Theoretical studies of short polyproline systems: Recalibration of a molecular ruler

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 113, Issue 16, 2009, Pages 4639-4646

  Dolghih, Elena ^a,b   Ortiz, Wilfredo ^a,b   Kim, Seonah ^a,b   Krueger, Brent P ^c   Krause, Jeffrey L ^a,b   Roitberg, Adrian E ^a,b  

^a UNIVERSITY OF FLORIDA   (United States)

^b Hope College ^*  (United States)

^c HOPE COLLEGE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIPOLE-DIPOLE; DONOR-ACCEPTOR; DYNAMIC BEHAVIORS; EXPERIMENTAL TECHNIQUES; FLUORESCENT LABELS; FORSTER; MOLECULAR RULER; POLYPROLINE; RECALIBRATION; THEORETICAL STUDY;

FLUORESCENCE;

COLORING AGENT; PEPTIDE; POLYPROLINE;

ARTICLE; CALIBRATION; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

CALIBRATION; COLORING AGENTS; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; PEPTIDES; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EID: 65649089451     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp811395r     Document Type: Article

References (62)

1. Perrin, F. Ann. Phys. 1932, 17, 283-314.
2. Forster, T. Naturwissenschaften 1948, 33, 166-175.
3. Forster, T. Ann. Phys. 1948, 2, 55-75.
4. Forster, T. In Modern Quantum Chemistry; Sinanoglu, O., Ed.; Academic Press, Inc.: New York, 1965; Vol. 3, pp 93-137.
5. van der Meer, B. W.; Coker, G. I.; Chen, S.-Y. In Resonance Energy Transfer: Theory and Data; VCH Publishers: New York, 1994.
6. Haugland, R. P.; Yguerabide, J.; Stryer, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1969, 63, 23-30.
7. Hillel, Z.; Wu, C.-W. Biochemistry 1976, 15, 2105-2113.
8. Stryer, L. Annu. Rev. Biochem. 1978, 47, 819-846.
9. Stryer, L.; Haugland, R. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1967, 58, 719-726.
10. Vanderkooi, J. M.; Ierokomas, A.; Nakamura, H.; Martonosi, A. Biochemistry 1977, 16, 1262-1267.
11. Wu, C.-W.; Stryer, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 1104-1108.
12. Selvin, P. R. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 730-734.
13. Schuler, B.; Lipman, E. A.; Eaton, W. A. Nature 2002, 419, 743-747.
14. Scholes, G. D. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 57-87.
15. Clegg, R. M.; Murchie, A. I. H.; Zechel, A.; Lilley, D. M. J. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 2994-2998.
16. Jia, Y.; Talaga, D. S.; Lau, W. L.; Lu, H. S. M.; degrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 1999, 247, 69-83.
17. Kulzer, F.; Orrit, M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2004, 55, 585-611.
18. Deniz, A. A.; Dahan, M.; Grunwell, J. R.; Ha, T.; Faulhaber, A. E.; Chemla, D. S.; Weiss, S.; Schultz, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3670-3675.
19. Deniz, A. A.; Laurence, T. A.; Beligere, G. S.; Dahan, M.; Martin, A. B.; Chemla, D. S.; Dawson, P. E.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5179-5184.
20. Ha, T.; Enderle, T.; Ogletree, D. F.; Chemla, D. S.; Selvin, P. R.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 6264-6268.
21. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Caldwell, W. B.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 893-898.
22. Rhoades, E.; Gussakovsky, E.; Haran, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3197-3202.
23. Merchant, K. A.; Best, R. B.; Louis, J. M.; Gopich, I. V.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1528-1533.
24. van der Meer, B. W. In Resonance Energy Transfer; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 1999; pp 151 - 172.
25. Bradforth, S. E.; Jimenez, R.; van Mourik, F.; van Grondelle, R.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16179-16191.
26. Xie, X.; Du, M.; Mets, L.; Fleming, G. R. In Time-Resolved Laser Spectroscopy in Biochemistry III; SPIE: Bellingham, WA, 1992; pp 690-706.
27. Caro, C. D.; Visschers, R. W.; van Grondelle, R.; Volker, S. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10584-10590.
28. Scholes, G. D.; Jordanides, X. J.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1640-1651.
29. Weiss, S. Science 1999, 283, 1676-1683.
30. Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5378-5368.
