi, R.; Billeter, M.; Wuthrich, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 51.
41. Schlitter, J.; Engels, M.; Kruger, P. J. Mol. Graph. 1994, 12, 84.
42. Wriggers, W.; Schulten, K. Proteins 1999, 55, 262.
43. Lazaridis, T.; Karplus, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 139.
44. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. J. Mol. Biol. 1998, 282, 471.
45. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Proteins 2001, 43, 465.