Proteomics analysis of nasopharyngeal carcinoma cell secretome using a hollow fiber culture system and mass spectrometry

Journal of Proteome Research

Volumn 8, Issue 1, 2009, Pages 380-389

  Wu, Hsin Yi ^a   Chang, Ying Hwa ^a   Chang, Yu Chen ^a   Liao, Pao Chi ^a,b  

^a NATIONAL CHENG KUNG UNIVERSITY   (Taiwan)

^b NATIONAL CHENG KUNG UNIVERSITY   (Taiwan)

Author keywords

Cell secretome; Hollow fiber culture system; Mass spectrometry; Nasopharyngeal carcinoma cell

Indexed keywords

CELL PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN; SIGNAL PEPTIDE; PROTEIN; TUMOR MARKER;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CARCINOMA CELL; CELL CULTURE; CELL LYSATE; CULTURE MEDIUM; CYTOLYSIS; HOLLOW FIBER; HOLLOW FIBER CULTURE SYSTEM; INOCULATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; NASOPHARYNX CARCINOMA; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN SECRETION; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; CARCINOMA; CULTURE TECHNIQUE; EQUIPMENT DESIGN; GENE EXPRESSION REGULATION; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; NASOPHARYNX TUMOR; SECRETION; TIME;

CARCINOMA; CELL CULTURE TECHNIQUES; CULTURE MEDIA, CONDITIONED; CULTURE MEDIA, SERUM-FREE; ELECTROPHORESIS, POLYACRYLAMIDE GEL; EQUIPMENT DESIGN; GENE EXPRESSION REGULATION, NEOPLASTIC; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; NASOPHARYNGEAL NEOPLASMS; PROTEINS; PROTEOMICS; TIME FACTORS; TUMOR MARKERS, BIOLOGICAL;

EID: 60849139466     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr8006733     Document Type: Article

References (57)

