Oscillatory molecular driving force for protein folding at high concentration: A molecular simulation

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 9, 2008, Pages 2686-2693

  Lu, Diannan ^a   Liu, Zheng ^a  

^a TSINGHUA UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISSOCIATION; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR INTERACTIONS;

HYDROPHOBIC INTERACTION; LANGEVIN DYNAMICS SIMULATION;

PROTEIN FOLDING;

EID: 41549155215     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp076940o     Document Type: Article

References (60)

1. Dobson, C. M. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 329.
2. Gregersen, N.; Bross, P.; Vang, S.; Christensen, J. H. Annu. Rev. Genomics Human Genet. 2006, 7, 103.
3. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 333.
4. Kim, S. H.; Yan, Y. B.; Zhou, H. M. Biochem. Cell Biol.-Biochimie Et Biologie Cellulaire 2006, 84, 30.
5. Mishra, R.; Seckler, R.; Bhat, R. J. Biol. Chem. 2005, 280, 15553.
6. Ou, W. B.; Park, Y. D.; Zhou, H. M. Int. J. Biochem. Cell Biol 2002, 34, 136.
7. Wang, J.; Lu, D. N.; Lin, Y.; Liu, Z. Biochem. Eng. J. 2005, 24 269.
8. Cruz, R. D.; Whitby, F. G.; Buczek, O.; Bulaj, G. J. Pept. Res 2003, 61, 202.
9. Krause, M.; Rudolph, R.; Schwarz, E. FEBS Lett. 2002, 532, 253.
10. Lu, D. N.; Zhang, K.; Liu, Z. Biochem. Eng. J. 2005, 25, 141.
11. Lu, D. N.; Liu, Z. X.; Zhang, M. L.; Wang, X. G.; Liu, Z. Biochem. Eng. J. 2006, 27, 336.
12. Lu, D.; Liu, Z. X.; Zhang, M. L.; Liu, Z.; Zhou, H. M. Biochem. Eng. J. 2005, 24, 55.
13. Lu, D. N.; Liu, Z. Acta Polym. Sinica 2004, 573.
14. Cleland, J. L.; Wang, D. I. C. Bio-Technology 1990, 8, 1274.
15. Cleland, J. L.; Hedgepeth, C.; Wang, D. I. C. J. Biol. Chem. 1992, 267, 13327.
16. Cleland, J. L.; Builder, S. E.; Swartz, J. R.; Winkler, M.; Chang, J. Y.; Wang, D. I. C. Bio-Technology 1992, 10, 1013.
17. Prinsloo, E.; Oosthuizen, V.; Muramoto, K.; Naude, R. J. Prot. Expression Purif. 2006, 47, 179.
18. Li, M.; Zhang, G. F.; Su, Z. G. J. Chromatogr. A 2002, 959, 113.
19. Gu, Z. Y.; Su, Z. G.; Janson, J. C. J. Chromatogr. A 2001, 918, 311.
20. Winter, J.; Lilie, H.; Rudolph, R. Anal. Biochem. 2002, 370, 148.
21. Buswell, A. M.; Ebtinger, M.; Vertes, A. A.; Middelberg, A. P. J. Biotechnol. Bioeng. 2002, 77, 435.
22. Katoh, S.; Katoh, Y. Process Biochem. 2000, 35, 1119.
23. Katoh, S.; Sezai, Y.; Yamaguchi, T.; Katoh, Y.; Yagi, H.; Nohara, D. Process Biochem. 1999, 35, 297.
24. Cellmer, T.; Bratko, D.; Prausnitz, J. M.; Blanch, H. W. Trends Biotechnol. 2007, 25, 254.
25. Wolynes, P. G.; Onuchic, J. N.; Thirumalai, D. Science 1995, 267, 1619.
26. Bratko, D.; Cellmer, T.; Prausnitz, J. M.; Blanch, H. W. Biotechnol. Bioeng. 2007, 96, 1.
27. Lu, D. N.; Liu, Z. J. Chem. Phys. 2005, 123.
28. Lu, D. N.; Liu, Z.; Liu, Z. X.; Zhang, M. L.; Ouyang, P. J. Chem. Phys. 2005, 122.