31. Srinivas, G.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9370-9374.
32. Wong, K. F.; Bagchi, B.; Rossky, P. J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5752-5763.
33. Beierlein, F. R.; Othersen, O. G.; Lanig, H.; Schneider, S.; Clark, T. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5142-5152.
34. Sasisekharan, V. Acta Crystallogr. 1959, 12, 903-909.
35. Shimmel, P. R.; Flory, P. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1967, 58, 52-59.
36. Atkins, P. W.; de Paula, J. In Physical Chemistry, 7th ed.; W. H. Freeman and Co.: New York, 2002.
37. Jacob, J.; Baker, B.; Bryant, G. R.; Cafiso, D. S. Biophys. J. 1999, 77, 1086-1092.
38. Watkins, L. P.; Chang, H.; Yang, H. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 5191-5203.
39. Sahoo, H.; Roccatano, D.; Hennig, A.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 9762-9772.
40. Schuler, B.; Lipman, E. A.; Steinbach, P. J.; Kumke, M.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2754-2759.
41. Best, R. B.; Merchant, K. A.; Gopich, I. V.; Schuler, B.; Bax, A.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 18964-18969.
42. Doose, S.; Neuweiler, H.; Barsch, H.; Sauer, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 17400-17405.
43. Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Jimenez, R.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2284-2292.
44. Scholes, G. D.; Curutchet, C.; Mennucci, B.; Cammi, R.; Tomasi, R. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 6978-6982.
45. Scholes, G. D.; Harcourt, R. D. J. Chem. Phys. 1996, 104, 5054-5061.
46. Berberan-Santos, M. N.; Pereira, E. J. N.; Martinho, J. M. G. In Resonance Energy Transfer; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 1999; pp 108-149.
47. Scholes, G. D. In Resonance Energy Transfer; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 1999; pp 212-243.
48. Ortiz, W.; Krueger, B. P.; Kleiman, V. D.; Krause, J. L.; Roitberg, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 109, 11512-11519.
49. Chang, J. C. J. Chem. Phys. 1977, 67, 3901-3909.
50. Golebiewski, A.; Witkowski, A. Rocz. Chem. 1959, 33, 1443.
51. Sauer, K.; Cogdell, R. G.; Prince, S. M.; Freer, A.; Isaacs, N. W.; Scheer, H. Photochem. Photobiol. 1996, 64, 564-576.
52. Dale, R. E. Acta Phys. Pol. 1978, A54, 743-756.
53. Dale, R. E. Biopolymers 1974, 13, 1573-1605.
54. Dale, R. E.; Eisinger, J. In Biochemical Fluorescence: Concepts; Marcel Dekker: New York, 1975; Vol. 1, pp 115-284.
55. vanbeek, D. B.; Zwier, M. C.; Shorb, J. M.; Krueger, B. P. Biophys. J. 2007, 92, 4168-4178.
56. Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Homak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California, San Francisco, CA. 2004.
57. Shao, Y.; Fusti-Molnar, L.; Jung, Y.; Kussmann, J.; Ochsenfeld, C.; Brown, S. T.; Gilbert, A. T. B.; Slipchenko, L. V.; Leychenko, V.; O'Neill,D. P.; Distasio, R. A.; Lochan, R. C.; Wang, T.; Beran, G. J. O.; Besley, N. A.; Herber, J. M.; Rassolov, V. A.; Maslen, P. E.; Korambath, P. P.; Adamson, R. D.; Austin, B.; Baker, J.; Byrd, E. F. C.; Dachsel, H.; Doerksen, R. J.; Dreuw, A.; Dunietz, B. D.; Dutoi, A. D.; Furlani, T. R.; Gwaltney, S. R.; Heyden, A.; Hirata, S.; Hsu, C.-P.; Kedziora, G.; Khalliulin, R. Z.; Klunzinger, P.; Lee, A. M.; Lee, M. S.; Liang, W.; Lotan, I.; Nair, N.; Peters, B.; Proynoy, E. I.; Pieniazek, P. A.; Rhee, Y. M.; Ritchie, J.; Rosta, E.; Sherrill, C. D.; Simmonett, A. C.; Subotnik, J. E.; Woodcock, H. L.; Zhang, W.; Bell, A. T.; Chakraborty, A. K.; Chipman, D. M.; Keil, F. J.; Warshel, A.; Hehre, W. J.; Schaefer, H. F.; Kong, J.; Krylov, A. I.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 3172-3191.
58. Thirumalai, D.; Ha, B. Y.In Theoretical and mathematical models in polymer research; Grosberg, A., Ed.; Academia: New York, 1988.
59. Wu, P.; Brand, L. Anal. Biochem. 1994, 218, 1-13.
60. Sahoo, H.; Roccatano, D.; Zacharias, M.; Nau, W. M. J. Am.Chem. Soc. 2006, 128, 8118-8119.
61. Troisi, A.; Nitzan, A.; Ratner, M. A. J. Chem. Phys. 2003, 119,5782-5788.
62. Jean, J. M.; Krueger, B. P. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 2899-2909.