The influence of formamide (model of protein unit) on the intramolecular proton transfer in the DNA simple base guanine: A density functional theory study

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 108, Issue 9, 2008, Pages 1589-1600

  Zhang, An Guo ^a,b   Zhang, Hui ^c   Zhou, Zheng Yu ^a,b   Jia, Zhao Kun ^a,b   Hou, Rui Yan ^a,b  

^a QUFU NORMAL UNIVERSITY   (China)

^b SHANDONG UNIVERSITY   (China)

^c ZHEJIANG SHUREN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Density functional theory; Formamide; Formamide guanine; Guanine; Intramolecular proton transfer

Indexed keywords

AMIDES; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DNA SEQUENCES; MOLECULAR INTERACTIONS; PROTON TRANSFER;

FORMAMIDE; GUANINE; INTRAMOLECULAR PROTON TRANSFER;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 43949146679     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.21652     Document Type: Article

References (41)

1. 1 Watson, J. D. ; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171, 737.
2. 2 Crespo‐Hernandez, C. E. ; Cohen, B. ; Hare, P. M. ; Kohler, B. Chem Rev 1977, 2004, 104.
3. 3 Callis, P. R. Annu Rev Phys Chem 1983, 34, 329.
4. 4 Sheina, G. G. ; Stepanian, S. G. ; Radchenko, E. D. ; Blagoi, Yu. P. J Mol Struct 1987, 158, 275.
5. 5 Wilson, R. W. ; Callis, P. R. Photochem Photobiol 1980, 31, 323.
6. 6 MacNaughton, J. ; Moewes, A. ; Kurmaev, E. Z. J Phys Chem B 2005, 109, 7749.
7. 7 Lin, J. ; Yu, C. ; Peng, S. ; Aklyama, I. ; Li, K. ; Lee, K. ; LeBreton, P. J Phys Chem 1980, 84, 1006.
8. 8 Hanus, M. ; Ryjacek, F. ; Kabelac, M. ; Kubar, T. ; Bogdan, T. V. ; Trygubenko, S. A. ; Hobza, P. J Am Chem Soc 2003, 125, 7678.
9. 9 Leszczynski, J. Int J Quant Chem 1992, 19, 43.
10. 10 Leszczynski, J. J Phys Chem A 1998, 102, 2357.
11. 11 Shukla, M. K. ; Leszczynski, J. J Comput Chem 2004, 25, 768.
12. 12 Chen, H. ; Li, S. H. J Phys Chem A 2006, 110, 12362.
13. 13 Nir, E. ; Janzen, C. ; Imhof, P. ; Kleinermanns, K. ; de Vries, M. S. J Chem Phys 2001, 115, 4604.
14. 14 Mons, M. ; Dimicoli, I. ; Piuzzi, F. ; Tardivel, B. ; Elhanine, M. J Phys Chem A 2002, 106, 5088.
15. 15 Chin, W. ; Mons, M. ; Piuzzi, F. ; Tardivel, B. ; Dimicoli, I. ; Gorb, L. ; Leszczynski, J. J Phys Chem A 2004, 108, 8237.
16. 16 Piuzzi, F. ; Mons, M. ; Dimicoli, I. ; Tardivel, B. ; Zhao, Q. Chem Phys 2001, 270, 205.
17. 17 Choi, M. Y. ; Miller, R. E. J Am Chem Soc 2006, 128, 7320.
18. 18 Mons, M. ; Piuzzi, F. ; Dimicoli, I. ; Gorb, L. ; Leszczynski, J. J Phys Chem A 2006, 110, 10921.
19. 19 Kwiatkowski, J. S. ; Leszczynski, J. J Mol Struct (Theochem) 1990, 208, 35.