29. Lu, D. N.; Liu, Z.; Wu, J. Z. Biophys. J. 2006, 90, 3224.
30. Lu, D. N.; Liu, Z.; Wu, J. Z. J. Chem. Phys. 2007, 126, 13.
31. Bratko, D.; Cellmer, T.; Prausnitz, J. M.; Blanch, H. W. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1683.
32. Cellmer, T.; Bratko, D.; Prausnitz, J. M.; Blanch, H. Proc. Natl. Acad. Sci. 2005, 102, 11692.
33. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. Biotechnol. Bioeng. 2002, 80, 823.
34. Cellmer, T.; Bratko, D.; Prausnitz, J. M.; Blanch, H. Biotechnol. Bioeng. 2005, 89, 78.
35. Hall, C. K.; Waggner, V. A. Computational approaches to fibril structure and formation. In Amyloid, Prions, and Other Protein Aggregates, Pt B; Elsevier Academic Press Inc: San Diego, 2006; Vol. 412; pp 338.
36. Marchut, A. J.; Hall, C. K. Biophys. J. 2006, 90, 4574.
37. Marchut, A. J.; Hall, C. K. Comput. Biol. Chem. 2006, 30, 215.
38. Marchut, A. J.; Hall, C. K. Proteins: Struc., Funct., Bioinfo. 2007, 66, 96.
39. Marchut, A. J.; Smith, A. V.; Hall, C. K. Proteins: Struc., Funct., Bioinfo. 2006, 63, 709.
40. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. Proc. Natl. Acad. Sci. 2004, 101, 16180.
41. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. J. Biol. Chem. 2005, 280, 9074.
42. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1890.
43. Lu, D. N.; Wu, J. Z.; Liu, Z. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 12303.
44. Veitshans, T.; Klimov, D.; Thirumalai, D. Folding Design 1997, 2, 1.
45. Gupta, P.; Hall, C. K.; Voegler, A. Fluid Phase Equilib. 1999, 160, 87.
46. van de Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; van Buuren, A. R.; Meulenhoff, P. J.; Tieleman, D. P.; Sijbers, A. L. T. M.; Feenstra, K. A.; van Drunen, R.; Berendsen, H. J. C. Gromacs User Manual version 3.2, www.gromacs.org, 2004.
47. Dill, K. A. Biochemistry 1985, 24, 1501.
48. Levitt, M.; Warshel, A. Nature 1975, 253, 693.
49. Clark, L. A. Protein Sci. 2005, 14, 653.
50. Nishida, S.; Nada, T.; Terazima, M. Biophys. J. 2005, 89, 2004.
51. Kuhlman, B.; Luisi, D. L.; Evans, P. A.; Raleigh, D. P. J. Mol. Biol. 1998, 284, 1661.
52. Clark, E. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2001, 12, 202.
53. Bratko, D.; Blanch, H. W. J. Chem. Phys. 2001, 114, 561.
54. Jin, T.; Guan, Y. X.; Fei, Z. Z.; Yao, S. J.; Cho, M. G. World J. Microbiol. Biotechnol. 2005, 21, 797.
55. Leong, S. S. J.; Middelberg, A. P. J. Food Bioprod. Process. 2006, 84, 9.
56. Jahn, T. R.; Radford, S. E. Febs J. 2005, 272, 5962.
57. Stan, G.; Thirumalai, D.; Lorimer, G. H.; Brooks, B. R. J. Biomol. Struct. Dyn. 2007, 24, 757.
58. Cheung, M. S.; Thirumalai, D. J. Mol. Biol. 2006, 357, 632.
59. Todd, M. J.; Lorimer, G. H.; Thirumalai, D. Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4030.
60. Thirumalai, D.; Lorimer, G. H. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 245.