Theoretical study of the effective chemical shielding anisotropy (csa) in peptide backbone, rating the impact of csas on the cross-correlated relaxations in l-alanyl-l-alanine

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 15, 2009, Pages 5273-5281

  Benda, Ladislav ^a   Bouř, Petr ^a   Müller, Norbert ^b   Sychrovský, Vladimír ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

^b JOHANNES KEPLER UNIVERSITY LINZ   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; AMINO ACIDS; ANISOTROPY; CARBON; PEPTIDES; RELAXATION PROCESSES; SHIELDING; TORSIONAL STRESS;

CHEMICAL SHIELDING ANISOTROPY; CHEMICAL SHIELDING TENSORS; CROSS CORRELATIONS; CROSS-CORRELATED RELAXATION; PEPTIDE BACKBONES; STRUCTURAL ASSIGNMENTS; STRUCTURAL BEHAVIORS; STRUCTURAL INTERPRETATION;

CONFORMATIONS;

EID: 65249173439     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp8105452     Document Type: Article

References (61)

1. Downing, K. A. Protein NMR Techniques, 2nd ed.; Humana Press: Totowa, NJ, 2004; Vol. 278.
2. James, T. L.; Dotsch, V.; Schmitz, U. Nuclear Magnetic Resonance of Biological Macromolecules Part A, 1st ed.; Elsevier: New York, 2001; Vol. 338.
3. Wijmenga, S. S.; van Buuren, B. N. M. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1998, 32, 287.
4. Mollova, E. T.; Hansen, M. R.; Pardi, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11561.
5. Grzesiek, S.; Cordier, F.; Jaravine, V.; Barfield, M. Prog. NMR Spectrosc. 2004, 45, 275.
6. Flinders, J.; Dieckmann, T. Prog. NMR Spectrosc. 2006, 48, 137.
7. Tanaka, Y.; Ono, A. Dalton Trans. 2008, 4965.
8. Lipsitz, R. S.; Tjandra, N. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 387.
9. Reif, B.; Hennig, M.; Griesinger, C. Science 1997, 276, 1230.
10. Kroenke, C. D.; Loria, J. P.; Lee, L. K.; Rance, M.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7905.
11. Pang, Y. X.; Wang, L. C.; Pellecchia, M.; Kurochkin, A. V.; Zuiderweg, E. R. P. J. Biomol. NMR 1999, 14, 297.
12. Carlomagno, T.; Maurer, M.; Hennig, M.; Griesinger, C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5105.
13. Banci, L.; Bertini, I.; Felli, I. C.; Hajieva, P.; Viezzoli, M. S. J. Biomol. NMR 2001, 20, 1.
14. Chiarparin, E.; Rudisser, S.; Bodenhausen, G. ChemPhysChem 2001, 2, 41.
15. Ravindranathan, S.; Kim, C. H.; Bodenhausen, G. J. Biomol. NMR 2003, 27, 365.
16. Vugmeyster, L.; Perazzolo, C.; Wist, J.; Frueh, D.; Bodenhausen, G. J. Biomol. NMR 2004, 28, 173.
17. Wang, T. Z.; Frederick, K. K.; Igumenova, T. I.; Wand, A. J.; Zuiderweg, E. R. P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 828.
18. Hong, M.; Gross, J. D.; Hu, W.; Griffin, R. G. J. Magn. Reson. 1998, 135, 169.
19. Reif, B.; Diener, A.; Hennig, M.; Maurer, M.; Griesinger, C. J. Magn. Reson. 2000, 143, 45.
20. Yang, D. W.; Konrat, R.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11938.
21. Yang, D. W.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9880.
22. Pelupessy, P.; Chiarparin, E.; Ghose, R.; Bodenhausen, G. J. Biomol. NMR 1999, 13, 375.
23. Pelupessy, P.; Chiarparin, E.; Ghose, R.; Bodenhausen, G. J. Biomol. NMR 1999, 14, 277.
24. Chiarparin, E.; Pelupessy, P.; Ghose, R.; Bodenhausen, G. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6876.
25. Chiarparin, E.; Pelupessy, P.; Ghose, R.; Bodenhausen, G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1758.
26. Carlomagno, T.; Felli, I. C.; Czech, M.; Fischer, R.; Sprinzl, M.; Griesinger, C. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1945.
