Electrochemical stripping techniques in analysis of nucleic acids and their constituents

Current Analytical Chemistry

Volumn 4, Issue 3, 2008, Pages 250-262

  Fojta, Miroslav ^a   Jelen, František ^a   Havran, Luděk ^a   Paleček, Emil ^a  

^a INSTITUTE OF BIOPHYSICS   (Czech Republic)

Author keywords

DNA; DNA damage; DNA hybridization; Electrochemistry; Nucleic acids; Nucleic acids modified electrodes; Nucleobases; Nucleosides; Nucleotides; Oligonucleotides; Peptide nucleic acid; RNA; Stripping

Indexed keywords

COPPER COMPOUNDS; DAMAGE DETECTION; ELECTROCHEMICAL ELECTRODES; ELECTROLYTES; MERCURY AMALGAMS; OLIGONUCLEOTIDES; STRIPPING VOLTAMMETRY;

ACID-MODIFIED ELECTRODES; ADSORPTIVE TRANSFER STRIPPING; DNA DAMAGES; DNA HYBRIDIZATION; ELECTRODE SURFACES; NUCLEIC ACID-MODIFIED ELECTRODE; NUCLEOBASES; NUCLEOSIDE; PEPTIDE NUCLEIC ACID; STRIPPING;

DNA;

EID: 47049101573     PISSN: 15734110     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/157341108784911415     Document Type: Review

References (148)

