Role of modified nucleosides in the translation function of tRNAs from extreme thermophilic bacteria and animal mitochondria

Bulletin of the Chemical Society of Japan

Volumn 80, Issue 7, 2007, Pages 1253-1267

  Watanabe, Kimitsuna ^a,b  

^a UNIVERSITY OF TOKYO   (Japan)

^b NATIONAL INSTITUTE OF ADVANCED INDUSTRIAL SCIENCE AND TECHNOLOGY AIST   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTICODON; BIOSYNTHETIC PATHWAYS; CHEMICAL STRUCTURES; FUNCTIONAL ROLES; GENETIC CODES; HIGH TEMPERATURES; MITOCHONDRIAL DISEASES; MODIFIED NUCLEOSIDES; MOLECULAR MECHANISMS; POINT MUTATIONS; RESEARCH GROUPS; TRANSLATION FUNCTIONS;

ANIMAL CELL CULTURE; ANIMALS; BACTERIOLOGY; DECODING; FUNCTIONS; MITOCHONDRIA; NUCLEOTIDES; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; TRANSLATION (LANGUAGES);

BACTERIA;

EID: 58149293288     PISSN: 00092673     EISSN: 13480634     Source Type: Journal    
DOI: 10.1246/bcsj.80.1253     Document Type: Article

References (57)

