Conformational isomerism in the isoreticular metal organic framework family: A force field investigation

Journal of Physical Chemistry C

Volumn 112, Issue 38, 2008, Pages 14980-14987

  Amirjalayer, Saeed ^a   Schmid, Rochus ^a  

^a RUHR UNIVERSITY BOCHUM   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BOOLEAN FUNCTIONS; GENETIC ALGORITHMS; LEARNING ALGORITHMS; MOLECULAR MECHANICS; NAPHTHALENE; NETWORK PROTOCOLS; ORGANIC POLYMERS; ORGANOMETALLICS; POLYCYCLIC AROMATIC HYDROCARBONS; SENSOR NETWORKS; SEPARATION; STEREOCHEMISTRY;

ATOMISTIC-STRUCTURE; COMPLEX NETWORKS; CONFORMATIONAL ISOMERISM; FORCE FIELD; FORMULA UNIT; FUNCTIONAL MATERIALS; GLOBAL MINIMUM STRUCTURE; ISOMERIC FORMS; ISORETICULAR METAL ORGANIC FRAMEWORKS; LOW ENERGIES; LOWER ENERGIES; MOLECULAR MECHANICS CALCULATIONS; PARENT STRUCTURE; ROTATIONAL ISOMERS; SEARCH ALGORITHMS; STERIC REPULSIONS; THEORETICAL CALCULATIONS;

ISOMERS;

EID: 53849113981     PISSN: 19327447     EISSN: 19327455     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp8061948     Document Type: Article

References (70)

