Artificial evolution with adeno-associated viral libraries

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 11, Issue 2, 2008, Pages 118-126

  Perabo, Luca ^a   Huber, Anke ^a   Märsch, Stephan ^a   Hallek, Michael ^a   Büning, Hildegard ^a,b  

^a UNIVERSITY OF COLOGNE   (Germany)

^b UNIVERSITY HOSPITAL OF COLOGNE   (Germany)

Author keywords

AAV; Capsid; Combinatorial engineering; Directed evolution; Gene therapy; Immune escaping; Targeting; Viral library

Indexed keywords

PARVOVIRUS VECTOR; VIRUS DNA;

COMBINATORIAL CHEMISTRY; DNA SHUFFLING; GENE LIBRARY; GENOME ANALYSIS; GENOTYPE; PHENOTYPE; POINT MUTATION; POLYMERASE CHAIN REACTION; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; VIRAL GENE DELIVERY SYSTEM; VIRUS CAPSID; VIRUS GENOME; VIRUS MORPHOLOGY; VIRUS PURIFICATION;

ANIMALS; CAPSID; COMBINATORIAL CHEMISTRY TECHNIQUES; DEPENDOVIRUS; DIRECTED MOLECULAR EVOLUTION; DNA; GENE LIBRARY; HUMANS; PEPTIDE LIBRARY; REVERSE TRANSCRIPTASE POLYMERASE CHAIN REACTION;

MIRIDAE;

EID: 40449113433     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620708783744507     Document Type: Review

References (62)

