A DFT study of the low-lying singlet excited states of the all-trans peridinin in vacuo

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 108, Issue 32, 2004, Pages 6763-6770

  Spezia, Riccardo ^a,b   Zazza, Costantino ^c   Palma, Amedeo ^d   Amadei, Andrea ^e   Aschi, Massimiliano ^f  

^a SAPIENZA UNIVERSITY OF ROME   (Italy)

^b ECOLE NORMALE SUPÉRIEURE   (France)

^c Consorzio IASU/R ^*  (Italy)

^d CNR   (Italy)

^e UNIVERSITY OF ROME TOR VERGATA   (Italy)

^f UNIVERSITY OF L'AQUILA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSORPTION; AROMATIC COMPOUNDS; BIOLOGICAL MEMBRANES; CHARGE TRANSFER; CHLOROPHYLL; CONFORMATIONS; GROUND STATE; PHOTONS; PHOTOSYNTHESIS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; PROTEINS; SAMPLING; SOLVENTS;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY (DFT); DINOFLAGELLATES; PERIDININ; SEA PLANKTON;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 4344679386     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0496349     Document Type: Article

References (69)

1. Hofmann, E.; Wrench, P. M.; Sharples, F. P.; Killer, R. G.; Weite, W.; Diederichs, K. Science 1996, 272, 1788-1791.
2. Bautista, J. A.; Hiller, R. G.; Sharples, F. P.; Gosztola, D.; Wasielewski, M.; Frank, H. A. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 2267-2273.
3. Larkum, T. Trends Plant Sci. 1996, 1, 247-248.
4. Mathews-Rode, M. M. Carotenoids in erythropoietic protoporphyria and other photosensitivity desease; New York, 1993.
5. Akimoto, S.; Takaichi, S.; Ogata, T.; Nishimura, Y.; Yamazaki, I.; Mimuro, M. Chem. Phys. Lett. 1996, 250, 147-152.
6. Bautista, J. A.; Connors, R. E.; Raju, B. B.; Hiller, R. G.; Sharples, F. P.; Gosztola, D.; Wasielewski, M.; Frank, H. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 8751-8758.
7. Osuka, A.; Kume, T.; Haggquist, G. W.; Jaforvi, T.; Lima, J. C.; Melo, E.; Naqvi, K. R. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 499-504.
8. Carbonera, D.; Giacometti, G.; Segre, U.; Angerhofer, A.; Gross, U. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6357-6362.
9. Carbonera, D.; Giacometti, G.; Segre, U.; Hofmann, E.; Hiller, R. G. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6349-6356.
10. Kleima, F. J.; Wendung, M.; Hofmann, E.; Peterman, E. J. G.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. 2000, 39, 5184-5195.
11. Krueger, B. P.; Lampoura, S. S.; van Stokkum, I. H. M.; Papagiannakis, E.; Salverda, J. M.; Gradinaru, C. C.; Rutkauskas, D.; Hiller, R. G.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2001, 80, 2843-2855.
12. MacPherson, A. N.; Gilibro, T. J. Phys. Chem. A 1998, 702, 5049-5058.
13. Mimuro, M.; Akimoto, S.; Takaichi, S.; Yamaaki, I. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1452-1453.
14. Tretiak, S.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11408-11419.
15. Zigmantas, D.; Polivka, T.; Hiller, R. G.; Yartsev, A.; Sundstroem, V. 2001, 105, 10296-10306.
16. Frank, H. A.; Bautista, J. A.; Josue, J.; Pendon, Z.; Hiller, R.; Sharples, F.; Gosztola, D.; Wasielewski, M. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4569-4577.
17. Zigmantas, D.; Hiller, R. G.; Sundstroem, V.; Polivka, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16760-16765.
18. Papagiannakis, E.; Kennis, J. T. M.; van Stokkum, I. H. M.; Cogdell, R. J.; van Grondelle, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6017-6022.
19. Walla, P. J.; Linden, P. A.; Ohta, K.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 1909-1916.
20. Zimmermann, J.; Linden, P. A.; Vaswani, H. M.; Hiller, R. G.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 9418-9423.
21. Andersson, K.; Malmqvist, P. A.; Ross, B. O.; Sadlej, A. J.; Wolinski, K. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5483-5488.
22. Stanton, J. F.; Gauss, J. J. Chem. Phys. 1995, 103, 1064-1076.
23. Shima, S.; Ilagan, R. P.; Gillespie, N.; Sommer, B. J.; Hiller, R. G.; Sharples, F. P.; Frank, H. A.; Birge, R. R. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8052-8066.
24. Hsu, C. P.; Hirata, S.; Head-Gordon, M. J. Phys. Chem. B 2001, 705, 451-458.
25. Dreuw, A.; Fleming, G. R.; Head-Gordon, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 3247-3256.
26. Fantacci, S.; Migani, A.; Olivucci, M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1208-1213.
