High-resolution crystal structure of an avidin-related protein: Insight into high-affinity biotin binding and protein stability

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography

Volumn 61, Issue 5, 2005, Pages 528-538

  Eisenberg Domovich, Yael ^a   Hytönen, Vesa P ^b   Wilchek, Meir ^c   Bayer, Edward A ^c   Kulomaa, Markku S ^b,d   Livnah, Oded ^a  

^a HEBREW UNIVERSITY OF JERUSALEM   (Israel)

^b UNIVERSITY OF JYVÄSKYLÄ   (Finland)

^c WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE   (Israel)

^d UNIVERSITY OF TAMPERE   (Finland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA (MICROORGANISMS); INSECTA;

AVIDIN; BIOTIN; STREPTAVIDIN;

ANIMAL; ARTICLE; BACTERIUM; BACULOVIRUS; CHEMISTRY; CHICKEN; CRYSTALLIZATION; GENETICS; HEAT; HYDROGEN BOND; ISOLATION AND PURIFICATION; METABOLISM; PROTEIN BINDING; PROTEIN QUATERNARY STRUCTURE; STATISTICAL ANALYSIS;

ANIMALS; AVIDIN; BACTERIA; BACULOVIRIDAE; BIOTIN; CHICKENS; CRYSTALLIZATION; DATA INTERPRETATION, STATISTICAL; HEAT; HYDROGEN BONDING; PROTEIN BINDING; PROTEIN STRUCTURE, QUATERNARY; STREPTAVIDIN;

EID: 22844445360     PISSN: 09074449     EISSN: 13990047     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0907444905003914     Document Type: Article

References (51)