1. Palecek, E. Naturwiss, 1958, 45, 186.
2. Palecek, E. Nature, 1960, 188, 656.
3. Palecek, E.; Vetterl, V. Biopolymers, 1968, 6, 917.
4. Heyrovsky, J. Chem. Listy, 1941, 35, 155.
5. Kalvoda, R. Electroanalysis, 2000, 12, 1207.
6. Sevcik, F.; Metzl, K. Chem. Zvesti, 1964, 18, 458.
7. Palecek, E. Biochim. Biophys. Acta, 1965, 94, 293.
8. Palecek, E. J. Mol. Biol., 1966, 20, 263.
9. Palecek, E. In Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology, J. N. Davidson, W. E. Cohn Eds.; Academic Press, New York 1969; p. 31.
10. Palecek, E. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol., 1976, 18, 151.
11. Palecek, E. In Topics Bioelectrochem. Bioenerg., G. Milazzo Ed., London 1983; p. 65.
12. Palecek, E. Electroanalysis, 1996, 8, 7.
13. Palecek, E.; Fojta, M.; Jelen, F.; Vetterl, V. In The Encyclopedia of Electrochemistry, A. J. Bard, M. Stratsmann Eds.; Wiley-VCH, Weinheim 2002; p. 365.
14. Palecek, E.; Jelen, F. In Electrochemistry of nucleic acids and proteins. Towards electrochemical sensors for genomics and proteomics., E. Palecek, F. Scheller, J. Wang Eds.; Elsevier, Amsterdam 2005; p. 74.
15. Brabec, V. Bioelectrochem. Bioenerg., 1981, 8, 437.
16. Brabec, V.; Dryhurst, G. J. Electroanal. Chem., 1978, 91, 219.
17. Kalvoda, R. Anal. Chim. Acta, 1982, 138, 11.
18. Boublíkova, P.; Jelen, F.; Palecek, E. Stud. Biophys., 1986, 114, 83.
19. Jelen, F.; Palecek, E. Biophys. Chem., 1986, 24, 285.
20. Krznaric, D.; Cosovic, B. Anal. Biochem., 1986, 156, 454.
21. Palecek, E. Bioelectrochem. Bioenerg., 1986, 15, 275.
22. Palecek, E.; Jelen, F.; Trnkova, L. Gen. Physiol. Biophys., 1986, 5, 315.
23. Boublikova, P.; Vojtiskova, M.; Palecek, E. Anal. Lett., 1987, 20, 275.
24. Palecek, E. Anal. Biochem., 1980, 108, 129.
25. Manousek, O.; Zuman, P. Chem. Listy, 1955, 49, 668.
26. Revenda, J. Collect. Czech. Chem. Commun., 1934, 6, 453.
27. Heyrovsky, J.; Kuta, J. Principles of Polarogarphy, Czechoslovak Academy of Sciences, Prague 1965.
28. Palecek, E.; Jelen, F.; Manousek, O. Collect. Czech. Chem. Commun., 1980, 45, 3460.
29. Palecek, E. Anal. Lett., 1980, 13, 331.
30. Brainina, K. Talanta, 1971, 5, 513.
31. Brainina, K. Z. Fres. J. Anal. Chem., 1982, 312, 428.
32. Vydra, F.; Stulik, K.; Julakova, E. Electrochemical Stripping Analysis, Wiley, New York 1973.
33. Wang, J. Stripping analysis. Principles, instrumentation and applications, VCH Publisher, Derfield Beech, Florida 1985.
34. Florence, T. M. J. Electroanal. Chem., 1978, 97, 237.
35. Ordieres, A. J. M.; Gutierrez, M. J. G.; Garcia, A. C.; Blanco, P. T.; Smyth, W. F. Analyst, 1987, 112, 243.
36. Salamone, S. J.; Courtney, J.; Harney, R.; Li, Y.; Lundel, G.; Stocker, D.; Gamelin, E.; Boisdron, M. Clin. Chem., 2007, 53, A97.
37. Palecek, E.; Jelen, F.; Hung, M. A.; Lasovsky, J. Bioelectrochem. Bioenerg., 1981, 8, 621.
38. Wang, J.; Lin, M. S.; Villa, V. Analyst, 1987, 112, 247.
39. Bouzid, B.; Mac Donald, A. M. G. Anal. Chim. Acta, 1988, 211, 175.
40. Yan, J.; Zhu, C.; Pu, G. Bioelectrochem. Bioenerg., 1993, 29, 347.
41. Khodari, M.; Ghandour, M.; Taha, A. M. Talanta, 1997, 44, 305.
42. Palecek, E. Anal. Chim. Acta, 1985, 174, 103.
43. Palecek, E.; Osteryoung, J.; Osteryoung, R. A. Anal. Chem., 1982, 54, 1389.
44. Palecek, E.; Postbieglova, I. J. Electroanal. Chem., 1986, 214, 359.
