Influence of threose nucleoside units on the catalytic activity of a hammerhead ribozyme

Chemistry and Biodiversity

Volumn 1, Issue 1, 2004, Pages 112-123

  Kempeneers, Veerle ^a   Froeyen, Mattheus ^a   Vastmans, Karen ^a   Herdewijn, Piet ^a  

^a REGA INSTITUTE FOR MEDICAL RESEARCH   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ERYTHROSE; HAMMERHEAD RIBOZYME; NUCLEOSIDE; RIBOZYME; TETROSE;

ARTICLE; CATALYSIS; CHEMISTRY; COMPARATIVE STUDY; METABOLISM; PHYSIOLOGY; TIME;

CATALYSIS; NUCLEOSIDES; RNA, CATALYTIC; TETROSES; TIME FACTORS;

EID: 4744342022     PISSN: 16121872     EISSN: 16121880     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbdv.200490002     Document Type: Article

References (32)

1. A. Eschenmoser, Orig Life Evol Biosph. 1997, 27, 535.
2. K.-U. Schöning, P. Scholz, S. Guntha, X. Wu, R. Krischnamurthy, A. Eschenmoser, Science 2000, 290, 1347.
3. A. Eschenmoser, Science 1999, 284, 2118.
4. G. F. Joyce, Nature 2002, 418, 214.
5. T. R. Cech, A. J. Zaug, P. J. Grabowski, Cell 1981, 27, 487.
6. H. W. Pley, K. M. Flaherty, D. B. McKay, Nature 1994, 372, 68.
7. D. E. Ruffner, G. D. Stormo, O. C. Uhlenbeck, Biochemistry 1990, 29, 10695.
8. K. J. Hertel, A. Pardi, O. C. Uhlenbeck, M. Koizumi, E. Ohtsuka, S. Uesugi, R. Cedergren, F. Eckstein, W. L. Gerlach, R. Hodgson, Nucleic Acids Res. 1992, 20, 3252.
9. G. J. Quigley, A. Rich, Science 1976, 194, 796.
10. W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Cell 1995, 81, 991.
11. C. Hendrix, J. Anne, B. Joris, A. Van Aerschot, P. Herdewijn, Biochem. J. 1996, 314, 655.
12. W. G. Scott, J. B. Murray, J. R. P. Arnold, B. L. Stoddard, A. Klug, Science, 1996, 274, 2065.
13. E. Lescrinier, R. Esnouf, J. Schraml, R. Busson, H. A. Heus, C. W. Hilbers, P. Herdewijn, Chem. Biol. 2000, 7, 719.
14. W. G. Scott, Q. Rev. Biophys. 1999, 32, 241.
15. K. F. Blount, N. L. Grover, V. Mokler, L. Beigelman, O. C. Uhlenbeck, Chem. Biol., 2002, 9, 1009.
16. H. Tanaka, T. Endo, H. Hosaka, K. Takai, S. Yokoyama, H. Takaku, Bioorg. Med. Chem. Lett 1994, 4, 2857.
17. M.-J. Pérez-Pérez, E. De Clercq, P. Herdewijn, Bioorg. Med. Chem. Lett. 1996, 6, 1457.
18. C. Hendrix, H. Rosemeyer, I. Verheggen, F. Seela, A. Van Aerschot, P. Herdewijn, Chem.-Eur. J. 1997, 3, 110.
19. J. B. Murray, H. Szoke, A. Szoke, W. G. Scott, Mol. Cell. 2000, 5, 279.
20. J. B. Murray, C. M. Dunham, W. G. Scott, J. Mol. Biol. 2002, 315, 121.
21. P. J. Kraulis, J. Appl. Cryst., 1991, 24, 946.
22. X. Wu, S. Guntha, M. Ferencic, R. Krishnamurthy, A. Eschenmoser, Org. Lett., 2002, 4, 1279.
23. I. Verheggen, A. Van Aerschot, L. Van Meervelt, J. Rozenski, L. Wiebe, R. Snoeck, G. Andrei, J. Balzarini, P. Claes, E. De Clerq, P. Herdewijn, J. Med. Chem. 1995, 38, 826.
24. B. De Bouvere, L. Kerremans, J. Rozenski, G. Janssen, A. Van Aerschot, P. Claes, R. Busson, P. Herdewijn, Liebigs Ann. Chem. 1997, 1453.
25. K. J. Hertel, D. Herschlag, O. C. Uhlenbeck, EMBO J. 1996, 15, 3751.
26. C. J. Wilds, Z. Wawrzak, R. Krishnamurthy, A. Eschenmoser, M. Egli, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 13716.
27. M. W. Schmidt, K. K. Baldridge, J. A. Boatz, S. T. Elbert, M. S. Gordon, J. H. Jensen, S. Koseki, N. Matsunaga, K. A. Nguyen, S. Su, T. L. Windus, M. Dupuis, J. A. Montgomery Jr., J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347.
28. P. Cieplak, W. D. Cornell, C. I. Bayly, P. A. Kollman, J. Comput. Chem. 1995, 16, 1357.
29. H. De Winter, E. Lescrinier, A. Van Aerschot, P. Herdewijn, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5381.
30. J. Wang, P. Cieplak, P. A. Kollman, J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
31. D. J. Heisterberg, The Ohio Supercomputer Center Columbus, Ohio 43212, Quatfit program in CCL software archives.
32. D. A. Case, D. A. Pearlman, J. W. Caldwell, T. E. Cheatham III, J. Wang, W. S. Ross, C. Simmerling, T. Darden, K. M. Merz, R. V. Stanton, A. Cheng, J. J. Vincent, Crowley, M. V. Tsui, H. Gohlke, R. Radmer, Y. Duan, J. Pitera, I. Massova, G. L. Seibel, U. C. Singh, P. Weiner, P. A. Kollman, Assisted Model Building with Energy Refinement (AMBER), University of California, USA.