Assessing the dynamic range and peak capacity of nanoflow LC-FAIMS-MS on an ion trap mass spectrometer for proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 18, 2008, Pages 6888-6897

  Canterbury, Jesse D ^a   Yi, Xianhua ^a   Hoopmann, Michael R ^a   MacCoss, Michael J ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHLORINE COMPOUNDS; CHROMATOGRAPHIC ANALYSIS; DATA ACQUISITION; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; IONS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MIXTURES; MOLECULAR BIOLOGY; PROTEINS; SPECTROMETERS; SPECTROMETRY; TECHNOLOGY TRANSFER;

COMPLEX MIXTURES; DYNAMIC RANGE; HIGH-FIELD ASYMMETRIC WAVEFORM ION MOBILITY SPECTROMETRY; ION-TRAP MASS SPECTROMETERS; LIQUID CHROMATOGRAPHY-MASS SPECTROMETRY; NANO FLOW; PEAK CAPACITY; PROTEIN IDENTIFICATION TECHNOLOGY; PROTEOMICS; S. CEREVISIAE; TANDEM MASS SPECTRA; TRYPTIC DIGESTS;

MASS SPECTROMETERS;

FUNGAL PROTEIN;

ANALYTIC METHOD; ARTICLE; DYNAMICS; HIGH FIELD ASYMMETRIC WAVEFORM ION MOBILITY SPECTROMETRY; ION TRAP MASS SPECTROMETRY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETER; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; TECHNOLOGY;

CHROMATOGRAPHY, LIQUID; FUNGAL PROTEINS; MASS SPECTROMETRY; NANOTECHNOLOGY; PEPTIDES; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 51949090818     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac8004988     Document Type: Article

References (52)

