Solvation free energies of molecules. The most stable anionic tautomers of uracil

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 10, Issue 30, 2008, Pages 4442-4448

  Haranczyk, Maciej ^a,b   Gutowski, Maciej ^b,c   Warshel, Arieh ^a  

^a UNIVERSITY OF SOUTHERN CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

^c HERIOT WATT UNIVERSITY   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 47949129012     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b802300j     Document Type: Article

References (47)

1. B. Boudaïffa, P. Cloutier, D. Hunting, M. A. Huels, L. Sanche Science, 2000, 287, 1658-1660
2. Z. Cai, M. D. Sevilla J. Phys. Chem. B, 2000, 104, 6942-6949
3. A. Messer, K. Carpenter, K. Forzley, J. Buchanan, S. Yang, Y. Razskazovskii, Z. Cai, M. D. Sevilla J. Phys. Chem. B, 2000, 104, 1128-1136
4. Z. Cai, Z. Gu, M. D. Sevilla J. Phys. Chem. B, 2000, 104, 10406-10411
5. Y. A. Berlin, A. L. Burin, M. A. Ratner J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 260-268. and references cited therein
6. M. Bixo, J. Jortner J. Phys. Chem. A, 2001, 105, 10322-10328. and references cited therein
7. C. A. M. Seidel, A. Schulz, M. H. M. Sauer J. Phys. Chem., 1996, 100, 5541-5553
8. K. Aflatooni, G. A. Gallup, P. D. Burrow J. Phys. Chem. A, 1998, 102, 6205-6207
9. V. Periquet, A. Moreau, S. Carles, J. P. Schermann, C. Desfrançois J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom., 2000, 106, 141-151
10. X. Li, Z. Cai, M. D. Sevilla J. Phys. Chem. A, 2002, 106, 1596-1603
11. S. S. Wesolowski, M. L. Leininger, P. N. Pentchew, H. F. Schaefer III J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 4023-4028
12. O. Dolgounitcheva, V. G. Zakrzewski, J. V. Ortiz J. Phys. Chem. A, 2001, 105, 8782-8786
13. S. Tonzani, C. H. Greene J. Chem. Phys., 2006, 124, 054312.
14. S. Ptasińska, S. Denifl, B. Mróz, M. Probst, V. Grill, E. Illenberger, P. Scheier, T. D. Märk J. Chem. Phys., 2005, 124, 124302.
15. H. Abdoul-Carime, S. Gohlke, E. Illenberger Phys. Rev. Lett., 2004, 92, 168103.
16. V. V. Zakjevskii, S. J. King, O. Dolgounitcheva, V. G. Zakrzewski, J. V. Ortiz J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 13350-13351
17. J. H. Hendricks, S. A. Lyapustina, H. L. de Clercq, T. J. Snodgrass, K. H. Bowen J. Chem. Phys., 1996, 104, 7788-7791
18. R. A. Bachorz, J. Rak, M. Gutowski Phys. Chem. Chem. Phys., 2005, 7, 2116-2125
19. K. Mazurkiewicz, R. A. Bachorz, M. Gutowski, J. Rak J. Phys. Chem. B, 2006, 110, 24696-24707
20. M. Haranczyk, J. Rak, M. Gutowski J. Phys. Chem. A, 2005, 109, 11495-11503
21. M. Haranczyk, M. Gutowski Angew. Chem., Int. Ed., 2005, 44, 6585-6588
22. M. Haranczyk, M. Gutowski, X. Li, K. H. Bowen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2007, 104, 4804-4807
23. M. Haranczyk, M. Gutowski J. Chem. Inf. Model., 2007, 47, 686-694
24. M. Haranczyk, J. Holliday, P. Willett, M. Gutowski J. Comput. Chem., 2008, 29, 1277-1291
25. R. A. Bachorz, W. Klopper, M. Gutowski J. Chem. Phys., 2007, 126, 085101.
26. R. A. Bachorz, W. Klopper, M. Gutowski, X. Li, K. H. Bowen J. Chem. Phys., accepted
27. X. Li, K. H. Bowen M. Haranczyk, R. A. Bachorz, K. Mazurkiewicz, J. Rak, M. Gutowski J. Chem. Phys., 2007, 127, 174309.
28. J. Tomasi, B. Mennucci, R. Cammi Chem. Rev., 2005, 105, 2999-3093
29. E. Rosta, M. Haranczyk, Z. T. Chu, A. Warshel J. Phys. Chem. B, 2008, 112, 5680-5692
30. R. A. Kendall, T. H. Dunning, Jr, R. J. Harrison J. Chem. Phys., 1992, 96, 7696-6806
31. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision C.02), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
32. A. Warshel J. Phys. Chem., 1982, 86, 2218-2224
33. A. Warshel, Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley & Sons, New York, 1991
34. A. Warshel, F. Sussman, G. King Biochemistry, 1986, 25, 8368-8372
35. R. W. Zwanzig J. Chem. Phys., 1954, 22, 1420.
36. J. P. Valleau, and G. M. Torrie, Modern Theoretical Chemistry, ed. B. Beme, Plenum Press, New York, 1977, vol. 5
37. F. S. Lee, Z. T. Chu, M. B. Bolger, A. Warshel Protein Eng., 1992, 5, 215-228
38. J. Florián, A. Warshel J. Phys. Chem. B, 1997, 101, 5583-5595
39. V. Luzhkov, A. Warshel J. Comput. Chem., 1992, 13, 199-213
40. A. Warshel, and Z. T. Chu, Calculations of Solvation Free Energies in Chemistry and Biology, in ACS Symposium Series: Structure and Reactivity in Aqueous Solution: Characterization of Chemical and Biological Systems, ed. C. J. Cramer and D. G. Truhlar, American Chemical Society, Washington, D. C., 1994
41. M. L. Sanchez, M. E. Martin, I. F. Galvan, F. J. O. del Valle, M. A. Aguilar J. Phys. Chem. B, 2002, 106, 4813-4817
42. F. S. Lee, Z. T. Chu, A. Warshel J. Comput. Chem., 1993, 14, 161-185
43. A. Warshel, S. T. Russel Q. Rev. Biophys., 1984, 17, 283-422
44. G. King, A. Warshel J. Chem. Phys., 1989, 91, 3647-3661
45. F. S. Lee, A. Warshel J. Chem. Phys., 1992, 97, 3100-3107
46. B. H. Besler, K. M. Merz, P. A. Kollman J. Comput. Chem., 1990, 11, 431-439
47. M. D. Sevilla, and D. Becker, in Electron Spin Resonance, ed. B. C. Gilbert, N. M. Atherton and M. J. Davies, Royal Society of Chemistry, Cambridge, 1994, vol. 14, ch. 5 and references therein