Characterizing the rate-limiting step of Trp-cage folding by all-atom molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 36, 2004, Pages 13855-13865

  Chowdhury, Shibasish ^a   Lee, Mathew C ^a   Duan, Yong ^a  

^a UNIVERSITY OF DELAWARE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FOLDING FUNNEL THEORY; MUTANTS; ROOT MEAN SQUARE DEVIATION (RMSD);

APPROXIMATION THEORY; BIOCHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; DATA REDUCTION; ENTROPY; HYDROPHOBICITY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEINS;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 4544223597     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0478920     Document Type: Article

References (48)

1. Chan, C. K.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Science 1996, 274, 628.
2. Ballew, R. M.; Sabelko, J.; Gruebele, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 5759.
3. Callender, R. H.; Dyer, R. B.; Gilmanshin, R.; Woodruff, W. H. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 173.
4. Snow, C. D.; Nguyen, H.; Pande, V S.; Gruebele, M. Nature 2002, 420, 102.
5. McKnight, C. J.; Matsudaira, P. T.; Kim, P. S. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 180.
6. Hill, R. B.; Raleigh, D. P.; Lombardi, A.; Degrado, N. F. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 745.
7. Dahiyat, B. I.; Mayo, S. L. Science 1997, 278, 82.
8. Struthers, M. D.; Cheng, R. P.; Imperiali, B. Science 1996, 271, 342.
9. Neidigh, J. W.; Fesinmeyer, R. M.; Andersen, N. H. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 425.
10. Leopold, P. E.; Montal, M.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 8721.
11. Bryngelson, J. D.; Onuchic, J. N.; Socci, N. D.; Wolynes, P. G. Proteins 1995, 21, 167.
12. Boczko, E. M.; Brooks, C. L., III. Science 1995, 269, 393.
13. Lazaridis, T.; Karplus, M. Science 1997, 278, 1928.
14. Plaxco, K. W.; Simons, K. T.; Baker, D. J. Mol. Biol. 1998, 277, 985.
15. Weikl, T. R.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2003, 329, 585.
16. Duan, Y.; Wang, L.; Kollman, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 9897.
17. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
18. Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Duan, Y. J. Mol. Biol. 2003, 327, 711.
19. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
20. Qiu, L.; Pabit, S. A.; Roitberg, A. E.; Hagen, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12952.
21. Simmerling, C.; Strockbine, B.; Roitberg, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11258.
22. Snow, C. D.; Zagrovic, B.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14548.
23. Pitera, J. W.; Swope, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 7587.
24. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; III., T. E. C.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L. ; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Ferguson, D. M.; Radmer, R. J.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 7; University of California, San Francisco: San Francisco, CA, 2002.
25. Tsui, V.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2489.
26. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
27. Bashford, D.; Case, D. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 129.
28. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Comput. Phys. 1984, 81, 3684.
29. Chowdhury, S.; Zhang, W.; Wu, C.; Xiong, G.; Duan, Y. Biopolymers 2003, 68, 63.
30. Bashford, D.; Weaver, D. L.; Karplus, M. J. Biomol. Struct. Dyn. 1984, 1, 1243.
31. Karplus, M.; Weaver, D. L. Protein Sci. 1994, 3, 650.
32. Shi, Z.; Olson, C. A.; Rose, G. D.; Baldwin, R. L.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 9190.
33. Dunbrack, R. L.; Karplus, M. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 334.
34. Barua, B.; Andersen, N. H. Lett. Pept. Sci. 2002, 8, 221.
35. Rohl, C. A.; Doig, A. J. Protein Sci. 1996, 5, 1687.
36. Thornton, J. M.; Jones, D. T.; Macarthur, M. W.; Orengo, C. M.; Swindells, M. B. Philos. Trans. R. Soc. London B: Biol.ogical Sci.ences 1995, 348, 71.
37. Rao, F.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 4035.
38. Zagrovic, B.; Pande, V. S. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1432.
39. Qiu, L.; Hagen, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3398.
40. Berendsen, H. J. C. Science 1998, 282, 642.
41. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
42. Wang, J. M.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1219.
43. Zhou, Y.; Karplus, M. Nature 1999, 401, 400.
44. Nikiforovich, G. V.; Andersen, N. H.; Fesinmeyer, R. M.; Frieden, C. Proteins 2003, 52, 292.
45. Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1990, 59, 631.
46. Burton, R. E.; Huang, G. S.; Daugherty, M. A.; Calderone, T. L.; Oas, T. G. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 305.
47. Myers, J. K.; Oas, T. G. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 552.
48. Hagen, S. J.; Hofrichter, J.; Szabo, A.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 11615.