1. Monahan, P.E.; Samulski, R.J. Gene Ther., 2000, 7, 24-30.
2. Buning, H.; Nicklin, S.A.; Perabo, L.; Hallek, M.; Baker, A.H. Curr. Opin. Mol. Ther., 2003, 5, 367-75.
3. Siegl, G.; Bates, R.C.; Berns, K.I.; Carter, B.J.; Kelly, D.C.; Kurstak, E.; Tattersall, P. Intervirology, 1985, 23, 61-73.
4. Lukashov, V.V.; Goudsmit, J. J. Virol., 2001, 75, 2729-40.
5. Gao, G.P.; Alvira, M.R.; Wang, L.; Calcedo, R.; Johnston, J.; Wilson, J.M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 11854-9.
6. Atchison, R.W.; Casto, B.C.; Hammon, W.M. Science, 1965, 149, 754-6.
7. Schlehofer, J.R.; Ehrbar, M.; zur Hausen, H. Virology, 1986, 152, 110-7.
8. Walz, C.; Deprez, A.; Dupressoir, T.; Durst, M.; Rabreau, M.; Schlehofer, J.R. J. Gen. Virol., 1997, 78 (Pt 6), 1441-52.
9. Yalkinoglu, A.O.; Zentgraf, H.; Hubscher, U. J. Virol., 1991, 65, 3175-84.
10. Yakobson, B.; Koch, T.; Winocour, E. J. Virol., 1987, 61, 972-81.
11. McPherson, R.A.; Rosenthal, L.J.; Rose, J.A. Virology, 1985, 147, 217-22.
12. Thomson, B.J.; Weindler, F.W.; Gray, D.; Schwaab, V.; Heilbronn, R. Virology, 1994, 204, 304-11.
13. Berns, K.I. Microbiol. Rev., 1990, 54, 316-29.
14. Sanlioglu, S.; Duan, D.; Engelhardt, J.F. Hum. Gene Ther., 1999, 10, 591-602.
15. Mingozzi, F.; High, K.A. Curr. Gene Ther., 2007, 7, 316-24.
16. Vandenberghe, L.H.; Wilson, J.M. Curr. Gene Ther., 2007, 7, 325-33.
17. Hallek, M.; Wendtner, C.M. Cytokines Mol. Ther., 1996, 2, 69-79.
18. Monahan, P.E.; Samulski, R.J. Mol. Med. Today, 2000, 6, 433-40.
19. Samulski, R.J.; Zhu, X.; Xiao, X.; Brook, J.D.; Housman, D.E.; Epstein, N.; Hunter, L.A. EMBO J., 1991, 10, 3941-50.
20. Fisher, K.J.; Jooss, K.; Alston, J.; Yang, Y.; Haecker, S.E.; High, K.; Pathak, R.; Raper, S.E.; Wilson, J.M. Nat. Med., 1997, 3, 306-12.
21. Kotin, R.M.; Siniscalco, M.; Samulski, R.J.; Zhu, X.D.; Hunter, L.; Laughlin, C.A.; McLaughlin, S.; Muzyczka, N.; Rocchi, M.; Berns, K.I. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1990, 87, 2211-5.
22. Labow, M.A.; Berns, K.I. J. Virol., 1988, 62, 1705-12.
23. McLaughlin, S.K.; Collis, P.; Hermonat, P.L.; Muzyczka, N. J. Virol., 1988, 62, 1963-73.
24. Kronenberg, S.; Kleinschmidt, J.A.; Bottcher, B. EMBO Rep., 2001, 2, 997-1002.
25. Xie, Q.; Bu, W.; Bhatia, S.; Hare, J.; Somasundaram, T.; Azzi, A.; Chapman, M.S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 10405-10.
26. Wu, P.; Xiao, W.; Conlon, T.; Hughes, J.; Agbandje-McKenna, M.; Ferkol, T.; Flotte, T.; Muzyczka, N. J. Virol., 2000, 74, 8635-47.
27. Kern, A.; Schmidt, K.; Leder, C.; Muller, O.J.; Wobus, C.E.; Bettinger, K.; Von der Lieth, C.W.; King, J.A.; Kleinschmidt, J.A. J. Virol., 2003, 77, 11072-81.
28. Opie, S.R.; Warrington, K.H., Jr.; Agbandje-McKenna, M.; Zolotukhin, S.; Muzyczka, N. J. Virol., 2003, 77, 6995-7006.
29. Wobus, C.E.; Hugle-Dorr, B.; Girod, A.; Petersen, G.; Hallek, M.; Kleinschmidt, J.A. J. Virol., 2000, 74, 9281-93.
30. Huttner, N.A.; Girod, A.; Perabo, L.; Edbauer, D.; Kleinschmidt, J.A.; Buning, H.; Hallek, M. Gene Ther., 2003, 10, 2139-47.
31. Girod, A.; Ried, M.; Wobus, C.; Lahm, H.; Leike, K.; Kleinschmidt, J.; Deleage, G.; Hallek, M. Nat. Med., 1999, 5, 1052-6.
32. Grifman, M.; Trepel, M.; Speece, P.; Gilbert, L.B.; Arap, W.; Pasqualini, R.; Weitzman, M.D. Mol. Ther., 2001, 3, 964-75.