27. Hsu, C. P.; Walla, P. J.; Head-Gordon, M.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 11016-11025.
28. Vaswani, H. M.; Hsu, C. P.; Head-Gordon, M.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 7940-7946.
29. Spezia, R. Computational Studies of the Coupling between Molecular Dynamics and Electronic Properties in Complex Systems. Ph.D. Thesis, Dipartimento di Chimica, Università di Roma "La Sapienza", 2003.
30. Christensen, R. L.; Goyette, M.; Gallagher, L.; Duncan, J.; DeCoster, B.; Lugtenburg, J.; Jansen, F. J.; van der Hoef, I. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 2399-2407.
31. Spezia, R.; Aschi, M.; Di Nola, A.; Di Valentin, M.; Carbonera, D.; Amadei, A. Biophys. J. 2003, 84, 2805-2813.
32. Roos, B. O. Adv. Chem. Phys. 1987, 69, 399-427.
33. Andzelm, J.; Klobulowsky, M.; Radzio-Andzelm, E.; Sakai, Y.; Tatewaki, H. Gaussian Basis Sets for Molecular Calculations; Elsevier: Amsterdam, The Netherlands, 1984.
34. Nakano, H. J. Chem. Phys. 1993, 99, 7983-7992.
35. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1986, 84, 4524-4529.
36. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
37. Hirata, S.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 375-382.
38. Slater, J. C. Quantum theory of molecules and solids: The self-consistent field for molecules and solids; McGraw-Hill: New York, 1974; Vol. 4.
39. Vosko, S. J.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200-1211.
40. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
41. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1992, 45, 13244-13249.
42. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868.
43. Ernzerhof, M.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 5029-5036.
44. Adamo, C.; Barone, V. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 152-157.
45. Taketsugu, T.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. 1995, 99, 8462-8471.
46. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902-3909.
47. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1993, 17, 412-425.
48. Frisch, M. J.; et al. Gaussian 98, revision A.7; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
49. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. J.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
50. van der Spoel, D.; Berendsen, H. J. C.; van Buuren, A. R.; Apol, M. E. F.; Meulenhoff, P. J.; Sijbers, A. L. T. M. Gromacs User Manual; Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands, 1995.
51. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2574.
52. Pasquarello, A.; Laasonen, K.; Car, R.; Lee, C.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. Lett. 1992, 69, 1982-1985.
53. Laasonen, K.; Pasquarello, A.; Car, R.; Lee, C.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1993, 47, 10142-10153.
54. Tassone, F.; Mauri, F.; Car, R. Phys. Rev. B 1994, 50, 10561-10573.
55. Dal Corso, A.; Pasquarello, A.; Baldereschi, A.; Car, R. Phys. Rev. B 1996, 53, 1180-1185.
56. Perdew, J. P.; Burke, K.; Emzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 1396-1397.
57. Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1990, 41, 7892-7895.
58. Palma, A.; Pasquarello, A.; Car, R. Phys. Rev. B 2002, 65, 155314.
59. Meloni, S.; Palma, A.; Kahn, A.; Schwartz, J.; Car, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 725, 7808-7809.
60. Beljonne, D.; Cornil, J.; Friend, R. H.; Janssen, R. A.; Bredas, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6453-6461.
61. Matsukawa, N. N.; Ishitani, A.; Dixon, D. A.; Uda, T. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4953-4962.
62. Casida, M. E.; Jamorski, C.; Casida, K. C.; Salahub, D. R. J. Chem. Phys. 1998, 108, 4439-4449.
63. Cosgrove, S. A.; Guite, M. A.; Burnell, T. B.; Christensen, R. L. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8118-8124.
64. Spezia, R.; Zazza, C.; Aschi, M. Manuscript in preparation.
65. Toniolo, A.; Granucci, G.; Martinez, T. J. J. Phys. Chem. A 2003, 707, 3822-3830.
66. Warshel, A.; Chu, Z. T. J. Phys. Chem. B 2001, 705, 9857-9871.
67. Amadei, A.; D'Abramo, M.; Zazza, C.; Aschi, M. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 187-193.
68. Laage, D.; Burghardt, I.; Sommerfeld, T.; Hynes, J. T. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 11271-11291.
69. Burghardt, I.; Laage, D.; Hynes, J. T. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 11291-11306.