45. Palecek, E.; Jelen, F.; Postbieglova, I. Stud. Biophys., 1989, 130, 51.
46. Jelen, F.; Hason, S.; Trnkova, L. In Utilizing of Bio-Electrochemical and Mathematical Methods in Biological Research, V. Adam, R. Kizek Eds.; Research Signpost, Kerala, India 2007; p. 153.
47. Bilewicz, R.; Glodowski, S.; Kublik, Z. J. Electroanal. Chem., 1989, 274, 201.
48. Glodowski, S.; Bilewicz, R.; Kublik, Z. Anal. Chim. Acta, 1987, 201, 11.
49. Wang, J.; Kawde, A. B. Analyst, 2002, 127, 383.
50. Hason, S.; Vetterl, V. Anal. Chem., 2006, 78, 5179.
51. dosSantos, M. M. C.; Lopes, C. M. L. F.; Goncalves, M. L. S. Bioelectrochem. Bioenerg., 1996, 39, 55.
52. Hason, S.; Jelen, F.; Fojt, L.; Vetterl, V. J. Electroanal. Chem., 2005, 577, 263.
53. Hason, S.; Vetterl, V. Talanta, 2006, 69, 572.
54. Jelen, F.; Kourilova, A.; Pecinka, P.; Palecek, E. Bioelectrochemistry, 2004, 63, 249.
55. Jelen, F.; Yosypchuk, B.; Kourilova, A.; Novotny, L.; Palecek, E. Anal. Chem., 2002, 74, 4788.
56. Shiraishi, H.; Takahashi, R. Bioelectrochem. Bioenerg., 1993, 31, 203.
57. Farias, P. A. M.; Wagener, A. D.; Castro, A. A. Talanta, 2001, 55, 281.
58. Farias, P. A. M.; Wagener, A. D. R.; Castro, A. A. Anal. Lett., 2001, 34, 2125.
59. Farias, P. A. M.; Wagener, A. D. R.; Bastos, M. B. R.; da Silva, A. T.; Castro, A. A. Talanta, 2003, 61, 829.
60. Palecek, E.; Fojta, M.; Jelen, F. Bioelectrochemistry, 2002, 56, 85.
61. Fadrna, R.; Yosypchuk, B.; Fojta, M.; Navrátil, T.; Novotny, L. Anal. Lett., 2004, 37, 399.
62. Trnkova, L.; Studnickova, M.; Palecek, E. Bioelectrochem. Bioenerg., 1980, 7, 644.
63. Berg, H.; Tresselt, D.; Flemming, J.; Bar, H.; Horn, G. J. Electroanal. Chem., 1969, 21, 181.
64. Palecek, E.; Hung, M. A. Anal. Biochem., 1983, 132, 236.
65. Wang, J.; Cai, X.; Wang, J. Y.; Jonsson, C.; Palecek, E. Anal. Chem., 1995, 67, 4065.
66. Cai, X.; Rivas, G.; Farias, P. A. M.; Shiraishi, H.; Wang, J.; Fojta, M.; Palecek, E. Bioelectrochem. Bioenerg., 1996, 401, 41
67. Palecek, E.; Jelen, F.; Teijeiro, C.; Fucik, V.; Jovin, T. M. Anal. Chim. Acta, 1993, 273, 175.
68. Kuznetsov, B. A.; Mestechkina, N. M.; Shumakovich, G. P. Bioelectrochem. Bioenerg., 1977, 4, 1.
69. Wang, J.; Freiha, B. A. Anal. Chim. Acta, 1983, 148, 79.
70. Teijeiro, C.; Nejedly, K.; Palecek, E. J. Biomol. Struct. Dyn., 1993, 11, 313.
71. Fojta, M.; Palecek, E. Anal. Chim. Acta, 1997, 342, 1.
72. Fojta, M.; Bowater, R. P.; Stankova, V.; Havran, L.; Lilley, D. M. J.; Palecek, E. Biochemistry, 1998, 37, 4853
73. Fojta, M.; Teijeiro, C.; Palecek, E. Bioelectrochem. Bioeneg., 1994, 34, 69.
74. Palecek, E.; Fojta, M. Anal. Chem., 1994, 66, 1566.
75. Palecek, E.; Fojta, M. Anal. Chem., 2001, 73, 74A.
76. Erdem, A.; Ozsoz, M. Electroanalysis, 2002, 14, 965.
77. Fojta, M. Electroanalysis, 2002, 14, 1449.
78. Gooding, J. J. Electroanalysis, 2002, 14, 1149.
79. Popovich, N. D.; Thorp, H. H. Interface, 2002, 11, 30.
80. Tarlov, M. J.; Steel, A. B. In Biomolecular Films. Design, Function, and Applications., J. F. Rusling Ed.; Marcel Dekker, New York 2003; p. 545.
81. Palecek, E.; Fojta, M. In Bioelectronics, I. Wilner, E. Katz Eds.; Wiley VCH, Weinheim 2005; p. 127.
82. Wang, J. In Electrochemistry of nucleic acids and proteins. Towards electrochemical sensors for genomics and proteomics, Palecek, E., Scheller, F., Wang, J. Eds.; Elsevier, Amsterdam 2005, p. 369.
