Water inside a hydrophobic cavitand molecule

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 33, 2008, Pages 10272-10279

  Ewell, Jeffrey ^a   Gibb, Bruce C ^a   Rick, Steven W ^a  

^a UNIVERSITY OF NEW ORLEANS   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATIONAL METHODS; COMPUTER NETWORKS; COMPUTER SIMULATION; DYNAMICS; ENTROPY; FLOW INTERACTIONS; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; HYDROPHOBICITY; JOINTS (STRUCTURAL COMPONENTS); MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM CHEMISTRY; VEHICULAR TUNNELS;

CAVITAND; WATER MOLECULES;

MOLECULES;

EID: 51049084863     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp804429n     Document Type: Article

References (44)

1. Gibb, B. G. In Organic Nano-Structures; Atwood, J. L., Steed, J. W., Ed.; John Wiley and Sons: 2007.
2. Gibb, C. L. D.; Gibb, B. C. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16498.
3. Sun, H.; Gibb, C. L. D.; Gibb, B. C. Supramolecular Chem. 2008, 20, 141.
4. Gibb, C. L. D.; Gibb, B. C. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11408.
5. Gibb, C. L. D.; Sundaresan, A. K.; Ramamurthy, V.; Gibb, B. C. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4069.
6. Brovchenko, I.; Paschek, D.; Geiger, A. J. Chem. Phys. 2000, 113, 5026.
7. Wallqvist, A.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6745.
8. Chau, P. L. Mol. Phys. 2001, 99, 1289.
9. Setny, P.; Geller, M. J. Chem. Phys. 2006, 125, 144717.
10. Paschek, D. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10605.
11. Lee, C. Y.; McCammon, J. A.; Rossky, P. J. J. Chem. Phys. 1984, 80, 4448.
12. Chau, P. L.; Forester, T. R.; Smith, W. Mol. Phys. 1996, 89, 1033.
13. Cheng, Y.; Rossky, P. J. Nature 1998, 392, 696.
14. Lum, K.; Chandler, D.; Weeks, J. D. J. Phys. Chem. B1999, 103, 4570.
15. Southall, N. T.; Dill, K. A. J. Chem. Phys. B 2000, 104, 1326.
16. Chau, P. L. Mol. Phys. 2003, 101, 3121.
17. Laaksonen, A.; Stilbs, P. Mol. Phys. 1991, 74, 747.
18. Ludwig, R.; Weinhold, F.; Farrar, T. C. J. Chem. Phys. 1997, 107, 499.
19. Haselmeier, R.; Holz, M.; Marbach, W.; Weingartner, H. J. Phys. Chem. 1995, 99, 2243.
20. Beckstein, O.; Sansom, M. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 7063.
21. Hummer, G.; Rasaiah, J.; Noworyta, J. Nature 2001, 414, 188.
22. Wagne, A.; Rasaiah, J.; Hummer, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10789.
23. Reichman, S. A. D.; Hummer, G. J. Chem. Phys. 2005, 123, 194502.
24. ten Wolde, P. R.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 6539.
25. Liu, P.; Huang, X.; Zhou, R.; Berne, B. J. Nature 2005, 437, 159.
26. Zhou, R.; Huang, X.; Margulis, C. J.; Berne, B. J. Science 2004, 305, 1605.
27. Miller, III, T. F.; Vanden-Eijnden, E.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 14559.
28. Levy, Y.; Onuchic, J. N. Annu. Rev. Biophys. Struc. 2006, 35, 389.
29. Setny, P. J. Chem. Phys. 2007, 127, 054505.
30. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., Ill; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowlet, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh. U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER; University of California, San Francisco; San Francisco, 2002.
31. Horn, H. W.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Madera, J. D.; Dick, T. J.; Hura, G. L.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9665.
32. Krouskop, P. E.; Madura, J. D.; Paschek, D.; Krukau, A. J. Chem. Phys. 2006, 124, 016102.
33. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
34. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. M.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157.
35. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 27, 1049.
36. Preusser, A. ACM Trans. Math. Software 1989, 15, 79.
37. Mancera, R. L.; Buckingham, A. D. J. Chem. Phys. 1995, 99, 14632.
38. Lee, B.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1971, 55, 379.
39. Vaitheeswaran, S.; Yin, H.; Rasaiah, J. C.; Hummer, G.; Sengers, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17002.
40. Jana, B.; Pal, S.; Maiti, P. K.; Lin, S. T.; Hynes, J. T.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 19611.
41. Adam, G.; Gibbs, J. H. J. Chem. Phys. 1965, 43, 139.
42. Dzugutov, M. Nature 1996, 381, 137.
43. Lin, S.; Blanco, M.; Goddard, W. A., III J. Chem. Phys. 2003, 119, 11792.
44. Ben-Naim, A.; Marcus, Y. J. Chem. Phys. 1984, 81, 2016.