Ab initio and density functional theory modeling of the chiroptical response of glycine and alanine in solution using explicit solvation and molecular dynamics

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 11, 2008, Pages 1902-1914

  Kundrat, Matthew D ^a   Autschbach, Jochen ^a  

^a UNIVERSITY AT BUFFALO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 58149242704     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct8002767     Document Type: Article

References (52)

1. Sahu, P. K.; Lee, S. L. J. Mol. Model. 2008, 14, 385.
2. Aikens, C. M.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12835.
3. Takahashi, H.; Kawashima, Y.; Nitta, T.; Matubayasi, N. J. Chem. Phys. 2005, 123.
4. Ramaekers, R.; Pajak, J.; Lambie, B.; Maes, G. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4182.
5. Balta, B.; Aviyente, V. J. Comput. Chem. 2004, 25, 690.
6. Balta, B.; Aviyente, V. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1789.
7. Cui, Q. J. Chem. Phys. 2002, 117, 4720.
8. Gontrani, L.; Mennucci, B.; Tomasi, J. Theochem-J. Mol. Struct. 2000, 500, 113.
9. Kassab, E.; Langlet, J.; Evleth, E.; Akacem, Y. Theochem-J. Mol. Struct. 2000, 531, 267.
10. Tortonda, F. R.; Pascual-Ahuir, J. L.; Silla, E.; Tunon, I.; Ramirez, F. J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 592.
11. Tortonda, F. R.; PascualAhuir, J. L.; Silla, E.; Tunon, I. Chem. Phys. Lett. 1996, 260, 21.
12. Jensen, J. J.H.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8159.
13. Kikuchi, O.; Watanabe, T.; Ogawa, Y.; Takase, H.; Takahashi, O. J. Phys. Org. Chem. 1997, 10, 145.
14. D'Abramo, M.; Aschi, M.; Di Nola, A.; Amadei, A. Chem. Phys. Lett. 2005, 402, 559.
15. Sagarik, K.; Dokmaisrijan, S. Theochem-J. Mol. Struct. 2005, 718, 31.
16. Kundrat, M. D.; Autschbach, J. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4404.
17. Kundrat, M. D.; Autschbach, J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 4115.
18. Krykunov, M.; Kundrat, M. D.; Autschbach, J. J. Chem. Phys. 2006, 125, 13.
19. Kundrat, M. D.; Autschbach, J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 12908.
20. Berova, N.; Nakanishi, K.; Woody, R. W. Circular Dichroism: Principles and Applications, 2nd ed.; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 2000.
21. Barron, L. D. Molecular Light Scattering and Optical Activity, 2nd ed.; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 2004.
22. Mennucci, B.; Tomasi, J.; Cammi, R.; Cheeseman, J. R.; Frisch, M. J.; Devlin, F. J.; Gabriel, S.; Stephens, P. J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 6102.
23. Cappelli, C.; Monti, S.; Rizzo, A Int. J. Quantum Chem. 2005, 104, 144.
24. Pecul, M.; Larnparska, E.; Cappelli, C.; Frediani, L.; Ruud, K. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 2807.
25. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999.
26. Mukhopadhyay, P.; Zuber, G.; Goldsmith, M. R.; Wipf, P.; Beratan, D. N. ChemPhysChem 2006, 7, 2483.
27. Mukhopadhyay, P.; Zuber, G.; Wipf, P.; Beratan, D. N. Angew. Chem, Int. Ed. 2007, 46, 6450.
28. Jensen, L.; Swart, M.; Van Duijnen, P. T.; Autschbach, J. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 2479.
29. Ahlrichs, R.; Bar, M.; Haser, M.; Horn, H.; Kolmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
30. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
31. Christiansen, O.; Koch, H.; Jorgensen, P. Chem. Phys. Lett. 1995, 243, 409.
32. Woon, D. E.; Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1994, 100, 2975.
33. Schafer, A.; Klamt, A.; Sattel, D.; Lohrenz, J. C. W.; Eckert, F. PCCP Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 2187.
34. Pedersen, T. B.; Koch, H.; Boman, L.; de Meras, A. Chem. Phys. Lett. 2004, 393, 319.
35. Crawford, T. D.; Tarn, M. C.; Abrams, M. L. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 12057.
36. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306.
37. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
38. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
39. Destro, R.; Roversi, P.; Barzaghi, M.; Marsh, R. E. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 1047.
40. Isborn, C.; Claborn, K.; Kahr, B. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 7800.
41. Legrand, M.; Viennet, R. Bull. Soc. Chim. 1965, 679.
42. Nishino, H.; Kosaka, A.; Hembury, G. A.; Matsushima, K.; Inoue, Y. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 2002, 582.
43. Neugebauer, J.; Louwerse, M. J.; Baerends, E. J.; Wesolowski, T. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 13.
44. Yanai, T.; Tew, D. P.; Handy, N. C. Chem. Phys. Lett. 2004, 393, 51.
45. Neugebauer, J.; Gritsenko, O.; Baerends, E. J. J. Chem. Phys. 2006, 124, 11.
46. Lange, A.; Herbert, J. M. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1680.
47. Bernasconi, L.; Sprik, M.; Hutter, J. Chem. Phys. Lett. 2004, 394, 141.
48. Osted, A.; Kongsted, J.; Mikkelsen, K. V.; Christiansen, O. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 8646.
49. Coutinho, K.; De Oliveira, M. J.; Canuto, S Int. J. Quantum Chem. 1998, 66, 249.
50. Greenstein, J. P.; Winitz, M. Chemistry of the Amino Acids; John Wiley & Sons: New York, 1961.
51. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Cheeseman, J. R.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 5356.
52. Polavarapu, P. L. Chirality 2006, 18, 348.