Highly efficient method for constructing a Single-stranded comb-like oligonucleotide via reversible photocrosslinking

Bulletin of the Chemical Society of Japan

Volumn 80, Issue 11, 2007, Pages 2124-2130

  Ogasawara, Shinzi ^a   Yoshimura, Yoshinaga ^a   Hayashi, Masayuki ^b   Saito, Isao ^c   Fujimoto, Kenzo ^a  

^a JAPAN ADVANCED INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Japan)

^b KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

^c NIHON UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BUILDING BLOCKS; DEOXYURIDINE; DNA COMPUTERS; DNA DEVICES; HIGHLY EFFICIENT; PHOTOCROSSLINKING; SCALE STRUCTURES; TWO TYPES;

DENDRIMERS; DNA; GENES; NANOTECHNOLOGY; OLIGONUCLEOTIDES; ORGANIC ACIDS; SYNTHESIS (CHEMICAL); THERMODYNAMIC STABILITY; THERMODYNAMICS;

NUCLEIC ACIDS;

EID: 48749106474     PISSN: 00092673     EISSN: 13480634     Source Type: Journal    
DOI: 10.1246/bcsj.80.2124     Document Type: Article

References (53)

1. a) N. C. Seeman, Biochemistry 2003, 42, 7259.
2. b) S. Liao, N. C. Seeman, Science 2004, 306, 2072.
3. c) Y. Yan, X. Zhang, Z. Shen, N. C. Seeman, Nature 2002, 415, 62.
4. d) C. Mao, W. Sun, Z. Shen, N. C. Seeman, Nature 1999, 397, 144.
5. e) Y. Zhang, N. C. Seeman, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1661.
6. a) M. L. Collins, B. Irvine, D. Tyner, E. Fine, C. Zayati, C. Chang, T. Horn, D. Ahle, J. Detmer, L. P. Shen, J. Kolberg, S. Bushnell, M. S. Urdea, D. D. Ho, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 2979.
7. b) M. S. Urdea, Biotechnology 1994, 12, 926.
8. a) P. Sa-Ardyen, N. Jonoska, N. C. Seeman, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6648.
9. b) S. Ogasawara, K. Fujimoto, Chem. Lett. 2005, 34, 378.
10. a) M. Endo, N. C. Seeman, T. Majima, Angew. Chem. 2005, 117, 6228.
11. b) Y. Ke, Y. Liu, J. Zhang, H. Yan, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4414.
12. c) U. Feldkamp, C. M. Niemeyer, Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 1856.
13. d) R. P. Goodman, I. A. T. Schaap, C. F. Tardin, C. M. Efben, R. M. Berry, C. F. Schmidt, A. J. Turberfield, Science 2005, 310, 1661.
14. e) W. M. Shih, J. D. Quispe, G. F. Joyce, Nature 2004, 427, 618.
15. f) D. Mitra, N. D. Cesare, H. F. Sleiman, Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 5804.
16. g) M. Scheffler, A. Dorenbeck, S. Jordan, M. Wustefeld, G. Kiedrowski, Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 3311.
17. F. Nakamura, E. Ito, Y. Sakao, N. Ueno, I. N. Gatuna, F. S. Ohuchi, M. Hara, Nano Lett. 2003, 3, 1083.
18. H. A. Becerril, R. M. Stoltenberg, D. R. Wheeler, R. C. Davis, J. N. Harb, A. T. Woolley, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2828.
19. a) S. H. Park, R. Barish, H. Li, J. H. Reif, G. Finkelstein, H. Yan, T. H. LaBean, Nana Lett. 2005, 5, 693.
20. b) H. Yan, S. H. Park, G. Finkelstein, J. H. Reif, T. H. LaBean, Science 2003, 301, 1882.
21. c) H. Yan, T. H. LaBean, L. Feng, J. H. Reif, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8103.