1. Ladunga, I. Curr. Opin. Biotechnol. 2000, 11, 13-18.
2. Liotta, L. A.; Ferrari, M.; Petricoin, E. Nature 2003, 425, 905.
3. Etzioni, R.; Urban, N.; Ramsey, S.; Mcintosh, M.; Schwartz, S.; Reid, B.; Radich, J.; Anderson, G.; Hartwell, L. Nat. Rev. Cancer 2003, 3, 243-252.
4. Celis, J. E.; Gromov, P.; Cabezon, T.; Moreira, J. M.; Ambartsumian, N.; Sandelin, K.; Rank, F.; Gromova, I. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 327-344.
5. Lin, C. Y.; Tsui, K. H.; Yu, C. C.; Yeh, C. W.; Chang, P. L.; Yung, B. Y. Proteomics 2006, 6, 4381-4389.
6. Alvarez-Llamas, G.; Szalowska, E.; de Vries, M. P.; Weening, D.; Landman, K.; Hoek, A.; Wolffenbuttel, B. H.; Roelofsen, H.; Vonk, R. J. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 589-600.
7. Sato, K.; Sasaki, K.; Akiyama, Y.; Yamaguchi, K. Cancer Lett. 2001, 20, 153-159.
8. Wu, C. C.; Chien, K. Y.; Tsang, N. M.; Chang, K. P.; Hao, S. P.; Tsao, C. H.; Chang, Y. S.; Yu, J. S. Proteomics 2005, 5, 3173-3182.
9. Mbeunkui, F.; Fodstad, O.; Pannell, L. K. J. Proteome Res. 2006, 5, 899-906.
10. Mbeunkui, F.; Metge, B. J.; Shevde, L. A.; Pannell, L. K. J. Proteome Res. 2007, 6, 2993-3002.
11. Sardana, G.; Marshall, J.; Diamandis, E. P. Clin Chem. 2007, 53, 429-437.
12. Kulasingam, V.; Diamandis, E. P. Mol. Cell. Proteomics 2007, 25.
13. Chevallet, M.; Diemer, H.; Van Dorssealer, A.; Villiers, C.; Rabilloud, T. Proteomics 2007, 7, 1757-1770.
14. Lipman, N. S.; Jackson, L. R. Res. Immunol. 1998, 149, 571-576.
15. Yazaki, P. J.; Shively, L.; Clark, C.; Cheung, C. W.; Le, W.; Szpikowska, B.; Shively, J. E.; Raubitschek, A. A.; Wu, A. M. J. Immunol. Methods 2001, 253, 195-208.
16. Jacobin, M. J.; Santarelli, X.; Laroche-Traineau, J.; Clofent-Sanchez, G. Hum. Antibodies 2004, 13, 69-79.
17. Leong, M.; Babbitt, W.; Vyas, G. Biologicals 2007, 35, 227-233.
18. Gloeckner, H.; Lemke, H. D. Biotechnol. Prog. 2001, 17, 828-831.
19. Zwickl, H.; Trader, E.; Staettner, S.; Parzefall, W.; Grasl-Kraupp, B.; Karner, J.; Schulte-Hermann, R.; Gemer, C. Electrophoresis 2005, 26, 2779-2285.
20. Pellitteri-Hahn, M. C.; Warren, M. C; Didier, D. N.; Winkler, E. L.; Mirza, S. P.; Greene, A. S.; Olivier, M. J. Proteome Res. 2006, 5, 2861-2864.
21. Albertson, N.; Wenngren, I.; Sjöström, J. E. J. Clin. Microbiol. 1998, 36, 1232-1235.
22. Vanet, A.; Labigne, A. Infect. Immun. 1998, 66, 1023-1027.
23. Marcus, E. A.; Scott, D. R. Helicobacter 2001, 6, 93-99.
24. Ochsenbein, A. F. Cancer Gene Ther. 2002, 9, 1043-1055.
25. Ferguson, R. E.; Carroll, H. P.; Harris, A.; Maher, E. R.; Selby, P. J.; Banks, R. E. Proteomics 2005, 5, 566-571.
26. Jacobs, J. M.; Waters, K. M; Kathmann, L. E., 2nd.; Wiley, H. S.; Smith, R. D.; Thrall, B. D. J. Proteome Res. 2008, 7, 558-569.
27. Gronborg, M.; Kristiansen, T. Z.; Iwahori, A.; Chang, R.; Reddy, R.; Sato, N.; Molina, H.; Jensen, O. N.; Hruban, R. H.; Goggins, M. G.; Maitra, A.; Pandey, A. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 157-171.
28. Kim, S. W.; Cheon, K.; Kim, C. H.; Yoon, J. H.; Hawke, D. H.; Kobayashi, R.; Prudkin, L.; Wistuba, I. I.; Lotan, R.; Hong, W. K.; Koo, J. S. Cancer Res. 2007, 67, 6565-6573.
29. Huang, L. J.; Chen, S. X.; Huang, Y.; Luo, W. J.; Jiang, H. H.; Hu, Q. H.; Zhang, P. F.; Yi, H. Lung Cancer 2006, 54, 87-94.
