Mining the archival formalin-fixed paraffin-embedded tissue proteome: Opportunities and challenges

Molecular BioSystems

Volumn 4, Issue 7, 2008, Pages 712-720

  Nirmalan, Niroshini J ^a   Harnden, Patricia ^a   Selby, Peter J ^a   Banks, Rosamonde E ^a  

^a ST JAMES S UNIVERSITY HOSPITAL   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FIXATIVE; FORMALDEHYDE; PARAFFIN; PROTEOME;

ANIMAL; CHEMISTRY; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; PROTEOMICS; REVIEW; TISSUE FIXATION;

ANIMALS; FIXATIVES; FORMALDEHYDE; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; PARAFFIN EMBEDDING; PROTEOME; PROTEOMICS; TISSUE FIXATION;

EID: 45749127864     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b800098k     Document Type: Review

References (53)

1. W. C. S. Cho C. H. K. Cheng Exp. Rev. Proteomics 2007 4 401 410
2. E. Pastwa S. B. Somiari M. Czyz R. I. Somiari Proteomics Clin. Appl. 2007 1 4 17
3. G. Marko-Varga A. Ogiwara T. Nishimura T. Kawamura K. Fujii T. Kawakami Y. Kyono H. K. Tu H. Anyoji M. Kanazawa S. Akimoto T. Hirano M. Tsuboi K. Nishio S. Hada H. Jiang M. Fukuoka K. Nakata Y. Nishiwaki H. Kunito I. S. Peers C. G. Harbron M. C. South T. Higenbottam F. Nyberg S. Kudoh H. Kato J. Proteome Res. 2007 6 2925 2935
4. J. F. Wilson Ann. Internal Med. 2004 140 317 319
5. M. E. Wright D. K. Han R. Aebersold Mol. Cell. Proteomics 2005 4 545 554
6. N. Rifai M. A. Gillette S. A. Carr Nat. Biotechnol. 2006 24 971 983
7. N. L. Anderson N. G. Anderson Mol. Cell. Proteomics 2002 1 845 867
8. S. Bodovitz T. Joos Trends Biotechnol. 2004 22 4 7
9. T. D. Veenstra J. Chromatogr., B 2007 847 3 11
10. S. R. Shi C. Liu B. M. Balgley C. Lee C. R. Taylor J. Histochem. Cytochem. 2006 54 739 743
11. B. L. Hood T. P. Conrads T. D. Veenstra Proteomics 2006 6 4106 4114
12. S. R. Shi R. J. Cote C. R. Taylor L. Wu C. Liu R. Datar Y. Shi D. Liu H. Lim C. R. Taylor J. Histochem. Cytochem. 2002 50 1005 1011
13. K. Ikeda T. Monden T. Kanoh M. Tsujie H. Izawa A. Haba T. Ohnishi M. Sekimoto S. Tomita H. Shiozaki M. Monden J. Histochem. Cytochem. 1998 46 397 404
14. M. Srinivasan D. Sedmak S. Jewell Am. J. Pathol. 2002 161 1961 1971
15. S. R. Shi R. Datar C. Liu L. Wu Z. Zhang R. J. Cote C. R. Taylor Histochem. Cytochem. 2004 122 211 218
16. S. K. Penland T. O. Keku C. Torrice X. P. He J. Krishnamurthy K. A. Hoadley J. T. Woosley N. E. Thomas C. M. Perou R. S. Sandler N. E. Sharpless Lab. Invest. 2007 87 383 391
17. H. Puchtler S. N. Meloan Histochem. Cell Biol. 1985 82 201 204
18. K. H. Gustavson, The chemistry of tanning processes, New York, Academic Press, 1956
19. C. H. Fox F. B. Johnson J. Whiting P. P. Roller J. Histochem. Cytochem. 1985 33 845 853
20. J. A. Kiernan Microsc. Today 2000 00-1 8 12
21. C. B. Fowler R. E. Cunningham T. J. O'Leary J. T. Mason Lab. Invest. 2007 87 836 846
22. B. Metz G. F. A. Kersten P. Hoogerhout H. F. Brugghe H. A. M. Timmermans A. de Jong H. Meiring J. Hove W. E. Hennink D. J. A. Crommelin W. Jiskoot J. Biol. Chem. 2004 279 6235 6243
23. S. R. Shi M. E. Key K. L. Kalra J. Histochem. Cytochem. 1991 39 741 748
24. K. F. Becker C. Schott S. Hipp V. Metzger P. Porschewski R. Beck J. Nahrig I. Becker H. Hofler J. Pathol. 2007 211 370 378
25. T. Guo W. J. Wang P. A. Rudnick T. Song J. Li Z. P. Zhuang R. J. Weil D. L. DeVoe C. S. Lee B. M. Balgley J. Histochem. Cytochem. 2007 55 763 772
26. S. R. Shi R. J. Cote C. R. Taylor J. Histochem. Cytochem. 1997 45 327 343
