Interaction between thymine dimer and flavin-adenine dinucleotide: A DFT and Direct Ab Initio Molecular Dynamics Study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 24, 2008, Pages 7315-7319

  Tachikawa, Hiroto ^a   Kawabata, Hiroshi ^b  

^a HOKKAIDO UNIVERSITY   (Japan)

^b KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FLOW INTERACTIONS; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM CHEMISTRY;

AB INITIO MOLECULAR DYNAMICS; ADENINE DINUCLEOTIDE;

DYNAMICS;

FLAVINE ADENINE NUCLEOTIDE; PYRIMIDINE DIMER;

ALGORITHM; ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DNA REPAIR; ELECTRICITY; ELECTRON; PHOTOCHEMISTRY;

ALGORITHMS; DNA REPAIR; ELECTRONS; ELECTROSTATICS; FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; PHOTOCHEMISTRY; PYRIMIDINE DIMERS;

EID: 49649113233     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp801564t     Document Type: Article

References (25)

1. Brueckner, F.; Hennecke, U.; Carell, T.; Cramer, P. Science 2007, 315, 859.
2. Crespo-Hernandez, C. E.; Cohen, B.; Kohler, B. Nature 2005, 436, 1141.
3. Mees, A.; Klar, T.; Gnau, P.; Hennecke, U.; Eker, A. P. M.; Carell, T.; Essen, L.-O. Science 2004, 306, 1789-1793.
4. Sancar, A. Chem. Rev. 2003, 103, 2203-2237.
5. Park, H. W.; Kim, S. T.; Sanear, A.; Deisenhofer, J. Science 1995, 268, 1866-1872.
6. Kao, Y.-T.; Saxena, C.; Wang, L.; Sancar, A.; Zhong, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 16128.
7. (a) Pezeshk, A.; Podmore, I. D.; Heelis, P. F.; Symons, M. C. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19714.
8. (b) Podmore, I. D.; Heelis, P. F.; Symons, M. C. R.; Pezeshk, A. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1994, 1005.
9. Schreier, W. J.; Schrader, T. E.; Koller, F. O.; Gilch, P.; Crespo-Hernandez, C. E.; Swaminathan, V. N.; Carell, T.; Zinth, W.; Kohler, B. Science 2007, 315, 625.
10. Durbeej, B.; Eriksson, L. A. J. Photochem. Photobiol., A 2002, 152, 95.
11. Boggio-Pasqua, M.; Groenhof, G.; Schaefer, L. V.; Grubmuller, H.; Robb, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10996-10997.
12. Burdi, D.; Begley, T. P. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7768.
13. Diogo, H. P.; Dias, A. R.; Dhalla, A.; Minas da Piedade, M. E.; Begley, T. P. J. Org. Chem. 1991, 56, 7340.
14. Austin, R.; McMordie, S.; Begley, T. P. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 1886.
15. (a) Aida, M.; Inoue, F.; Kaneko, M.; Dupuis, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12274.
16. (b) Aida, M.; Kaneko, M.; Dupuis, M. Int. J. Quantum Chem. 1996, 57, 949.
17. Durbeej, B.; Eriksson, L. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10126.
18. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich,S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.04; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
19. Tachikawa, H.; Abe, S. J. Chem. Phys. 2007, 126, 194310.
20. Tachikawa, H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 144307.
21. Tachikawa, H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 133119.
22. Tachikawa, H. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 153.
23. Tachikawa, H. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 7853.
24. Tachikawa, H.; Igarashi, M.; Ishibashi, T. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 7505.
25. Borg, O. A.; Eriksson, L. A.; Durbeej, B. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2351.