1. Transfer RNA: Biological Aspects, ed. by D. Soli, P. R, Schimmel, J. N. Abelson, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Springer Harbor, NY, U.S.A., 1980.
2. tRNA: Structure, Biosynthesis, and Function, ed. by D. Söll, U. L. Rajbhandary, AMP Press, Washington, D.C., U.S.A., 1995.
3. Fine-tuning of RNA Functions by Modification and Editing in Topics in Current Genetics, ed. by H. Grosjean, Springer-Verlag, NY, U.S.A., 2005, Vol. 12.
4. T. Oshima, K. Imahori, J. Gen. Appl. Microbiol. 1971, 17, 513.
5. T. Oshima, K. Imahori, Int. J. Syst. Bacteriol. 1974, 24, 102.
6. B. G. Barrell, A. T. Bankier, J. Drouin, Nature 1979, 282, 189.
7. S. Anderson, A. T. Bankier, B. G. Barrell, M. H. L. de Bmijn, A. R, Coulson, J. Drouin, I. C. Eperon, D. P. Nierlich, B. A. Roe, F. Sanger, P. H. Schreier, A. J. H. Smith, R. Staden, I. G. Young, Nature 1981, 290, 457.
8. K. Watanabe, T. Oshima, M. Saneyoshi, S. Nishimura, FEBS Lett. 1974, 43, 59.
9. F. Kimura-Harada, M. Saneyoshi, S. Nishimura, FEBS Lett. 1971, 13, 335.
10. K. Watanabe, M. Shinma, T. Oshima, S. Nishimura, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1976, 72, 1137.
11. T. Suzuki, Topics in Current Genetics, Springer-Verlag, NY, 2005, Vol. 12.
12. H. Tsurui, Y. Kumazawa, R. Sanokawa, Y. Watanabe, T. Kuroda, A. Wada, K. Watanabe, T. Shirai, Anal. Biochem. 1994, 221, 166.
13. T. Kaneko, T. Suzuki, S. T. Kapushoc, M. A. Rubio, J. Ghazvini, K. Watanabe, L. Simpson, T. Suzuki, EMBO J. 2003, 22, 657.
14. T. Suzuki, T. Suzuki, T. Wada, K. Saigo, K. Watanabe, EMBO J. 2002, 21, 6581.
15. J. Moriya, T. Yokogawa, K. Wakita, T. Ueda, K. Nishikawa, P. F. Crain, T. Hashizume, S. C. Pomerantz, J. A. McCloskey, G. Kawai, N. Hayashi, S. Yokoyama, K. Watanabe, Biochemistry 1994, 33, 2234.
16. G. Kawai, T. Yokogawa, K. Nishikawa, T. Ueda, T. Hashizume, P. F. Crain, J. A. McCloskey, S. Yokoyama, K. Watanabe, Nucleosides Nucleotides 1994, 13, 1189.
17. C. Takemoto, T. Koike, T. Yokogawa, L. Benkowski, L. L. Spremulli, T. Ueda, K. Nishikawa, K. Watanabe, Biochimie 1995, 77, 104.
18. T. Yasukawa, T. Suzuki, T. Suzuki, T. Ueda, S. Ohta, K. Watanabe, J. Biol. Chem. 2000, 275, 4251.
19. T. Yasukawa, T. Suzuki, N. Ishii, T. Ueda, S. Ohta, K. Watanabe, FEBS Lett. 2000, 467, 175.
20. T. Yasukawa, T. Suzuki, N. Ishii, S. Ohta, K. Watanabe, EMBO J. 2001, 20, 4794.
21. T. Yasukawa, T. Suzuki, S. Ohta, K. Watanabe, Mitochondrion 2002, 2, 129.
22. Y. Kirino, T. Yasukawa, T. Suzuki, T. Suzuki, K. Watanabe, 3rd international Congress on Vascular Dementia, Prague, Oct. 23-26, 2003.
23. Y. Kirino, T. Yasukawa, S. Ohta, S. Akira, K. Ishihara, K. Watanabe, T. Suzuki, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15070.
24. T. Yasukawa, Y. Kirino, N. Ishii, I. J. Holt, H. T. Jacobs, T. Makifuchi, N. Fukuhara, S. Ohta, T. Suzuki, K. Watanabe, FEBS Lett. 2005, 579, 2948.
25. C. M. Smith, J. A. Steitz, Cell 1997, 89, 669.
26. C. M. Burns, H. Chu, S. M. Rueter, L. K. Hutchinson, H. Canton, E. Sanders-Bush, R. B. Emeson, Nature 1997, 387, 303.
27. T. Kiss, EMBO J. 2001, 20, 3617.
28. K. Watanabe, T. Oshima, K. Iijima, Z. Yamaizumi, S. Nishimura, J. Biochem. (Tokyo) 1980, 87, 1.
29. M. Sprinzl, C. Horn, M. Brown, A. Ioudovitch, S. Steinberg, Nucleic Acids Res. 1998, 26, 148.
30. J. A. Kowalak, J. J. Dalluge, J. A. McCloskey, K. O. Stetter, Biochemistry 1994, 33, 7869.
31. K. Watanabe, T. Oshima, S. Nishimura, Nucleic Acids Res. 1976, 3, 1703.
32. P. Davanloo, M. Sprinzl, K. Watanabe, M. Albani, H. Kersten, Nucleic Acids Res. 1979, 6, 1571.
33. K. Watanabe, S. Yokoyama, F. Hansske, H. Kasai, T. Miyazawa, Biochem. Biophys. Res. Commim. 1979, 91, 671.
34. S. Yokoyama, K. Watanabe, T. Miyazawa, Adv. Biophys. 1987, 23, 115.
35. K. Watanabe, Seikagaku 1981, 53, 1033.
36. K. Watanabe, H. Himeno, T. Ohta, J. Biochem. 1984, 96, 1625.
37. G. L. Igloi, Biochemistry 1988, 27, 3842.
38. N. Shigi, T. Suzuki, M. Tamakoshi, T. Oshima, K. Watanabe, J. Biol. Chem, 2002, 277, 39128.
39. M. Tamakoshi, T. Yaoi, T. Oshima, A. Yamagishi, FEMS Microbiol, Lett. 1999, 173, 431.
40. N. Shigi, T. Suzuki, T. Terada, M. Shirouzu, S. Yokoyama, K. Watanabe, J. Biol. Chem. 2006, 281, 2104.
41. N. Shigi, Y. Sakaguchi, T. Suzuki, K. Watanabe, J. Biol. Chem. 2006, 281, 14296.
42. E. Settembre, T. P. Begley, S. E. Ealick, Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 739.
43. C. T. Lauhon, J. Bacterial. 2002, 184, 6820.
44. K. Nilsson, H. K. Lundgren, T. G. Hagervall, G. R. Björk, J. Bacterial. 2002, 184, 6830.
45. K. Watanabe, S. Osawa, tRNA Structure, Biosynthesis, and Function, ed. by D. Söll, U. L. Rajbhandary, ASM Press, 1995, p. 225.
46. Y. Kobayashi, M. Y. Momoi, K. Tominaga, T. Momoi, K. Nihei, M. Yanagisawa, Y. Kagawa, S. Ohta, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1990, 173, 816.
47. Y. Goto, I. Nonaka, S. Horai, Nature 1990, 348, 651.
48. Y. Goto, I. Nonaka, S. Horai, Biochim. Biophys. Acta 1991, 1097, 238.
49. J. M. Shoffner, M. T. Lott, A. M. Lezza, P. Seibel, S. W. Ballinger, D. C. Wallace, Cell 1990, 61, 931.
50. Y. Kirino, Y. Goto, Y. Campos, J. Arenas, T. Suzuki, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 7127.
51. J. Hayashi, T. Ohta, D. Takai, S. Miyabayashi, R. Sakuta, Y. Goto, I. Nonaka, Biochem. Biophys. Res. Commim. 1993, 197, 1049.
52. D. R. Dunbar, P. A. Moonie, M. Zeviani, I. J. Holt, Hum. Mol. Genet. 1996, 5, 123.
53. J. A. Sturman, Physiol, Rev. 1993, 73, 119.
54. K. C. Hayes, R. E. Carey, S. Y. Schmidt, Science 1975, 188, 949.
55. T. Goto, T. Matsumoto, S. Takagi, Fish. Sci. 2001, 67, 1187.
56. S. R. Eddy, Nat. Rev. Genet. 2001, 2, 919.
57. J. S. Mattick, I. V. Makunin, Hum. Mol. Genet. 2006, 15, R17.