Critical importance of loop conformation to avidin-enhanced hydrolysis of an active biotin ester

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography

Volumn 64, Issue 3, 2008, Pages 302-308

  Hayouka, Ruchama ^a   Eisenberg Domovich, Yael ^a   Hytönen, Vesa P ^b   Määttä, Juha A E ^b   Nordlund, Henri R ^b   Kulomaa, Markku S ^b   Wilchek, Meir ^a   Bayer, Edward A ^a   Livnah, Oded ^a  

^a HEBREW UNIVERSITY OF JERUSALEM   (Israel)

^b UNIVERSITY OF TAMPERE   (Finland)

Author keywords

Avidin; Loop conformation

Indexed keywords

AVIDIN; BIOTIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; DRUG EFFECT; HYDROLYSIS; METABOLISM; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE;

AVIDIN; BIOTIN; HYDROLYSIS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY;

EID: 40449083242     PISSN: 09074449     EISSN: 13990047     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0907444907067844     Document Type: Article

References (33)

1. Amemiya, Y., Tanaka, T., Yoza, B. & Matsunaga, T. (2005). J. Biotechnol. 120, 308-314.
2. Berman, H. M. et al. (2002). Acta Cryst. D58, 899-907.
3. Chilkoti, A., Tan, P. H. & Stayton, P. S. (1995). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 92, 1754-1758.
4. DeLano, W. L. (2002). The PyMol Molecular Graphics System. http://www.pymol.org.
5. Eisenberg-Domovich, Y., Hytönen, V. P., Wilchek, M., Bayer, E. A., Kulomaa, M. S. & Livnah, O. (2005). Acta Cryst. D61, 528-538.
6. Eisenberg-Domovich, Y., Pazy, Y., Nir, O., Raboy, B., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Livnah, O. (2004). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 101, 5916-5921.
7. Green, N. M. (1975). Adv. Protein Chem. 29, 85-133.
8. Green, N. M. (1990). Methods Enzymol. 184, 51-67.
9. Grubmuller, H. (2005). Methods Mol. Biol. 305, 493-515.
10. Hendrickson, W. A., Pahler, A., Smith, J. L., Satow, Y., Merritt, E. A. & Phizackerley, R. P. (1989). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 86, 2190-2194.
11. Huberman, T., Eisenberg-Domovich, Y., Gitlin, G., Kulik, T., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Livnah, O. (2001). J. Biol. Chem. 276, 32031-32039.
12. Hytönen, V. P., Laitinen, O. H., Airenne, T. T., Kidron, H., Meltola, N. J., Porkka, E., Hörhä, J., Paldanius, T., Määttä, J. A., Nordlund, H. R., Johnson, M. S., Salminen, T. A., Airenne, K. J., Ylä-Herttuala, S. & Kulomaa, M. S. (2004). Biochem. J. 384, 385-390.
13. Hytönen, V. P., Laitinen, O. H., Grapputo, A., Kettunen, A., Savolainen, J., Kalkkinen, N., Marttila, A. T., Nordlund, H. R., Nyholm, T. K., Paganelli, G. & Kulomaa, M. S. (2003). Biochem. J. 372, 219-225.
14. Hytönen, V. P., Maatta, J. A., Nyholm, T. K., Livnah, O., Eisenberg-Domovich, Y., Hyre, D., Nordlund, H. R., Horha, J., Niskanen, E. A., Paldanius, T., Kulomaa, T., Porkka, E. J., Stayton, P. S., Laitinen, O. H. & Kulomaa, M. S. (2005). J. Biol. Chem. 280, 10228-10233.
15. Hytönen, V. P., Nyholm, T. K., Pentikainen, O. T., Vaarno, J., Porkka, E. J., Nordlund, H. R., Johnson, M. S., Slotte, J. P., Laitinen, O. H. & Kulomaa, M. S. (2004). J. Biol. Chem. 279, 9337-9343.
16. Jones, T. A. & Kjeldgaard, M. (1997). Methods Enzymol. 277, 173-208.
17. Keinanen, R. A., Wallen, M. J., Kristo, P. A., Laukkanen, M. O., Toimela, T. A., Helenius, M. A. & Kulomaa, M. S. (1994). Eur. J. Biochem. 220, 615-621.
18. Kurzban, G. P., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Horowitz, P. M. (1991). J. Biol. Chem. 266, 14470-14477.
19. Laitinen, O. H., Airenne, K. J., Hytonen, V. P., Peltomaa, E., Mahonen, A. J., Wirth, T., Lind, M. M., Makela, K. A., Toivanen, P. I., Schenkwein, D., Heikura, T., Nordlund, H. R., Kulomaa, M. S. & Yla-Herttuala, S. (2005). Nucleic Acids Res. 33, e42.
20. Laitinen, O. H., Hytonen, V. P., Ahlroth, M. K., Pentikainen, O. T., Gallagher, C., Nordlund, H. R., Ovod, V., Marttila, A. T., Porkka, E., Heino, S., Johnson, M. S., Airenne, K. J. & Kulomaa, M. S. (2002). Biochem. J. 363, 609-617.
21. Lamzin, V. S. & Wilson, K. S. (1993). Acta Cryst. D49, 129-147.
22. Livnah, O., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Sussman, J. L. (1993). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 90, 5076-5080.
23. Murshudov, G. N., Vagin, A. A. & Dodson, E. J. (1997). Acta Cryst. D53, 240-255.
24. Otwinowski, Z. & Minor, W. (1997). Methods Enzymol. 276, 307-326.
25. Pazy, Y., Eisenberg-Domovich, Y., Laitinen, O. H., Kulomaa, M. S., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Livnah, O. (2003). J. Bacteriol. 185, 4050-4056.
26. Pazy, Y., Kulik, T., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Livnah, O. (2002). J. Biol. Chem. 277, 30892-30900.
27. Pazy, Y., Raboy, B., Matto, M., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Livnah, O. (2003). J. Biol. Chem. 278, 7131-7134.
28. Potterton, E., Briggs, P., Turkenburg, M. & Dodson, E. (2003). Acta Cryst. D59, 1131-1137.
29. Prizant, M., Eisenberg-Domovich, Y., Hytonen, V. P., Kulomaa, M. S., Wilchek, M., Bayer, E. A. & Livnah, O. (2006). J. Mol. Biol. 358, 754-763.
30. Sano, T. & Cantor, C. R. (1995). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 92, 3180-3184.
31. Stura, E. A. & Wilson, I. A. (1991). J. Cryst. Growth, 110, 270-282.
32. Tawfik, D. S. (2006). Science, 311, 475-476.
33. Wilchek, M. & Bayer, E. A. (1990). Methods Enzymol. 184, 14-45.