1. Mueller, U.; Schubert, M.; Teich, F.; Puetter, H.; Schierle-Arndt, K.; Pastre, J. J. Mater. Chem. 2006, 16, 626.
2. Yaghi, O. M.; O'Keeffe, M.; Ockwig, N. W.; Chae, H. K.; Eddaoudi, M.; Kim, J. Nature 2003, 423, 705.
3. Eddaoudi, M.; Kim, J.; Rosi, N.; Vodak, D.; Wachter, J.; O'Keeffe, M.; Yaghi, O. M. Science 2002, 295, 469.
4. Rowsell, J. L. C.; Millward, A. R.; Park, K. S.; Yaghi, O. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5666.
5. Rowsell, J. L. C.; Yaghi, O. M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1304.
6. Moulton, B.; Zaworotko, M. Chem. Rev. 2001, 101, 1629.
7. Hafizovic, J.; Bjorgen, M.; Olsbye, U.; Dietzel, P. D. C.; Bordiga, S.; Prestipino, C.; Lamberti, C.; Lillerud, K. P. J. Am Chem. Soc. 2007, 129, 3612.
8. Hausdorf, S.; Baitalow, F.; Seidel, J.; Mertens, F. O. R. L. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 4259.
9. Hermes, S.; Witte, T.; Hikov, T.; Zacher, D.; Bahnmueller, S.; Langstein, C.; Huber, K.; Fischer, R. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5324.
10. Shekhah, C.; Wang, H.; Kowarik, S.; Schreiber, F.; Paulus, M.; Tolan, M.; Sternemann, C.; Evers, F.; Zacher, D.; Fischer, R. A.; Wöll, C. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 15118.
11. Ramsahye, N. A.; Maurin, G.; Bourrelly, S.; Llewellyn, P.; Loiseau, T.; Ferey, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 1059.
12. Sagara, T.; Klassen, J.; Ganz, E. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12543.
13. Yang, Q. Y.; Zhong, C. L. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 17776.
14. Han, S. S.; Goddard, W. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 8422.
15. Sagara, T.; Klassen, J.; Ortony, J.; Ganz, E. J. Chem. Phys. 2005, 123, 014701.
16. Sagara, T.; Ortony, J.; Ganz, E. J. Chem. Phys. 2005, 123, 214707.
17. Fuentes-Cabrera, M.; Nicholson, D. M.; Sumpter, B. G.; Widom, M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 124713.
18. Lee, T. B.; Kim, D.; Jung, D. H.; Choi, S. B.; Yoon, J. H.; Kim, J.; Choi, K.; Choi, S. H. Catal. Today 2007, 120, 330.
19. Mattesini, M.; Soler, J. M.; Yndurain, F. Phys. Rev. B 2006, 73, 094111.
20. Samanta, A.; Furuta, T.; Li, J. J. Chem. Phys. 2006, 125, 084714.
21. Mueller, T.; Ceder, G. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 17974.
22. Mulder, F. M.; Dingemans, T. J.; Wagemaker, M.; Kearley, G. J. Chem. Phys. 2005, 317, 113.
23. Kuc, A.; Enyashin, A.; Seifert, G. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 8179.
24. Düren, T.; Snurr, R. Q. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15703.
25. Ramsahye, N. A.; Maurin, C.; Bourrelly, S.; Llewellyn, P. L.; Loiseau, T.; Serre, C.; Ferey, G. Chem. Commun. 2007, 3261.
26. Sarkisov, L.; Düren, T.; Snurr, R. Q. Mol. Phys. 2004, 102, 211.
27. Vishnyakov, A.; Ravikovitch, P. I.; Neimark, A. V.; Bulow, M.; Wang, Q. M. Nano Lett. 2003, 3, 713.
28. Düren, T.; Sarkisov, L.; Yaghi, O. M.; Snurr, R. Q. Langmuir 2004, 20, 2683.
29. Garberoglio, C.; Skoulidas, A. I.; Johnson, J. K. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13094.
30. Jiang, J. W.; Sandler, S. I. Langmuir 2006, 22, 5702.
31. Wang, S. Y. Energy Fuels 2007, 21, 953.
32. Wang, S. Y.; Yang, Q. Y.; Zhong, C. L. Acta Chim Sin. 2006, 64, 1775.
33. Frost, H.; Düren, T.; Snurr, R. Q. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 9565.
34. Yang, Q. Y.; Zhong, C. L. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 655.
35. Zhou, W.; Wu, H.; Hartman, M. R.; Yildirim, T. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 16131.
36. Skoulidas, A. I. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1356.
37. Skoulidas, A. I.; Sholl, D. S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15760.
38. Yang, Q. Y.; Zhong, C. L. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11862.
39. Amirjalayer, S.; Tafipolsky, M.; Schmid, R. Angew. Chem.-Int. Ed. 2007, 46, 463.
40. Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024.
41. Greathouse, J. A.; Allendorf, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10678.
42. Greathouse, J. A.; Allendorf, M. D. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 5795-5802.
43. Huang, B. L.; McGaughey, A. J. H.; Kaviany, M. Int. J. Heat Mass Trans. 2007, 50, 393.
44. Dubbeldam, D.; Walton, K. S.; Ellis, D. E.; Snurr, R. Q. Angew. Chenu-Int. Ed. 2007, 46, 4496.
45. Han, S. S.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 15185.
46. Lii, J.-H.; Allinger, N. L.; Yuh, Y. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551.
47. Lii, J. H.; Allinger, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8566.
48. Lii, J. H.; Allinger, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8576.
49. Tafipolsky, M.; Armrjalayer, S.; Schmid, R. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1169.
50. Jhon, Y. H.; Cho, M.; Jeon, H. R.; Park, I.; Chang, R.; Rowsell, J. L. C.; Kim, J. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 16618.
51. Kim, H.; Chun, H.; Kim, G. H.; Lee, H. S.; Kim, K. Chem. Commun. 2006, 2759.
52. Rowsell, J. L. C.; Eckert, J.; Yaghi, O. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127 14904.
53. Dubbeldam, D.; Frost, H.; Walton, K. S.; Snurr, R. Q. Fluid Phase Equilib. 2007, 261, 152.
54. Sancho-Gracia, J. C.; Cornil, J. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 581.
55. Stallmach, F.; Gröger, S.; Künzel, V.; Kärger, J.; Yaghi, O. M.; Hesse, M.; Müller, U. Angew. Chenu-Int. Ed. 2006, 45, 2123.
56. Allinger, N. K. http://europa.chem.uga.edu/allinger/mm32000_new. html. (accessed August 22, 2008).
57. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, C.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.04; Gaussian, Inc: Pittsburgh PA, 2003.
58. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
59. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
60. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
61. Dolg, M.; Wedig, U.; Stoll, H.; Preuss, H. J. Chem. Phys. 1987, 86, 866.
62. Ponder, J. W.; Richards, F. M. J. Comput. Chem. 1987, 8, 1016. tinker, version 4.2; June 2004; http://dasher.wustl.edu/ tinker/.
63. Allinger, N. L.; Li, F. B.; Yan, L. Q. J. Comput. Chem. 1990, 11, 848.
64. Allinger, N. L.; Li, F. B.; Yan, L. Q.; TAI, J. C. J. Comput. Chem. 1990, 11, 868-895.
65. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1463.
66. Gonzalez, C.; Lim, E. C. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1437.
67. Allinger, N. L.; Lii, J.-H. J. Comput. Chem. 1987, 8, 1146.
68. Mitchell, M. An Introduction to Genetic Algorithms; MIT Press: Cambridge, MA, 1996.
69. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 104.
70. Gonzalez, J.; Devi, R. N.; Tunstall, D. P.; Cox, P. A.; Wright, P. A. Microporous Mesoporous Mater. 2005, 84, 97.