Structures and molecular-dynamics studies of three active-site mutants of bovine pancreatic phospholipase A2

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography

Volumn 64, Issue 10, 2008, Pages 1003-1011

  Kanaujia, Shankar Prasad ^a   Sekar, Kanagaraj ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF SCIENCE   (India)

Author keywords

Phospholipase A

Indexed keywords

CALCIUM; PHOSPHOLIPASE A2;

ANIMAL; ARTICLE; BINDING SITE; CATALYSIS; CATTLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ENZYMOLOGY; GENETICS; HYDROGEN BOND; METABOLISM; MUTATION; PANCREAS; PROTEIN CONFORMATION; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

ANIMALS; BINDING SITES; CALCIUM; CATALYSIS; CATTLE; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; MUTATION; PANCREAS; PHOSPHOLIPASES A2; PROTEIN CONFORMATION;

BOVINAE;

EID: 53549093857     PISSN: 09074449     EISSN: 13990047     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0907444908022713     Document Type: Article

References (40)

1. Berg, B. van den, Tessari, M., Boelens, R., Dijkman, R., de Haas, G. H., Kaptein, R. & Verheij, H. M. (1995). Nature Struct. Biol. 2, 402-406.
2. Bergh, C. J. van den, Slotboom, A. J., Verheij, H. M. & de Haas, G. H. (1988). Eur. J. Biochem. 176, 353-357.
3. Brünger, A. T. (1992). Nature (London), 355, 472-475.
4. Brünger, A. T., Adams, P. D., Clore, G. M., DeLano, W. L., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R. W., Jiang, J.-S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N. S., Read, R. J., Rice, L. M., Simonson, T. & Warren, G. L. (1998). Acta Cryst. D54, 905-921.
5. Collaborative Computational Project, Number 4 (1994). Acta Cryst. D50, 760-763.
6. Darden, T. D. & York, P. L. (1993). J. Chem. Phys. 98, 10089-10092.
7. Davidson, F. F. & Dennis, E. A. (1990). J. Mol. Evol. 31, 228-238.
8. Davis, I. W., Murray, L. W., Richardson, J. S. & Richardson, D. C. (2004). Nucleic Acids Res. 32, W615-W619.
9. Deenen, L. L. van & de Hass, G. H. (1964). Adv. Lipid. Res. 2, 167-234.
10. Dijkstra, B. W., Drenth, J., Kalk, K. H. & Vandermaelen, P. J. (1978). J. Mol. Biol. 124, 53-60.
11. Dijkstra, B. W., Kalk, K. H., Hol, W. G. & Drenth, J. (1981). J. Mol. Biol. 147, 97-123.
12. Dupureur, C. M., Yu, B. Z., Jain, M. K., Noel, J. P., Deng, T., Li, Y., Byeon, I. J. & Tsai, M. D. (1992). Biochemistry, 31, 6402-6413.
13. Dupureur, C. M., Yu, B. Z., Mamone, J. A., Jain, M. K. & Tsai, M. D. (1992). Biochemistry, 31, 10576-10583.
14. Emsley, P. & Cowtan, K. (2004). Acta Cryst. D60, 2126-2132.
15. Hess, B., Bekker, H., Berendsen, H. J. C. & Fraaije, J. G. E. M. (1997). J. Comput. Chem. 18, 1463-1472.
16. Hussain, A. S. Z., Shanthi, V., Sheik, S. S., Jeyakanthan, J., Selvarani, P. & Sekar, K. (2002). Acta Cryst. D58, 1385-1386.
17. Jorgensen, W. L., Maxwell, D. S. & Tirado-Rives, J. (1996). J. Am. Chem. Soc. 118, 11225-11236.
18. Kaminski, G. A., Friesner, R. A., Tirado-Rives, J. & Jorgensen, W. L. (2001). J. Phys. Chem. B, 105, 6474-6487.
19. Laskowski, R. A., MacArthur, M. W., Moss, D. S. & Thornton, J. M. (1993). J. Appl. Cryst. 26, 283-291.
20. Leatherbarrow, R. J. & Fersht, A. R. (1987). Biochemistry, 26, 8524-8528.
21. Li, Y. & Tsai, M. D. (1993). J. Am. Chem. Soc. 115, 8523-8526.
22. Li, Y., Yu, B. Z., Zhu, H., Jain, M. K. & Tsai, M. D. (1994). Biochemistry, 33, 14714-14722.
23. McCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Adams, P. D., Winn, M. D., Storoni, L. C. & Read, R. J. (2007). J. Appl. Cryst. 40, 658-674.
24. McDonald, I. K. & Thornton, J. M. (1994). J. Mol. Biol. 238, 777-793.
25. Noel, J. P., Bingman, C. A., Deng, T. L., Dupureur, C. M., Hamilton, K. J., Jiang, R. T., Kwak, J. G., Sekharudu, C., Sundaralingam, M. & Tsai, M. D. (1991). Biochemistry, 30, 11801-11811.
26. Otwinowski, Z. & Minor, W. (1997). Methods Enzymol. 276, 307-326.
27. Read, R. J. (2001). Acta Cryst. D57, 1373-1382.
28. Schüttelkopf, A. W. & van Aalten, D. M. F. (2004). Acta Cryst. D60, 1355-1363.
29. Sekar, K. (2007). Curr. Topics Med. Chem. 7, 779-785.
30. Sekar, K., Biswas, R., Li, Y., Tsai, M.-D. & Sundaralingam, M. (1999). Acta Cryst. D55, 443-447.
31. Sekar, K., Gayathri, D., Velmurugan, D., Jeyakanthan, J., Yamane, T., Poi, M.-J. & Tsai, M.-D. (2006). Acta Cryst. D62, 392-397.
32. Sekar, K., Rajakannan, V., Gayathri, D., Velmurugan, D., Poi, M.-J., Dauter, M., Dauter, Z. & Tsai, M.-D. (2005). Acta Cryst. F61, 3-7.
33. Sekar, K., Sekharudu, C., Tsai, M. D. & Sundaralingam, M. (1998). Acta Cryst. D54, 342-346.
34. Sekar, K. & Sundaralingam, M. (1999). Acta Cryst. D55, 46-50.
35. Shanthi, V., Rajesh, C. K., Jayalakshmi, J., Vijay, V. G. & Sekar, K. (2003). J. Appl. Cryst. 36, 167-168.
36. Spoel, D. van der, Lindahl, E., Hess, B., Groenhof, G., Mark, A. E. & Berendsen, H. J. C. (2005). J. Comput. Chem. 26, 1701-1718.
37. Steiner, R. A., Rozeboom, H. J., de Vries, A., Kalk, K. H., Murshudov, G. N., Wilson, K. S. & Dijkstra, B. W. (2001). Acta Cryst. D57, 516-526.
38. Sumathi, K., Ananthalakshmi, P., Roshan, M. N. A. & Sekar, K. (2006). Nucleic Acids Res. 34, W128-W138.
39. Verheij, H. M., Slotboom, A. J. & de Haas, G. H. (1981). Rev. Physiol. Biochem. Pharmacol. 91, 91-203.
40. Verheij, H. M., Volwerk, J. J., Jansen, E. H., Puyk, W. C., Dijkstra, B. W., Drenth, J. & de Haas, G. H. (1980). Biochemistry, 19, 743-750.