Molecular dynamics study on the binding of S- and R-ofloxacin to [d(ATAGCGCTAT)]2 oligonucleotide: Effects of protonation states

Bulletin of the Korean Chemical Society

Volumn 29, Issue 11, 2008, Pages 2103-2108

  Gi, Nam Koo ^a   Byung, Hwa Lee ^a   Sung, Wook Han ^b   Kim, Seog K ^a   Hyun, Mee Lee ^a  

^a Yeungnam University   (South Korea)

^b Kyungwoon University   (South Korea)

Author keywords

Binding mode; DNA; Molecular dynamics; Ofloxacin; Quinolone

Indexed keywords

BINS; DNA; ENANTIOMERS; FREE ENERGY; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; OLIGONUCLEOTIDES; PROTONATION;

BINDING MODES; COMPLEX FORMATIONS; INITIAL STRUCTURES; MOLECULAR DYNAMICS METHODS; OFLOXACIN; PROTONATED SPECIES; PROTONATION STATE; QUINOLONES;

BINDING ENERGY;

EID: 57349092650     PISSN: 02532964     EISSN: 12295949     Source Type: Journal    
DOI: 10.5012/bkcs.2008.29.11.2103     Document Type: Article

References (33)

1. Hooper, D. C.; Wolfson, J. S. Quinolone-Antimicrobial Agent, 2nd ed.; American Society for Microbiology: Washington, DC, for review 1993.
2. Shen, L. L. Biochemical Pharmacology 1989, 38, 2042-2044.
3. Shen, L. L.; Kohlbrenner, W. E.; Weigi, D.; Baranowski, J. J. Biol. Chem. 1989, 264, 2973-2978.
4. Shen, L. L.; Mitscher, L. A.; Sharma, P. N.; O'Donnel, T. J.; Chu, D. W. T.; Cooper, C. S.; Rosen, T.; Pernet, A. G.. Biochemistry 1989, 28, 3886-3894.
5. Palù, G.; Valisena, S.; Perachi, M.; Palumbo, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 9671-9675.
6. Son, G.-W.; Yeo, J.-A.; Kim, M.-S.; Kim, S. K.; Holmén, A.; Åkerman B.; Nordén, B. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6451-6457.
7. Son, G.-W.; Yeo, J.-A.; Kim, J.-M.; Kim, S. K.; Moon, H. R.; Nam, W. Biophys. Chem. 1998, 74, 225-236.
8. Yeo, J.-A.; Cho, T.-S.; Kim, S. K.; Moon, H. R.; Jhon, G.-J.; Nam, W. Bull. Kor. Chem. Soc. 1998, 19, 449-457.
9. Lee, E.-J.; Yeo, J.-A.; Lee, G.-J.; Han S. W.; Kim, S. K. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 6018-6024.
10. Lee, E.-J.; Yeo, J.-A.; Jung, K.; Hwangbo, H. J.; Lee, G.-J.; Kim, S. K. Arch. Biochem. Biophys. 2001, 395, 21-24.
11. Hwangbo, H. J.; Yun, B. H.; Cha, J. S.; Kwon, D. Y.; Kim, S. K. Eur. J. Pharm Sci. 2003, 18, 197-203.
12. Bailly, C.; Colson, P.; Houssier, C. Biophys. Res. Commun. 1998, 243, 844-848.
13. Lee, H. M.; Kim, J.-K.; Kim, S. K. J. Biomol. Struct. Dyn. 2002, 19, 1083-1091.
14. Shen, L. L.; Pernet, A. G. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1985, 82, 307-311.
15. Sandström, K.; Wärmländer, S.; Leijon, M.; Gräslund, A. Biochem. Bioph. Res. Co. 2003, 304, 55-59.
16. Sissi, C.; Perdonà, E.; Domenici, E.; Feriani, A.; Howells, A. J.; Maxwell, A.; Palumbo, M. J. Mol. Biol. 2001, 311, 195-203.
17. Hayakawa, I.; Atarashi, S.; Yokohama, S.; Imamura, M.; Sakano, K.-I.; Furukawa, M. Antimicrob. Agents Chemother 1986, 29, 163-164.
18. Lee, H. M.; Kim, H. D.; Kim, J. M.; Kim, J.-K.; Kim, S. K. J. Biomol. Struct. Dyn. 2007, 25, 231-241.
19. Frich, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakzewski, V. G.; Montgomery, Jr. J. A.; Stratman, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Morokuma, Q.; Cui, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, J. V.; Ortiz, B. B.; Liashenko, G.; Liu, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, M. W.; Wong, J. L.; Andres, W.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A. 3.; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
20. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E. III.; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmering, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER7; University of California: San Francisco, 2002.
21. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E. III.; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmering, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER7; University of California: San Francisco, 2002.
22. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
23. Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845-862.
24. Bonnet, P.; Bryce, R. A. J. Mol. Graph. Model. 2005, 24, 147-156.
25. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
26. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
27. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
28. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
29. Humphery, F. W.; Dalke, A.; Shulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38.
30. Laver, R.; Sklenar, H. CURVES 5.3, 1990.
31. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E. III; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401-9409.
32. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. III. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889-897.
33. Yeo, J.-A.; Son, G.-S.; Kim, J. M.; Jun, E. D.; Moon, H. R.; Cho, T.-S. J. Kor. Chem. Soc. 2000, 44, 4-9.