83. Labuda, J.; Fojta, M.; Jelen, F.; Palecek, E. In Encyclopedia of Sensors, C. A. Grimes, E. C. Dickey, M. V. Pishko Eds.; American Scientific Publishers, Stevenson Ranch, CA, USA 2006; p. 201.
84. Palecek, E.; Fojta, M. Talanta, 2007, 74, 276.
85. Kubicarova, T.; Fojta, M.; Vidic, J.; Havran, L.; Palecek, E. Electroanalysis, 2000, 12, 1422.
86. Kubicarova, T.; Fojta, M.; Vidic, J.; Suznjevic, D.; Tomschik, M.; Palecek, E. Electroanalysis, 2000, 12, 1390.
87. Kostecka, P.; Havran, L.; Pivonkova, H.; Fojta, M. Bioelectrochemistry, 2004, 63, 245.
88. Kucharikova, K.; Novotny, L.; Yosypchuk, B.; Fojta, M. Electroanalysis, 2004, 16, 410.
89. Cahova-Kucharikova, K.; Fojta, M.; Mozga, T.; Palecek, E. Anal. Chem., 2005, 77, 2920.
90. Fadrna, R.; Kucharikova-Cahova, K.; Havran, L.; Yosypchuk, B.; Fojta, M. Electroanalysis, 2005, 17, 452.
91. Yosypchuk, B.; Fojta, M.; Havran, L.; Heyrovsky, M.; Palecek, E. Electroanalysis, 2006, 18, 186.
92. Wang, J.; Palecek, E.; Nielsen, P.; Rivas, G.; Cai, X.; Shiraishi, H.; Dontha, H.; Luo, D.; Farias, P. A. M. J. Am. Chem. Soc., 1996, 118, 7667.
93. Fojta, M.; Havran, L.; Kizek, R.; Billova, S. Talanta, 2002, 56, 867.
94. Fojta, M.; Havran, L.; Kizek, R.; Billova, S.; Palecek, E. Biosens. Bioelectron., 2004, 20, 985.
95. Fojta, M.; Havran, L.; Vojtiskova, M.; Palecek, E. J.Am. Chem. Soc., 2004, 126, 6532.
96. Fojta, M.; Brazdilova, P.; Cahova, K.; Pecinka, P. Electroanalysis, 2006, 18, 141.
97. Brazdilova, P.; Vrabel, M.; Pohl, R.; Pivonkova, H.; Havran, L.; Hocek, M.; Fojta, M. Chem. Eur. J., 2007, 13, 9527.
98. Palecek, E.; Masarik, M.; R., K.; Kuhlmeier, D.; Hassmann, J.; Schülein, J. Anal. Chem., 2004, 76, 5930.
99. Masarik, M.; Cahova, K.; Kizek, R.; Palecek, E.; Fojta, M. Anal. Bioanal. Chem., 2007, 388, 259.
100. (a) Palecek, E. In Electrochemistry of nucleic acids and proteins. Towards electrochemical sensors for genomics and proteomics. Palecek, E., Scheller, F., Wang J. Eds.; Elsevier, Amsterdam 2005, p. 690.
101. (b) Palecek, E.; Ostatna, V. Electroanalysis, 2007, 19, 2383.
102. Fojta, M.; Doffkova, R.; Palecek, E. Electroanalysis, 1996, 8, 420.
103. Palecek, E. Bioelectrochem. Bioenerg., 1988, 20, 171.
104. Fojta, M.; Havran, L.; Fulneckova, J.; Kubicarova, T. Electroanalysis, 2000, 12, 926.
105. Fojta, M. Collect. Czech. Chem. Commun, 2004, 69, 715.
106. Palecek, E. Anal. Biochem., 1988, 170, 421.
107. Jelen, F.; Vetterl, V.; Belusa, P.; Hason, S. Electroanalysis, 1999, 12, 987.
108. Palecek, E. Bioelectrochem. Bioenerg., 1992, 28, 71.
109. Fojta, M.; Kubicárová, T.; Palecek, E. Biosens. Bioelectron., 2000, 15, 107.
110. Lukasova, E.; Jelen, F.; Palecek, E. Gen. Physiol. Biophys., 1982, 1, 53.
111. Havran, L.; Fojta, M.; Palecek, E. Bioelectrochemistry, 2004, 63, 239.
112. Fojta, M.; Havran, L.; Billova, S.; Kostecka, P.; Masarik, M.; Kizek, R. Electroanalysis, 2003, 15, 431.
113. Kizek, R.; Havran, L.; Fojta, M.; Palecek, E. Bioelectrochemistry, 2002, 55, 119.
114. Jelen, F.; Karlovsky, P.; Pecinka, P.; Makaturova, E.; Palecek, E. Gen. Physiol. Biophys., 1991, 10, 461.
115. Trefulka, M.; Ferreyra, N.; Ostatna, V.; Fojta, M.; Rivas, G.; Palecek, E. Electroanalysis, 2007, 19, 1334.
116. Trefulka, M.; Ostatna, V.; Havran, L.; Fojta, M.; Palecek, E. Electroanalysis, 2007, 19, 1281.