30. Matsuda, K.; Maruyama, H.; Guo, F.; Kleeff, J.; Itakura, J.; Matsu-moto, Y.; Maurya, P.; Meleady, P.; Dowling, P.; Clynes, M. Anticancer Res. 2007, 27, 1247-1255.
31. Volmer, M. W.; Stühler, K.; Zapatka, M.; Schöneck, A.; Hein-Scory, S.; Schmiegel, W.; Meyer, H. E.; Schwarte-Waldhoff, I. Proteomics 2005, 5, 2587-2601.
32. Lou, X.; Xiao, T.; Zhao, K.; Wang, H.; Zheng, H.; Lin, D.; Lu, Y.; Gao, Y.; Cheng, S.; Liu, S.; Xu, N. J. Proteome Res. 2007, 6, 1083-1092.
33. Hernández-González, A.; Muro, A.; Barrera, I.; Ramos, G.; Orduña, A.; Siles-Lucas, M. Clin. Vaccine Immunol. 2008, 15, 147-153.
34. Bodily, K. D.; Morrison, C. M.; Renden, R. B.; Broadie, K. J. Neurosci. 2001, 21, 3113-3125.
35. Xu, W.; Han, Z. J. Insect Sci. 2008, 8, 1-6.
36. Mitchell, K. J.; Pinson, K. I.; Kelly, O. G.; Brennan, J.; Zupicich, J.; Scherz, P.; Leighton, P. A.; Goodrich, L. V.; Lu, X.; Avery, B. J.; Tate, P.; Dill, K.; Pangilinan, E.; Wakenight, P.; Tessier-Lavigne, M.; Skarnes, W. C. Nat. Genet. 2001, 28, 241-249.
37. Howell, G. R.; Shindo, M.; Murray, S.; Gridley, T.; Wilson, L. A.; Schimenti, J. C. Genetics 2007, 175, 699-707.
38. Sinha, S.; Arora, S.; Kosalai, K.; Namane, A.; Pym, A. S.; Cole, S. T. John Wiley & Sons, Ltd. 2002, 3, 470-483.
39. Hathout, Y. Expert Rev. Proteomics 2007, 4, 239-248.
40. Tátrai, P.; Dudás, J.; Batmunkh, E.; Máthé, M.; Zalatnai, A.; Schaff, Z.; Ramadori, G.; Kovalszky, I. Lab. Invest. 2006, 86, 1149-1160.
41. Akashi, T.; Ito, E.; Eishi, Y.; Koike, M.; Nakamura, K.; Burgeson, R. E. Jpn. J. Cancer Res. 2001, 92, 293-301.
42. Hakomori, S. Adv. Cancer Res. 1989, 52, 257-331.
43. Sud, N.; Sharma, R.; Ray, R.; Chattopadhyay, T.; Ralhan, R. Int. J. Cancer 2004, 112, 905-907.
44. Kim, Y. S.; Rang, H. Y.; Kim, J. Y.; Oh, S.; Kim, C. H.; Ryu, C. J.; Miyoshi, E.; Taniguchi, N.; Ko, J. H. Proteomics 2006, 6, 1187-1191.
45. Spiro, R. G. J. Biol. Chem. 1958, 233, 546-550.
46. Liu, C.; Sun, C.; Huang, H.; Janda, K.; Edgington, T. Cancer Res. 2003, 63, 2957-2964.
47. Lander, A. D.; Korc, M. Cancer Res. 2001, 61, 5562-5569.
48. Kozlowski, L.; Wojtukiewicz, M. Z.; Ostrowska, H. Arch. Dermatol. Res. 2000, 292, 68-71.
49. Fung, L. F.; Lo, A. K.; Yuen, P. W.; Liu, Y.; Wang, X. H.; Tsao, S. W. Life Sci. 2000, 67, 923-936.
50. Bastian, M.; Steiner, M.; Schuff-Werner, P. Int. J. Mol. Med. 2005, 15, 49-56.
51. Xiao, T.; Ting, W.; Li, L.; Hu, Z.; Ma, Y.; Jiao, L.; Ma, J.; Cai, Y.; Lin, D.; Guo, S.; Han, N.; Di, X.; Li, M.; Zhang, D.; Su, K.; Yuan, J.; Zheng, H.; Gao, M.; He, J.; Shi, S.; Li, W.; Xu, N.; Zhang, H.; Liu, Y.; Zhang, K.; Gao, Y.; Qian, X.; Cheng, S. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1480-1486.
52. Bendtsen, J. D.; Jensen, L. J.; Blom, N.; Von Heijne, G.; Brunak, S. Protein Eng. Pes. Sel. 2004, 17, 349-356.
53. Tanudji, M.; Hevi, S.; Chuck, S. L. J. Cell Sci. 2002, 115, 3849-3857.
54. Rubartelli, A.; Sitia, R. Biochem. Soc. Trans. 1991, 19, 255-259.
55. Rubartelli, A.; Bajetto, A.; Allavena, G.; Cozzolino, F.; Sitia, R. Cytokine 1993, 5, 117-124.
56. Hughes, R. C. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1473, 172-185.
57. Cleves, A. E.; Cooper, D. N.; Barondes, S. H.; Kelly, R. B. J. Cell Biol. 1996, 133, 1017-1026.