20. 20 Gorb, L. ; Leszczynski, J. J Am Chem Soc 1998, 120, 5024.
21. 21 Shukla, M. K. ; Leszczynski, J. J Phys Chem A 2005, 109, 7775.
22. 22 Gorb, L. ; Kaczmarek, A. ; Gorb, A. ; Sadlej, J. A. ; Leszczynski, J. J Phys Chem B 2005, 109, 13770.
23. 23 Thomas, J. Biochem Soc Trans 2001, 395, 401.
24. 24 Sandman, K. ; Pereira, S. ; Reeve, J. Cell Mol Life Sci 1998, 64, 1350.
25. 25 Spiegelman, B. ; Heinrich, R. Cell 2004, 67, 157.
26. 26 Sathyan, N. ; Santhanam, V. ; Sobhanadri, J. J Mol Struct 1995, 333, 179.
27. 27 Sim, F. ; St‐Amant, A. J Am Chem Soc 1992, 114, 4391.
28. 28 Contador, J. C. ; Sanchez, M. L. ; Aguilar, M. A. ; Olivares, F. J. J Chem Phys 1996, 104, 5539.
29. 29 Besley, N. A. ; Hirst, J. D. J Am Chem Soc 1999, 121, 8559.
30. 30 Fu, A. P. ; Li, H. L. ; Du, D. M. ; Zhou, Z. Y. Chem Phys Lett 2003, 382, 332.
31. 31 Liang, W. C. ; Li, H. R. ; Hu, X. B. ; Han, S. J. J Phys Chem A 2004, 108, 10219.
32. 32 Shi, Y. ; Zhou, Z. Y. ; Zhang, H. T. J Phys Chem A 2004, 108, 6414.
33. 33 Wu, Q. Y. ; Zhang, H. ; Zhou, Z. Y. ; Lu, J. F. ; Zhao, G. J Mol Struct (Theochem) 2005, 757, 9.
34. 34 Zhao, G. ; Duan, C. S. ; Zhou, Z. Y. ; Wu, Q. Y. ; Lu, J. F. J Mol Struct (Theochem) 2005, 756, 143.
35. 35 Duan, C. S. ; Wu, Q. Y. ; Ma, H. K. ; Zhou, X. M. ; Zhou, Z. Y. Int J Quant Chem 2007, 107, 1253.
36. 36 Du, D. M. ; Qin, M. ; Fu, A. P. ; Zhou, Z. Y. Polish J Chem 2007, 81, 369.
37. 37 Becke, A. D. J Chem Phys 1992, 96, 2155.
38. 38 Becke, A. D. J Chem Phys 1992, 97, 9193.
39. 39 Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
40. 40 Lee, C. ; Yang, W. ; Parr, R. G. Phys Rev B 1988, 37, 785.
41. 41 Frisch, M. J. ; Trucks, G. W. ; Schlegel, H. B. ; Scuseria, G. E. ; Robb, M. A. ; Cheeseman, J. R. ; Zakrzewski, V. G. ; Montgomery, J. A., Jr. ; Stratmann, R. E. ; Burant, J. ; Dapprich, C. S. ; Millam, J. M. ; Daniels, A. D. ; Kudin, K. N. ; Strain, M. C. ; Farkas, O. ; Tomasi, J. ; Barone, V. ; Cossi, M. ; Cammi, R. ; Mennucci, B. ; Pomelli, C. ; Adamo, C. ; Clifford, S. ; Ochterski, J. ; Petersson, G. A. ; Ayala, P. Y. ; Cui, Q. ; Morokuma, K. ; Salvador, P. ; Dannenberg, J. J. ; Malick, D. K. ; Rabuck, A. D. ; Raghavachari, K. ; Foresman, J. B. ; Cioslowski, J. ; Ortiz, J. V. ; Baboul, A. G. ; Stefanov, B. B. ; Liu, G. ; Liashenko, A. ; Piskorz, P. ; Komaromi, I. ; Gomperts, R. ; Martin, R. L. ; Fox, D. J. ; Keith, T. ; Al‐Laham, M. A. ; Peng, C. Y. ; Nanayakkara, A. ; Challacombe, M. ; Gill, P. M. W. ; Johnson, B. ; Chen, W. ; Wong, M. W. ; Andres, J. L. ; Gonzalez, C. ; Head‐Gordon, M. ; Replogle, E. S. ; Pople, J. A. Gaussian '98; revision A. 7.