117. Petrovykh, D. Y.; Perez-Dieste, V.; Opdahl, A.; Kimura-Suda, H.; Sullivan, J. M.; Tarlov, M. J.; Himpsel, F. J.; Whitman, L. J. J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 2.
118. Ostblom, M.; Liedberg, B.; Demers, L. M.; Mirkin, C. A. J. Phys. Chem. B, 2005, 109, 15150.
119. Storhoff, J. J.; Elghanian, R.; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L. Langmuir, 2002, 18, 6666.
120. Ostatna, V.; Palecek, E. Langmuir, 2006, 22, 6481.
121. Palecek, E.; Kolar, V.; Jelen, F.; Heinemann, U. Bioelectrochem. Bioenerg., 1990, 23, 285.
122. Wang, J.; Rivas, G.; Cai, X. H.; Chicharro, M.; Dontha, N.; Luo, D. B.; Palecek, E.; Nielsen, P. E. Electroanalysis, 1997, 9, 120.
123. Tomschik, M.; Jelen, F.; Havran, L.; Trnkova, L.; Nielsen, P. E.; Palecek, E. J. Electroanal. Chem., 1999, 476, 71.
124. Hason, S.; Vetterl, V. Electrochim. Acta, 2006, 51, 5199.
125. Dracka, O. J. Electroanal. Chem., 1996, 402, 19.
126. Trnkova, L.; Dracka, O. J. Electroanal. Chem., 1996, 413, 123.
127. Trnkova, L.; Jelen, F.; Postbieglova, I. Electroanalysis, 2006, 18, 662.
128. Mikelova, R.; Trnkova, L.; Jelen, F.; Adam, V.; Kizek, R. Electroanalysis, 2007, 19, 348.
129. Mikelova, R.; Trnkova, L.; Jelen, F. Electroanalysis, 2007, 19, 1807.
130. Jelen, F.; Tomschik, M.; Palecek, E. J. Electroanal. Chem., 1997, 423, 141.
131. Tomschik, M.; Havran, L.; Fojta, M.; Palecek, E. Electroanalysis, 1998, 10, 403.
132. Hason, S.; Vetterl, V.; Fojta, M. Electrochim. Acta, 2007, 53, 2818.
133. Nielsen, P. E.; Egholm, M.; Buchard, O. Bioconjug. Chem., 1994, 5, 3.
134. Wang, J.; Rivas, G.; Cai, X.; Chicharro, M.; Dontha, N.; Luo, D.; Palecek, E.; Nielsen, P. E. Electroanalysis, 1997, 9, 120.
135. Fojta, M.; Vetterl, V.; Tomshik, M.; Jelen, F.; Nielsen, P.; Wang, J.; Palecek, E. Biophys. J., 1997, 72, 2285.
136. Fojta, M. In Electrochemistry of nucleic acids and proteins. Towards electrochemical sensors for genomics and proteomics, E. Palecek, F. Scheller, J. Wang Eds.; Elsevier, Amsterdam 2005; p. 386.
137. Krznaric, D.; Cosovic, B.; Stuber, J.; Zahn, R. K. Chem. Biol. Interact., 1990, 76, 111.
138. Fojta, M.; Havran, L.; Kubicarova, T.; Palecek, E. Bioelectrochemistry, 2002, 55, 25.
139. Vacek, J.; Mozga, T.; Cahova, K.; Pivonkova, H.; Fojta, M. Electroanalysis, 2007, 19, 2093.
140. Wang, J.; Rivas, G.; Cai, X.; Palecek, E.; Nielsen, P.; Shiraishi, H.; Dontha, N.; Luo, D.; Parrado, C.; Chicharro, M.; Farias, P. A. M.; Valera, F. S.; Grant, D. H.; Ozsoz, M.; Flair, M. N. Anal. Chim. Acta, 1997, 347, 1.
141. Mascini, M. Pure Appl. Chem., 2001, 73, 23.
142. Langmaier, J.; Samec, Z.; Samcova, E. Electroanalysis, 2003, 15, 1555.
143. Oliveira-Brett, A. M.; Vivan, M.; Fernandes, I. R.; Piedade, J. A. P. Talanta, 2002, 56, 959.
144. Labuda, J.; Buckova, M.; Vanickova, M.; Mattusch, J.; Wennrich, R. Electroanalysis, 1999, 11, 101.
145. Labuda, J.; Buckova, M.; Jantova, S.; Stepanek, I.; Surugiu, I.; Danielsson, B.; Mascini, M. Fresenius J. Anal. Chem., 2000, 367, 364.
146. Labuda, J.; Buckova, M.; Heilerova, L.; Silhar, S.; Stepanek, I. Anal. Bioanal. Chem., 2003, 376, 168.
147. Fojta, M.; Kostecka, P.; Trefulka, M.; Havran, L.; Palecek, E. Anal. Chem., 2007, 79, 1022.
148. Kawde, A. N.; Rodriguez, M. C.; Lee, T. M. H.; Wang, J. Electrochem. Commun., 2005, 7, 537.