Thermodynamic prediction of RNA-DNA duplex-forming regions in the human genome

Molecular BioSystems

Volumn 4, Issue 6, 2008, Pages 686-691

  Huppert, Julian L ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; RNA;

ARTICLE; CHEMISTRY; GENETICS; HUMAN; HUMAN GENOME; PREDICTION AND FORECASTING; THERMODYNAMICS;

DNA; GENOME, HUMAN; HUMANS; PREDICTIVE VALUE OF TESTS; RNA; THERMODYNAMICS;

EID: 43949089139     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b800354h     Document Type: Article

References (34)

1. K. Yu F. Chedin C.-L. Hsieh T. E. Wilson M. R. Lieber Nat. Immunol. 2003 4 442 451
2. J. Li R. M. Wartell Biochemistry 1998 37 5154 5161
3. Y. Xiong M. Sundaralingam Nucleic Acids Res. 2000 28 2171 2176
4. N. Sugimoto S. Nakano M. Katoh A. Matsumura H. Nakamuta T. Ohmichi M. Yoneyama M. Sasaki Biochemistry 1995 34 11211 11216
5. P. Wu S. Nakano N. Sugimoto Eur. J. Biochem. 2002 269 2821 2830
6. S. R. Sanghani R. Lavery Nucleic Acids Res. 1994 22 1444 1449
7. K. D. Westover D. A. Bushnell R. D. Kornberg Science 2004 303 1014 1016
8. X. Li J. L. Manley Genes Dev. 2006 20 1838 1847
9. B. Xu D. A. Clayton EMBO J. 1996 15 3135 3143
10. M. L. Kireeva N. Komissarova M. Kashlev J. Mol. Biol. 2000 299 325 335
11. T. Itoh J. Tomizawa Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1980 77 2450 2454
12. M. N. Prichard S. Jairath M. E. T. Penfold S. St Jeor M. C. Bohlman G. S. Pari J. Virol. 1998 72 6997 7004
13. W. Keller R. Crouch Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1972 69 3360 3364
14. V. Bailly P. Sung L. Prakash S. Prakash Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1991 88 9712 9716
15. M. E. Reaban J. A. Griffin Nature 1990 348 342 344
16. M. E. Reaban J. Lobowitz J. A. Griffin J. Biol. Chem. 1994 1994 21850 21857
17. D. Roy K. Yu M. R. Lieber Mol. Cell Biol. 2008 28 50 60
18. F.-T. Huang K. Yu C.-L. Hsieh M. R. Lieber Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006 103 5030 5035
19. F.-T. Huang K. Yu B. B. Balter E. Selsing Z. Oruc A. A. Khamlichi C.-L. Hsieh M. R. Lieber Mol. Cell Biol. 2007 27 5921 5932
20. M. L. Duquette P. Handa J. A. VIncent A. F. Taylor N. Maizels Genes Dev. 2004 18 1618 1629
21. G. A. Daniels M. R. Lieber Nucleic Acids Res. 1995 23 5006 5011
22. R. Mizuta K. Iwai M. Shigeno M. Mizuta T. Uemura T. Ushiki D. Kitamura J. Biol. Chem. 2003 278 4431 4434
23. The ENCODE Project Consortium Nature 2007 447 799 816
24. C. M. Azzalin P. Reichenbach L. Khoriauli E. Giulotto J. Lingner Science 2007 318 798 801
25. H. T. Allawi J. J. SantaLucia Biochemistry 1997 36 10581 10594
26. T. J. P. Hubbard B. L. Aken K. Beal B. Ballester M. Caccamo Y. Chen L. Clarke G. Coates F. Cunningham T. Cutts T. Down S. C. Dyer S. Fitzgerald J. Fernandez-Banet S. Graf S. Haider M. Hammond J. Herrero R. Holland K. Howe K. Howe N. Johnson A. Kahari D. Keefe F. Kokocinski E. Kulesha D. Lawson I. Longden C. Melsopp K. Megy P. Meidl B. Ouverdin A. Parker A. Prlic S. Rice D. Rios M. Schuster I. Sealy J. Severin G. Slater D. Smedley G. Spudich S. Trevanion A. Vilella J. Vogel S. White M. Wood T. Cox V. Curwen R. Durbin X. M. Fernandez-Suarez P. Flicek A. Kasprzyk G. Proctor S. Searle J. Smith A. Ureta-Vidal E. Birney Nucleic Acids Res. 2007 35 D610 D617
27. I. L. Hofacker Nucleic Acids Res. 2003 31 3429 3431
28. I. L. Hofacker and D. Mathews, personal communication to the author, 2007
29. J. L. Huppert S. Balasubramanian Nucleic Acids Res. 2005 33 2908 2916
30. S. R. Holbrook Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 302 308
31. I. L. Hofacker W. Fontana P. F. Stadler S. Bonhoeffer M. Tacker P. Schuster Monatsh. Chem. 1994 125 167 188
32. S. Neidle and S. Balasubramanian, Quadruplex Nucleic Acids, RSC, Cambridge, 2006
33. J. L. Huppert Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2007 365 2969 2984
34. E. Grabczyk M. Mancuso M. C. Sammarco Nucleic Acids Res. 2007 35 5351 5359