33. Nicklin, S.A.; Buening, H.; Dishart, K.L.; de Alwis, M.; Girod, A.; Hacker, U.; Thrasher, A.J.; Ali, R.R.; Hallek, M.; Baker, A.H. Mol. Ther., 2001, 4, 174-81.
34. Shi, W.; Arnold, G.S.; Bartlett, J.S. Hum. Gene Ther., 2001, 12, 1697-711.
35. Shi, W.; Bartlett, J.S. Mol. Ther., 2003, 7, 515-25.
36. Nicklin, S.A.; Dishart, K.L.; Buening, H.; Reynolds, P.N.; Hallek, M.; Nemerow, G.R.; Von Seggern, D.J.; Baker, A.H. Cancer Lett., 2003, 201, 165-73.
37. White, S.J.; Nicklin, S.A.; Buning, H.; Brosnan, M.J.; Leike, K.; Papadakis, E.D.; Hallek, M.; Baker, A.H. Circulation, 2004, 109, 513-9.
38. Work, L.M.; Nicklin, S.A.; Brain, N.J.; Dishart, K.L.; Von Seggern, D.J.; Hallek, M.; Buning, H.; Baker, A.H. Mol. Ther., 2004, 9, 198-208.
39. Work, L.M.; Buning, H.; Hunt, E.; Nicklin, S.A.; Denby, L.; Britton, N.; Leike, K.; Odenthal, M.; Drebber, U.; Hallek, M.; Baker, A.H. Mol. Ther., 2006, 13, 683-93.
40. Shi, X.; Fang, G.; Shi, W.; Bartlett, J.S. Hum. Gene Ther., 2006, 17, 353-61.
41. Smith, G.P. Science, 1985, 228, 1315-7.
42. Koerber, J.T.; Jang, J.H.; Yu, J.H.; Kane, R.S.; Schaffer, D.V. Hum. Gene Ther., 2007, 18, 367-78.
43. Perabo, L.; Buning, H.; Kofler, D.M.; Ried, M.U.; Girod, A.; Wendtner, C.M.; Enssle, J.; Hallek, M. Mol. Ther., 2003, 8, 151-7.
44. Muller, O.J.; Kaul, F.; Weitzman, M.D.; Pasqualini, R.; Arap, W.; Kleinschmidt, J.A.; Trepel, M. Nat. Biotechnol., 2003, 21, 1040-6.
45. Ruoslahti, E.; Pierschbacher, M.D. Cell, 1986, 44, 517-8.
46. Summerford, C.; Samulski, R.J. J. Virol., 1998, 72, 1438-45.
47. Perabo, L.; Goldnau, D.; White, K.; Endell, J.; Boucas, J.; Humme, S.; Work, L.M.; Janicki, H.; Hallek, M.; Baker, A.H.; Buning, H. J. Virol., 2006, 80, 7265-9.
48. Waterkamp, D.A.; Muller, O.J.; Ying, Y.; Trepel, M.; Kleinschmidt, J.A. J. Gene Med., 2006, 8, 1307-19.
49. Lochrie, M.A.; Tatsuno, G.P.; Christie, B.; McDonnell, J.W.; Zhou, S.; Surosky, R.; Pierce, G.F.; Colosi, P. J. Virol., 2006, 80, 821-34.
50. Rice, G.C.; Goeddel, D.V.; Cachianes, G.; Woronicz, J.; Chen, E.Y.; Williams, S.R.; Leung, D.W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1992, 89, 5467-71.
51. Perabo, L.; Endell, J.; King, S.; Lux, K.; Goldnau, D.; Hallek, M.; Buning, H. J. Gene Med., 2006, 8, 155-62.
52. Maheshri, N.; Koerber, J.T.; Kaspar, B.K.; Schaffer, D.V. Nat. Biotechnol., 2006, 24, 198-204.
53. Moskalenko, M.; Chen, L.; van Roey, M.; Donahue, B.A.; Snyder, R.O.; McArthur, J.G.; Patel, S.D. J. Virol., 2000, 74, 1761-6.
54. Chirmule, N.; Propert, K.; Magosin, S.; Qian, Y.; Qian, R.; Wilson, J. Gene Ther., 1999, 6, 1574-83.
55. Erles, K.; Sebokova, P.; Schlehofer, J.R. J. Med. Virol., 1999, 59, 406-11.
56. Xiao, W.; Chirmule, N.; Schnell, M.A.; Tazelaar, J.; Hughes, J.V.; Wilson, J.M. Mol. Ther., 2000, 1, 323-9.
57. Wu, Z.; Asokan, A.; Samulski, R.J. Mol. Ther., 2006, 14, 316-27.
58. Rabinowitz, J.E.; Bowles, D.E.; Faust, S.M.; Ledford, J.G.; Cunningham, S.E.; Samulski, R.J. J. Virol., 2004, 78, 4421-32.
59. Muzyczka, N.; Warrington, K.H., Jr. Hum. Gene Ther., 2005, 16, 408-16.
60. Zhao, H.; Giver, L.; Shao, Z.; Affholter, J.A.; Arnold, F.H. Nat. Biotechnol., 1998, 16, 258-61.
61. Hauck, B.; Xiao, W. J. Virol., 2003, 77, 2768-74.
62. Bowles, D.E.; Rabinowitz, J.E.; Samulski, R.J. J. Virol., 2003, 77, 423-32.