Development of glycyl radical parameters for the OPLS-AA/L force field

Journal of Computational Chemistry

Volumn 29, Issue 12, 2008, Pages 1999-2009

  Komáromi, István ^a   Owen, Michael C ^b   Murphy, Richard F ^b   Lovas, Sándor ^b  

^a UNIVERSITY OF DEBRECEN   (Hungary)

^b CREIGHTON UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

Force field; OPLS AA; Parametrization; Peptides; Proteins; Radicals

Indexed keywords

FORCE FIELD (FF); QUANTUM CHEMICAL (QC) CALCULATIONS;

QUANTUM CHEMISTRY;

FREE RADICAL; GLYCINE;

ARTICLE; CHEMISTRY; QUANTUM THEORY; THEORETICAL MODEL;

FREE RADICALS; GLYCINE; MODELS, THEORETICAL; QUANTUM THEORY;

EID: 47549104077     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20962     Document Type: Article

References (39)

1. Himo, F. Chem Phys Lett 2002, 328, 270.
2. Unkrig, V.; Neugebauer, F. A.; Knappe, J. Eur J Biochem 1989, 184, 723.
3. Parast, C. V.; Wong, K. K.; Lewisch, S. A.; Kozarich, J. W. Biochemistry 1995, 34, 2393.
4. Mulliez, E.; Fontecave, M.; Gaillard, J.; Reichard, P. J Biol Chem 1993, 268, 2296.
5. Stadtman, E. R. Science 1992, 257, 1220.
6. Perez-Campo, R.; López-Torres, M.; Cadenas, S.; Rojas, C.; Barja, G. J Comp Phys B 1998, 168, 149.
7. Hensley, K.; Hall, N.; Subramaniam, R.; Cole, P.; Harris, M.; Aksenov, M.; Aksenova, M.; Gabbita, P.; Wu, J. F.; Carney, J. M.; Lovell, M.; Markesbery, W. R.; Butterfield, D. A. J Neurochem 1995, 65, 2146.
8. Smith, C. D.; Carney, J. M.; Starke-Reed, P. E.; Oliver, C. N.; Stadtman, E. R.; Floyd, R. A.; Markesbury, W. R. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 10540.
9. Brunelle, P.; Rauk, A. J Alz Dis 2002, 4, 283.
10. Owen, M. C.; Komaromi, I.; Murphy, R. F.; Lovas, S. J Mol Struct (THEOCHEM) 2006, 759, 117.
11. Weiner, P. K.; Kollman, P. A. J Comp Chem 1981, 2, 287.
12. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comp Chem 1983, 4, 187.
13. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J Am Chem Soc 1996, 118, 11225.
14. Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Comp Chem, 1995, 16, 984.
15. Kaminski, G.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives J.; Jorgensen, W. L. J Phys Chem B 2001, 105, 6474.
16. Leach, A. L. Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd ed.; Prentice Hall: New York; 2001.
17. Hwang, M. J.; Stockfish, T. P.; Hagler, A. T. J Am Chem Soc 1994, 116, 2515.
18. Hagler, A. T.; Ewig, C. S. Comp Phys Comm 1994, 84, 131.
19. Halgren, T. A. J Comp Chem 1996, 17, 490.
20. Lifson, S.; Warshel, A. J Chem Phys 1968, 49, 5116.
21. Hagler, A. T.; Huler, E.; Lifson, S. J Am Chem Soc 1974, 96, 5319.
22. Hagler, A. T.; Lifson, S. J Am Chem Soc 1974, 96, 5327.
23. Maple, J. R.; Dinur, U.; Hagler, A. T. Proc Natl Acad Sci USA 1988, 85, 5350.
24. Tronchet, J. M. J.; Komáromi, I. Int J Biol Macromol 1993, 15, 69.
25. Komáromi, I.; Tronchet, J. M. J. J Mol Struct (THEOCHEM) 1997, 395, 15.
26. Ferré, N.; Cembran, A.; Garavelli, M.; Olivucci, M. Theor Chem Ace 2004, 112, 335.
27. Carbonnaire, P.; Begue, D.; Dargelos, A.; Pouchan, C. Chem Phys 2004, 300, 41.
28. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J Phys Chem B 1998, 102, 3586.
29. Foloppe, N.; MacKerell, A. D., Jr. J Comp Chem 2000, 21, 86.
30. Barone, V.; Capecchi, G.; Brunel, Y.; DheuAndriés, M. -L.; Subra, R. J Comp Chem 1997, 18, 1720.
31. Jaguar 5.5, Schrödinger, L. L. C.; Portland, OR, 1991-2003.
32. Gaussian 03, Revision C. 02, Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, K.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004.
33. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J Phys Chem 1993, 97, 10269.
34. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1993, 115, 9620.
35. Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C.; Kollman, P. A. J Comp Chem 1995, 16, 1357.
36. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8, University of California, San Francisco, 2004.
37. Ponder, J. W.: TINKER Software Tools for Molecular Design Version 4.2 June 2004 Biochemistry and Molecular Biophysics Washington University School of Medicine (http://dasher.wustl.edu/tinker/).
38. (a) Flükiger, P.; Lüthi, H. P.; Portmann, S.; Weber, J. MOLEKEL 5.2. Swiss Center for Scientific Computing, Manno (Switzerland), 2000-2002;
39. (b) Portmann, S.; Lüthi, H. P. MOLEKEL: An Interactive Molecular Graphics Tool. CHIMIA (2000) 54, 766.