1. Mayya, V.; Rezaul, K.; Cong, Y. S.; Han, D. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 214-223.
2. Blackler, A. R.; Klammer, A. A.; MacCoss, M. J.; Wu, C. C. Anal. Chem. 2006, 78, 1337-1344.
3. Link, A. J.; Eng, J. K.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., III Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
4. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
5. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
6. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
7. MacCoss, M. J.; McDonald, W. H.; Saraf, A.; Sadygov, R.; Clark, J. M.; Tasto, J. J.; Gould, K. L.; Wolters, D.; Washburn, M.; Weiss, A.; Clark, J. I.; Yates, J. R., III Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 7900-7905.
8. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 532-538.
9. Syka, J. E.; Marto, J. A.; Bai, D. L.; Horning, S.; Senko, M. W.; Schwartz, J. C.; Ueberheide, B.; Garcia, B.; Busby, S.; Muratore, T.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. J. Proteome Res. 2004, 3, 621-626.
10. Hardman, M.; Makarov, A. A. Anal. Chem. 2003, 75, 1699-1705.
11. Wiener, M. C.; Sachs, J. R.; Deyanova, E. G.; Yates, N. A. Anal. Chem. 2004, 76, 6085-6096.
12. Meng, F.; Wiener, M. C.; Sachs, J. R.; Burns, C.; Verma, P.; Paweletz, C. P.; Mazur, M. T.; Deyanova, E. G.; Yates, N. A.; Hendrickson, R. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 226-233.
13. Yates, N. A.; Deyanova, E. G.; Geissler, W.; Wiener, M. C.; Sachs, J. R.; Wong, K. K.; Thornberry, N. A.; Roy, R. S.; Settlage, R. E.; Hendrickson, R. C. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 259, 174-183.
14. Finney, G. L.; Blackler, A. R.; Hoopmann, M. R.; Canterbury, J. D.; Wu, C. C.; MacCoss, M. J. Anal. Chem. 2008, 80, 961-971.
15. Wang, W.; Zhou, H.; Lin, H.; Roy, S.; Shaler, T. A.; Hill, L. R.; Norton, S.; Kumar, P.; Anderle, M.; Becker, C. H. Anal. Chem. 2003, 75, 4818-4826.
16. Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Veenstra, T. D.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 3349-3354.
17. Romine, M. F.; Elias, D. A.; Monroe, M. E.; Auberry, K.; Fang, R.; Fredrickson, J. K.; Anderson, G. A.; Smith, R. D.; Lipton, M. S. OMICS 2004, 8, 239-254.
18. May, D.; Fitzgibbon, M.; Liu, Y.; Holzman, T.; Eng, J.; Kemp, C. J.; Whiteaker, J.; Paulovich, A.; McIntosh, M. J. Proteome Res. 2007, 6, 2685-2694.
19. Buryakov, I. A.; Krylov, E. V.; Nazarov, E. G.; Rasulev, U. Kh. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1993, 128, 143-148.
20. Guevremont, R.; Barnett, D. A.; Purves, R. W.; Vandermey, J. Anal. Chem. 2000, 72, 4577-4584.
21. Barnett, D. A.; Ells, B.; Guevremont, R.; Purves, R. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 1282-1291.
22. Barnett, D. A.; Ding, L.; Ells, B.; Purves, R. W.; Guevremont, R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 676-680.
23. Venne, K.; Bonneil, E.; Eng, K.; Thibault, P. Anal. Chem. 2005, 77, 2176-2186.
24. Klammer, A. A.; MacCoss, M. J. J. Proteome Res. 2006, 5, 695-700.
25. Krylov, E. V. Instrum. Exp. Tech. 1997, 40, 628-631.
26. Potvin, L.; Baribeau, Y. (Ionalytics Corporation). Waveform generator electronics based on tuned LC circuits. Canadian Patent 10/529,3097078678, July 18, 2006.
27. McDonald, W. H.; Tabb, D. L.; Sadygov, R. G.; MacCoss, M. J.; Venable, J.; Graumann, J.; Johnson, J. R.; Cociorva, D.; Yates, J. R., III Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2162-2168.
28. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 320-332.
29. Hoopmann, M. R.; Finney, G. L.; MacCoss, M. J. Anal. Chem. 2007, 79, 5620-5632.
30. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., III J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
31. Käll, L.; Canterbury, J. D.; Weston, J.; Noble, W. S.; MacCoss, M. J. Nat. Methods 2007, 4, 923-925.
32. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., III J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
33. Giddings, J. C. Unified Separation Science; John Wiley & Sons, Inc., 1991.
34. Coon, J. J.; Ueberheide, B.; Syka, J. E.; Dryhurst, D. D.; Ausio, J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 9463-9468.
35. Coon, J. J.; Syka, J. E.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. BioTechniques 2005, 38 (519), 521-523.
36. Good, D. M.; Wirtala, M.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1942-1951.
37. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Wirtala, M.; Schwartz, J. C.; Syka, J. E.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 477-485.
38. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Hoaglund, C. S.; Reilly, J. P.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1213-1216.
39. Henderson, S. C.; Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1999, 71, 291-301.
40. Koeniger, S. L.; Merenbloom, S. I.; Valentine, S. J.; Jarrold, M. F.; Udseth, H. R.; Smith, R. D.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2006, 78, 4161-4174.
41. Merenbloom, S. I.; Koeniger, S. L.; Valentine, S. J.; Plasencia, M. D.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2006, 78, 2802-2809.
42. Tang, K.; Li, F.; Shvartsburg, A. A.; Strittmatter, E. F.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2005, 77, 6381-56388.
43. Hoaglund, C. S.; Valentine, S. J.; Sporleder, C. R.; Reilly, J. P.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1998, 70, 2236-2242.
44. Sowell, R. A.; Koeniger, S. L.; Valentine, S. J.; Moon, M. H.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1341-1353.
45. Taraszka, J. A.; Kurulugama, R.; Sowell, R. A.; Valentine, S. J.; Koeniger, S. L.; Arnold, R. J.; Miller, D. F.; Kaufman, T. C.; Clemmer, D. E. J. Proteome Res. 2005, 4, 1223-1237.
46. Valentine, S. J.; Plasencia, M. D.; Liu, X.; Krishnan, M.; Naylor, S.; Udseth, H. R.; Smith, R. D.; Clemmer, D. E. J. Proteome Res. 2006, 5, 2977-2984.
47. Belov, M. E.; Buschbach, M. A.; Prior, D. C.; Tang, K.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2007, 79, 2451-2462.
48. Tang, X.; Bruce, J. E.; Hill, H. H., Jr Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 1115-1122.
49. Shvartsburg, A. A.; Li, F.; Tang, K.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2006, 78, 3706-3714.
50. Guevremont, R.; Ding, L.; Ells, B.; Barnett, D. A.; Purves, R. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 1320-1330.
51. Purves, R. W.; Barnett, D. A.; Ells, B.; Guevremont, R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1453-1456.
52. Guevremont, R.; Purves, R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 349-362.