27. Felli, I. C.; Richter, C.; Griesinger, C.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1956.
28. Richter, C.; Griesinger, C.; Felli, I.; Cole, P. T.; Varani, G.; Schwalbe, H. J. Biomol. NMR 1999, 15, 241.
29. Richter, C.; Reif, B.; Griesinger, C.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12728.
30. Riek, R. J. Magn. Reson. 2001, 149, 149.
31. Carlomagno, T.; Blommers, M. J. J.; Meiler, J.; Cuenoud, B.; Griesinger, C. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7364.
32. Duchardt, E.; Richter, C.; Ohlenschlager, O.; Gorlach, M.; Wohnert, J.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1962.
33. Rinnenthal, J.; Richter, C.; Ferner, J.; Duchardt, E.; Schwalbe, H. J. Biomol. NMR 2007, 39, 17.
34. Pang, Y. X.; Zuiderweg, E. R. P. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4841.
35. Cornilescu, G.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10143.
36. Cisnetti, F.; Loth, K.; Pelupessy, P.; Bodenhausen, G. ChemPhysChem 2004, 5, 807.
37. Loth, K.; Pelupessy, P.; Bodenhausen, G. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6062.
38. Konrat, R.; Sterk, H. Chem. Phys. Lett. 1993, 203, 75.
39. Ghalebani, L.; Bernatowicz, P.; Aski, S. N.; Kowalewski, J. Concepts Magn. Reson., Part A 2007, 30A, 100.
40. Tugarinov, V.; Shapiro, Y. E.; Liang, Z. C.; Freed, J. H.; Meirovitch, E. J. Mol. Biol. 2002, 315, 155.
41. Meirovitch, E.; Shapiro, Y. E.; Polimeno, A.; Freed, J. H. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8366.
42. Kaupp, M.; Bühl, M.; Malkin, V. Calculation of NMR and EPR parameters; Wiley-VCH Verlag: Weinheim, 2004.
43. Bartoschek, S.; Buurman, G.; Geierstanger, B. H.; Lapham, J.; Griesinger, C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13308.
44. Markwick, P. R. L.; Sattler, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11424.
45. Sychrovský, V.; Müller, N.; Schneider, B.; Smrečki, V.; Š pirko, V.; Š poner, J.; TrantÍrek, L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14663.
46. Brutscher, B.; Skrynnikov, N. R.; Bremi, T.; Bruschweiler, R.; Ernst, R. R. J. Magn. Reson. 1998, 130, 346.
47. Bouř, P.; BuděšÍnský, M.; Š pirko, V.; Kapitán, J.; Š ebestÍk, J.; Sychrovský, V. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17079.
48. Sychrovský, V.; Buděšínský, M.; Benda, L.;Š pirko, V.; Vokáčová, Z.; Š ebestÍk, J.; Bouř, P. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1796.
49. Graf, J.; Nguyen, P. H.; Stock, G.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1179.
50. Š ebek, J.; Gyurcsik, B.;Š ebestÍk, J.; KejÍk, Z.; Bednárová, L.; Bouř, P. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2750.
51. Kowalewski, J.; Mäler, L. Nuclear Spin Relaxation in Liquids: Theory, Experiments, and Applications, Taylor & Francis Group: New York, London, 2006.
52. Kumar, A.; Grace, R. C. R.; Madhu, P. K. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2000, 37, 191.
53. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
54. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1992, 45, 13244.
55. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650.
56. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
57. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
58. Kutzelnigg, W.; Fleischer, U.; Schindler, M. NMR, Basic Principles and Progress; Springer: Heidelberg, 1990; Vol. 23.
59. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
60. Hartzell, C. J.; Whitfield, M.; Oas, T. G.; Drobny, G. P. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 5966.
61. Pelupessy, P.; Espallargas, G. M.; Bodenhausen, G. J. Magn. Reson. 2003, 161, 258.