22. d) T. H. LaBean, H. Yan, J. Kopatsch, F. Liu, E. Winfree, J. H. Reif, N. C. Seeman, J. Am. Chem. Soc. 2000, 722, 1848.
23. e) C. Mao, W. Sun, N. C. Seeman, J. Am. Chem, Soc. 1999, 121, 5437.
24. f) E. Winfree, F. Liu, L. A. Wenzler, N. C. Seeman, Nature 1998, 394, 539.
25. a) Y. Li, Y. D. Tseng, S. Y. Kwon, L. D'espaux, J. S. Bunch, P. L. Mceuen, D. Lou, Nature Mater. 2004, 3, 38.
26. b) M. S. Shchepinov, K. U. Mir, J. K. Elder, M. D. Frank, M. S. Southern, Nucleic Acids Res. 1999, 27, 3035.
27. c) M. Echeffler, A. Dorenbeck, S. Jordan M. Wustefeld, G. Kiedrowski, Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 3311.
28. d) J. Wang, M. Jiang, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8281.
29. e) J. Wang, G. Rivas, J. R. Fernandes, M. Jian, J. L. L. Paz, R. Waymire, T. W. Nielsen, R. C. Getts, Electroanalysis 1998, 10, 553.
30. f) J. Shi, D. E. Bergstrom, Angew. Chem., Int. Ed. 1997, 36, 111.
31. g) M. S. Shchepinov, I. A. Udalova, A. J. Bridgman, E. M. Southern, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4447.
32. a) R. Chhabra, J. Sharma, Y. Liu, H. Yan, Nano Lett. 2006, 5, 978.
33. b) J. S. Shin, N. Pierce, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10834.
34. c) P. Yin, H. Yan, X. G. Daniell, A. J. Turberfield, J. H. Reif, Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 4906.
35. d) J. H. Reif, Lect. Notes Comput. Sci. 2003, 2568, 22.
36. a) J. Qi, X. Li, X. Yang, N. C. Seeman, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6121.
37. b) X. Yang, A. V. Vologodskii, B. Liu, B. Kemper, N. C Seeman, Biopolymers 1998, 45, 69.
38. c) P. Tosch, C. Walti, A. P. J. Middelberg, A. G. Davies, Biomacromolecules 2006, 7, 677.
39. a) T. Kuroda, Y. Sakurai, Y. Suzuki, A. O. Nakamura, M. Kuwahara, H. Ozaki, H. Sawai, Chem. Asian J. 2006, 1, 575.
40. b) T. Horn, C. Chang, M. S. Urdea, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4835.
41. a) M. M. Rozenman, D. R. Liu, ChemBioChem 2006, 7, 253.
42. b) X. Li, D. R. Liu, Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 4848.
43. a) Y. Yoshimura, D. Okamoto, M. Ogino, K. Fujimoto, Org. Lett. 2006, 8, 5049.
44. b) M. Ogino, Y. Yoshimura, A. Nakazawa, I. Saito, K. Fujimoto, Org. Lett. 2005, 7, 2853.
45. c) K. Fujimoto, N. Ogawa, M. Hayashi, S. Matsuda, I. Saito, Tetrahedron Lett. 2000, 41, 9437.
46. d) K. Fujimoto, S. Matsuda, N. Takahashi, I. Saito, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5646.
47. a) M. Ogino, K. Fujimoto, Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 7223.
48. b) S. Ogasawara, K. Fujimoto, ChemBioChem 2005, 6, 1756.
49. c) K. Fujimoto, Y. Yoshimura, T. Ikemoto, A. Nakazawa, M. Hayashi, I. Saito, Chem. Commun. 2005, 3177.
50. d) K. Fujimoto, S. Matsuda, N. Ogawa, M. Hayashi, I. Saito, Tetrahedron Lett. 2000, 41, 6451.
51. a) S. Ogasawara, K. Fujimoto, Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 4512.
52. b) Y. Yoshimura, Y. Noguchi, H. Sato, K. Fujimoto, ChemBioChem 2006, 7, 598.
53. M. Tagawa, K. Shohda, K. Fujimoto, A. Suyama, Proceedings of NanoBio-Tokyo, 2006, p. 383.