1. Bayer, E. A. & Wilchek, M. (1990). J. Chromatogr. 510, 3-11.
2. Berman, H. M., Battistuz, T., Bhat, T. N., Bluhm, W. F., Bourne, P. E., Burkhardt, K., Feng, Z., Gilliland, G. L., Iype, L., Jain, S., Fagan, P., Marvin, J., Padilla, D., Ravichandran, V., Schneider, B., Thanki, N., Weissig, H., Westbrook, J. D. & Zardecki, C. (2002). Acta Cryst. D58, 899-907.
3. Bogin, O., Levin, I., Hacham, Y., Tel-Or, S., Peretz, M., Frolow, F., Burstein, Y., Korkhin, Y. & Kalb, A. J.. (2002). Protein Sci. 11, 2561-2574.
4. Bogin, O., Peretz, M., Hacham, Y., Korkhin, Y., Frolow, F., Kalb, A. J. & Burstein, Y. (1998). Protein Sci. 7, 1156-1163.
5. Chu, V., Freitag, S., Le Trong, I., Stenkamp, R. E. & Stayton, P. S. (1998). Protein Sci. 7, 848-859.
6. Criswell, A. R., Bae, E., Stec, B., Konisky, J. & Phillips, G. N. Jr (2003). J. Mol. Biol. 330, 1087-1099.
7. Delboni, L. F., Mande, S. C., Rentier-Delrue, F., Mainfroid, V., Turley, S., Vellieux, F. M., Martial, J. A. & Hol, W. G. (1995). Protein Sci. 4, 2594-2604.
8. Dodson, E. J., Winn, M. & Ralph, A. (1997). Methods Enzymol. 277, 620-633.
9. Freitag, S., Le Trong, I., Chilkoti, A., Klumb, L. A., Stayton, P. S. & Stenkamp, R. E. (1998). J. Mol. Biol. 279, 211-221.
10. Freitag, S., Le Trong, I., Klumb, L., Stayton, P. S. & Stenkamp, R. E. (1997). Protein Sci. 6, 1157-1166.
11. Gerk, L. P., Leven, O. & Muller-Hill, B. (2000). J. Mol. Biol. 299, 805-812.
12. Gonzalez, M., Argaraña, C. E. & Fidelio, G. D. (1999). Biomol. Eng. 16, 67-72.
13. Green, N. M. (1975). Adv. Protein Chem. 29, 85-133.
14. Green, N. M. (1990). Methods Enzymol. 184, 51-67.
15. Hendrickson, W. A., Pahler, A., Smith, J. L., Satow, Y., Merritt, E. A. & Phizackerley, R. P. (1989). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 86, 2190-2194.
16. Hytönen, V. P., Määtä, J. A., Nyholm, T. K., Livnah, O., Eisenberg-Domovich, Y., Hyre, D., Nordlund, H. R., Hörhä, J., Niskanen, E. A., Paldanius, T., Kulomaa, T., Porkka, E. J., Stayton, P. S., Laitinen, O. H. & Kulomaa, M. S. (2005). J. Biol. Chem. 280, 10228-10233.
17. Hytönen, V. P., Nyholm, T. K., Pentikainen, O. T., Vaarno, J., Porkka, E. J., Nordlund, H. R., Johnson, M. S., Slotte, J. P., Laitinen, O. H. & Kulomaa, M. S. (2004). J. Biol. Chem. 279, 9337-9343.
18. Ippolito, J. A., Alexander, R. S. & Christianson, D. W. (1990). J. Mol. Biol. 215, 457-471.
19. Jones, S. & Thornton, J. M. (1996). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 93, 13-20.
20. Jones, T. A. & Kjeldgaard, M. (1997). Methods Enzymol. 277, 173-208.
21. Kannan, N. & Vishveshwara, S. (2000). Protein Eng. 13, 753-761.
22. Keinanen, R. A., Wallen, M. J., Kristo, P. A., Laukkanen, M. O., Toimela, T. A., Helenius, M. A. & Kulomaa, M. S. (1994). Eur. J. Biochem. 220, 615-621.
23. Korkhin, Y., Kalb, A. J., Peretz, M., Bogin, O., Burstein, Y. & Frolow, F. (1999). Protein Sci. 8, 1241-1249.
24. Korndorfer, I. P. & Skerra, A. (2002). Protein Sci. 11, 883-893.
25. Kumar, S. & Nussinov, R. (1999). J. Mol. Biol. 293, 1241-1255.
26. Kumar, S. & Nussinov, R. (2001). Cell. Mol. Life Sci. 58, 1216-1233.
27. Kurzban, G. P., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Horowitz, P. M. (1991). J. Biol. Chem. 266, 14470-14477.
28. Laitinen, O. H., Airenne, K. J., Marttila, A. T., Kulik, T., Porkka, E., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Kulomaa, M. S. (1999). FEBS Lett. 461, 52-58.
29. Laitinen, O. H., Hytönen, V. P., Ahlroth, M. K., Pentikainen, O. T., Gallagher, C., Nordlund, H. R., Ovod, V., Marttila, A. T., Porkka, E., Heino, S., Johnson, M. S., Airenne, K. J. & Kulomaa, M. S. (2002). Biochem. J. 363, 609-617.
30. Laitinen, O. H., Marttila, A. T., Airenne, K. J., Kulik, T., Livnah, O., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Kulomaa, M. S. (2001). J. Biol. Chem. 276, 8219-8224.
31. Lamzin, V. S. & Wilson, K. S. (1993). Acta Cryst. D49, 129-149.
32. Livnah, O., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Sussman, J. L. (1993). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 90, 5076-5080.
33. Matthews, B. W., Weaver, L. H. & Kester, W. R. (1974). J. Biol. Chem. 249, 8030-8044.
34. Murshudov, G. N., Vagin, A. A. & Dodson, E. J. (1997). Acta Cryst. D53, 240-255.
35. Navaza, J. (1994). Acta Cryst. A50, 157-163.
36. Otwinowski, Z. & Minor, W. (1997). Methods Enzymol. 276, 307-326.
37. Park, S. Y., Yamane, K., Adachi, S., Shiro, Y., Weiss, K. E., Maves, S. A. & Sligar, S. G. (2002). J. Inorg. Biochem. 91, 491-501.
38. Pazy, Y., Kulik, T., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Livnah, O. (2002). J. Biol. Chem. 277, 30892-30900.
39. Pazy, Y., Raboy, B., Matto, M., Bayer, E. A., Wilchek, M. & Livnah, O. (2003). J. Biol. Chem. 278, 7131-7134.
40. Perutz, M. F. & Raidt, H. (1975). Nature (London), 255, 256-259.
41. Potterton, E., Briggs, P., Turkenburg, M. & Dodson, E. (2003). Acta Cryst. D59, 1131-1137.
42. Russell, R. J., Ferguson, J. M., Hough, D. W., Danson, M. J. & Taylor, G. L. (1997). Biochemistry, 36, 9983-9994.
43. Sano, T., Vajda, S., Smith, C. L. & Cantor, C. R. (1997). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 94, 6153-6158.
44. Scandurra, R., Consalvi, V., Chiaraluce, R., Politi, L. & Engel, P. C. (1998). Biochimie, 80, 933-941.
45. Vetriani, C., Maeder, D. L., Tolliday, N., Yip, K. S., Stillman, T. J., Britton, K. L., Rice, D. W., Klump, H. H. & Robb, F. T. (1998). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 95, 12300-12305.
46. Vieille, C. & Zeikus, G. J. (2001). Microbiol. Mol. Biol. Rev. 65, 1-43.
47. Waner, M. J., Navrotskaya, I., Bain, A., Oldham, E. D. & Mascotti, D. P. (2004). Biophys. J. 87, 2701-2713.
48. Weber, P. C., Ohlendorf, D. H., Wendoloski, J. J. & Salemme, F. R. (1989). Science, 243, 85-88.
49. Wilchek, M. & Bayer, E. A. (1990). Methods Enzymol. 184, 5-13.
50. Yip, K. S., Britton, K. L., Stillman, T. J., Lebbink, J., de Vos, W. M., Robb, F. T., Vetriani, C., Maeder, D. & Rice, D. W. (1998). Eur. J. Biochem. 255, 336-346.
51. Zuber, H. (1988). Biophys. Chem. 29, 171-179.