27. D. B. Krizman B. L. Hood M. M. Darfler T. G. Guiel T. P. Conrads T. D. Veenstra Mol. Cell. Proteomics 2006 5 S200 S200
28. D. A. Prieto B. L. Hood M. M. Darfler T. G. Guiel D. A. Lucas T. P. Conrads T. D. Veenstra D. B. Krizman Mass Spectrom. 2005 32 35
29. B. L. Hood M. M. Darfler T. G. Guiel B. Furusato D. A. Lucas B. R. Ringeisen I. A. Sesterhenn T. P. Conrads T. D. Veenstra D. B. Krizman Mol. Cell. Proteomics 2005 4 1741 1753
30. R. Lemaire A. Desmons J. C. Tabet R. Day M. Salzet I. Fournier J. Proteome Res. 2007 6 1295 1305
31. D. K. Crockett Z. S. Lin C. P. Vaughn M. S. Lim K. S. J. Elenitoba-Johnson Lab. Invest. 2005 85 1405 1415
32. D. E. Palmer-Toy B. Krastins D. A. Sarracino J. B. Nadol S. N. Merchant J. Proteome Res. 2005 4 2404 2411
33. S. I. Hwang J. Thumar D. H. Lundgren K. Rezaul V. Mayya L. Wu J. Eng M. E. Wright D. K. Han Oncogene 2007 26 65 76
34. M. Ahram M. J. Flaig J. W. Gillespie P. H. Duray W. M. Linehan D. K. Ornstein S. L. Niu Y. M. Zhao E. F. Petricoin M. R. Emmert-Buck Proteomics 2003 3 413 421
35. B. L. H. DaRue A. Prieto Marlene M. Darfler Thomas G. Guiel David A. Lucas Thomas P. Conrads Timothy D. Veenstra David B. Krizman Mass Spectrom. 2005 32 35
36. C. Bagnato J. Thumar V. Mayya S. I. Hwang H. Zebroski K. P. Claffey C. Haudenschild J. K. Eng D. H. Lundgren D. K. Han Mol. Cell. Proteomics 2007 6 1088 1102
37. B. Canas C. Pineiro E. Calvo D. Lopez-Ferrer J. M. Gallardo J. Chromatogr., A 2007 1153 235 258
38. P. G. Righetti A. Castagna P. Antonioli E. Boschetti Electrophoresis 2005 26 297 319
39. H. J. Liu S. J. Berger A. B. Chakraborty R. S. Plumb S. A. Cohen J. Chromatogr., B 2002 782 267 289
40. P. Chaurand K. E. Schriver R. M. Caprioli J. Mass Spectrom. 2007 42 476 489
41. M. R. Groseclose M. Andersson W. M. Hardesty R. M. Caprioli J. Mass Spectrom. 2007 42 254 262
42. P. L. Ross Y. N. Huang J. N. Marchese B. Williamson K. Parker S. Hattan N. Khainovski S. Pillai S. Dey S. Daniels S. Purkayastha P. Juhasz S. Martin M. Bartlet-Jones F. He A. Jacobson D. J. Pappin Mol. Cell. Proteomics 2004 3 1154 1169
43. S. P. Gygi B. Rist S. A. Gerber F. Turecek M. H. Gelb R. Aebersold Nat. Biotechnol. 1999 17 994 999
44. I. I. Stewart T. Thomson D. Figeys Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001 15 2456 2465
45. C. Fenselau J. Chromatogr., B 2007 855 14 20
46. D. S. Kirkpatrick S. A. Gerber S. P. Gygi Methods 2005 35 265 273
47. H. Mischak R. Apweiler R. E. Banks M. Conaway J. Coon A. Dominiczak J. H. H. Ehrich D. Fliser M. Girolami H. Hermjakob D. Hochstrasser J. Jankowski B. A. Julian W. Kolch Z. A. Massy C. Neusuess J. Novak K. Peter K. Rossing J. Schanstra O. J. Semmes D. Theodorescu V. Thongboonkerd E. M. Weissinger J. E. Van Eyk T. Yamamoto Proteomics Clin. Appl. 2007 1 148 156
48. R. E. Ferguson D. F. Hochstrasser R. E. Banks Proteomics Clin. Appl. 2007 1 739 746
49. D. Jackson R. A. Rowlinson C. K. Eaton J. A. Nickson I. D. Wilson J. D. Mills R. W. Wilkinson R. P. Tonge Proteomics 2006 6 3901 3908
50. S. J. Qualman M. France W. E. Grizzle V. A. LiVolsi C. A. Moskaluk N. C. Ramirez M. K. Washington Br. J. Cancer 2004 90 1115 1119
51. E. M. Meslin K. A. Quaid J. Lab. Clin. Med. 2004 144 229 234
52. M. M. Morente E. de Alava P. L. Fernandez J. Pathobiol. 2007 74 245 250
53. A. Craig J. Sidaway E. Holmes T. Orton D. Jackson R. Rowlinson J. Nickson R. Tonge I. Wilson J. Nicholson J. Proteome Res. 2006 5 1586 1601