A multi-scale method for the calculation of charge transfer rates through the Π-stack of DNA: Application to DNA dynamics

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 10, Issue 35, 2008, Pages 5436-5444

  Řeha, David ^a   Barford, William ^b   Harris, Sarah ^a  

^a UNIVERSITY OF LEEDS   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; QUANTUM THEORY;

BASE PAIRING; DNA; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; QUANTUM THEORY;

EID: 50849127134     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b719619a     Document Type: Article

References (52)

1. A. A. Voityuk K. Siriwong N. Rosch Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 5421 5425
2. M. A. O'Neill J. K. Barton J. Am. Chem. Soc. 2004 126 11471 11483
3. E. B. Starikov T. Fujita H. Watanabe Y. Sengoku S. Tanaka W. Wenzel Mol. Simul. 2006 32 759 764
4. K. Dedachi T. Natsume T. Nakatsu S. Tanaka Y. Ishikawa N. Kurita Chem. Phys. Lett. 2007 436 244 251
5. A. Sadowska-Aleksiejew J. Rak A. A. Voityuk Chem. Phys. Lett. 2006 429 546 550
6. G. B. Schuster, Long-Range Charge Transfer in DNA I (Top Curr. Chem., 234), 2004
7. Y. Cui C. M. Lieber Science 2001 291 851 853
8. R. Misiaszek C. Crean A. Joffe N. E. Geacintov V. Shafirovich J. Biol. Chem. 2004 279 32106 32115
9. K. Kawai T. Takada T. Nagai X. C. Cai A. Sugimoto M. Fujitsuka T. Majima J. Am. Chem. Soc. 2003 125 16198 16199
10. A. K. Boal E. Yavin O. A. Lukianova V. L. O'Shea S. S. David J. K. Barton Biochemistry 2005 44 8397 8407
11. F. D. Lewis M. R. Wasielewski Long-Range Charge Transfer in DNA I Top. Curr. Chem. 2004 236 45 65
12. K. A. Friedman A. Heller J. Phys. Chem. B 2001 105 11859 11865
13. A. A. Voityuk W. B. Davis J. Phys. Chem. B 2007 111 2976 2985
14. M. A. O'Neill J. K. Barton Long-Range Charge Transfer in DNA I Top. Curr. Chem. 2004 236 67 115
15. E. M. Boon A. L. Livingston N. H. Chmiel S. S. David J. K. Barton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 12543 12547
16. B. Giese J. Amaudrut A. K. Kohler M. Spormann S. Wessely Nature 2001 412 318 320
17. T. Kendrick B. Giese Chem. Commun. 2002 2016 2017
18. R. A. Marcus N. Sutin Biochim. Biophys. Acta 1985 811 265 322
19. T. Takada K. Kawai X. C. Cai A. Sugimoto M. Fujitsuka T. Majima J. Am. Chem. Soc. 2004 126 1125 1129
20. T. Takada K. Kawai M. Fujitsuka T. Majima J. Am. Chem. Soc. 2006 128 11012 11013
21. M. Roginskaya W. A. Bernhard Y. Razskazovskiy J. Phys. Chem. B 2004 108 2432 2437
22. A. A. Voityuk Chem. Phys. Lett. 2006 427 177 180
23. Z. Kutnjak C. Filipic R. Podgornik L. Nordenskiold N. Korolev Phys. Rev. Lett. 2003 90 98101
24. V. D. Lakhno V. B. Sultanov B. M. Pettitt Chem. Phys. Lett. 2004 400 47 53
25. Y. A. Berlin A. L. Burin M. A. Ratner J. Am. Chem. Soc. 2001 123 260 268
26. J. Jortner M. Bixon A. A. Voityuk N. Rosch J. Phys. Chem. A 2002 106 7599 7606
27. T. Renger R. A. Marcus J. Phys. Chem. A 2003 107 8404 8419
28. M. R. Singh J. Biomater. Sci., Polym. Ed. 2004 15 1533 1544
29. G. B. Schuster U. Landman Long-Range Charge Transfer in DNA I Top. Curr. Chem. 2004 236 139 161
30. E. M. Conwell S. M. Bloch P. M. McLaughlin D. M. Basko J. Am. Chem. Soc. 2007 129 9175 9181
31. J. Olofsson S. Larsson J. Phys. Chem. B 2001 105 10398 10406
32. V. P. Denisov G. Carlstrom K. Venu B. Halle J. Mol. Biol. 1997 268 118 136
33. D. N. LeBard M. Lilichenko D. V. Matyushov Y. A. Berlin M. A. Ratner J. Phys. Chem. B 2003 107 14509 14520
34. K. Siriwong A. A. Voityuk M. D. Newton N. Rosch J. Phys. Chem. B 2003 107 2595 2601
35. G. D. Reid D. J. Whittaker M. A. Day D. A. Turton V. Kayser J. M. Kelly G. S. Beddard J. Am. Chem. Soc. 2002 124 5518 5527
36. T. Cramer T. Steinbrecher A. Labahn T. Koslowski Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 4039 4050
37. D. A. Case, T. A. Darden, I. T. E. Cheatham, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, D. A. Pearlman, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. S. K. F. Wong, F. Paesani, X. W. S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, D. H. Mathews, C. Schafmeister, W. S. Ross and P. A. Kollman, AMBER9, University of California, San Francisco, 2006
38. A. Perez I. Marchan D. Svozil J. Sponer T. E. Cheatham C. A. Laughton M. Orozco Biophys. J. 2007 92 3817 3829
39. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
40. A. Perez F. J. Luque M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 2007 129 14739 14745
41. G. C. Shields C. A. Laughton M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 1997 119 7463 7469
42. S. T. Wlodek T. W. Clark L. R. Scott J. A. McCammon J. Am. Chem. Soc. 1997 119 9513 9522
43. T. Meyer C. Ferrer-Costa A. Perez M. Rueda A. Bidon-Chanal F. J. Luque C. A. Laughton M. Orozco J. Chem. Theory Comput. 2006 2 251 258
44. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision C.02), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
45. A. Szabo and N. S. Ostlund, Modern Quantum Chemistry, Dover, New York, 1996, pp. tables 2.3-2.4
46. H. Mehrez M. P. Anantram Phys. Rev. B: Condens. Matter 2005 71 115405
47. J. Kirkpatrick Int. J. Quantum Chem. 2008 108 51 56
48. K. Senthilkumar F. C. Grozema C. F. Guerra F. M. Bickelhaupt F. D. Lewis Y. A. Berlin M. A. Ratner L. D. A. Siebbeles J. Am. Chem. Soc. 2005 127 14894 14903
49. C. A. M. Seidel A. Schulz M. H. M. Sauer J. Phys. Chem. 1996 100 5541 5553
50. E. C. Sherer S. A. Harris R. Soliva H. Orozco C. A. Laughton J. Am. Chem. Soc. 1999 121 5981 5991
51. S. A. Harris E. Gavathiotis M. S. Searle M. Orozco C. A. Laughton J. Am. Chem. Soc. 2001 123 12658 12663
52. S. A. Harris C. A. Laughton J. Phys.: Condens. Matter 2007 19