Using grote-hynes theory to quantify dynamical effects on the reaction rate of enzymatic processes. The case of methyltransferases

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 2, 2008, Pages 529-534

  Castillo, Raquel ^a   Roca, Maite ^b   Soriano, Alejandro ^c   Moliner, Vicente ^a   Tuñón, Iñaki ^c  

^a UNIVERSITAT JAUME I   (Spain)

^b UNIVERSITY OF SOUTHERN CALIFORNIA   (United States)

^c UNIVERSITY OF VALENCIA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CATALYSIS; COULOMB INTERACTIONS; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY;

GROTE-HYNES THEORY; METHYLTRANSFERASES; TRANSMISSION COEFFICIENT;

ENZYME ACTIVITY;

EID: 38749105097     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp077660b     Document Type: Article

References (48)

1. Warshel, A. Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions; Wiley-Interscience: New York, 1991.
2. Garcia-Viloca, M.; Gao, J.; Karplus, M.; Truhlar, D. G. Science 2004, 303, 186.
3. Villa, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7887.
4. Kollman, P. A.; Kuhn, B.; bonini, O.; Perakyla, M.; Stanton, R.; Bakowies, D. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 72.
5. Marti, S.; Roca, M.; Andres, J.; Moliner, V.; Silla, E.; Tuñón, I.; Bertran, J. Chem. Soc. Rev. 2004, 33, 98.
6. Karplus, M.; Mccammon, J. A. Annu. Rev. Biochem. 1983, 52, 263.
7. Neria, E.; Karplus, M. Chem. Phys. Lett. 1997, 267, 23.
8. Antoniou, D.; Schwartz, S. D. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5553.
9. Cui, Q. A.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7927.
10. Basran, J.; Sutcliffe, M. J.; Scrutton, N. S. Biochemistry 1999, 38, 3218.
11. Hammes-Schiffer, S. Biochemistry 2002, 41, 13335.
12. Olsson, M. H. M.; Parson, W. W.; Warshel, A. Chem. Rev. 2006, 106, 1737.
13. Warshel, A.; Chu, Z. T.; Parson, W. W. Science 1989, 246, 112.
14. Grote, R. F.; Hynes, J. T. J. Chem. Phys. 1980, 73, 2715.
15. Gertner, B. J.; Wilson, K. R.; Hynes, J. T. J. Chem. Phys. 1989, 90, 3537.
16. Hynes, J. T. The Theory of Chemical Reaction Dynamics; Baer, M., Eds.; CRC: Boca Raton: FL, 1985; Vol. IV, p 171.
17. Roca, M.; Moliner, V.; Tuñón. I.; Hynes, J. T. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6186.
18. Ruiz-Pernia, J. J.; Tuñón, I.; Moliner, V.; Hynes, J. T.; Roca. M. Manuscript in preparation.
19. Usdin, R.; Borchardt, R. T.; Creveling, C. R. Transmethylation; Elsevier-North-Holland: New York, 1979; Vol. 5.
20. Blumenstein, J.; Williams, G. R. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1960, 3, 259.
21. Roca, M.; Marti, S.; Andres, J.; Moliner, V.; Tuñón, M.; Bertran, J.; Williams, A. H. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7726.
22. Soriano, A.; Castillo, R.; Christov, C.; Andres, J.; Moliner, V.; Tuñón, I. Biochemistry 2006, 45, 14917.
23. Warshel, A.; Sharma, P. K.; Kato, M.; Xiang, Y.; Liu, H. B.; Olsson, M. H. M. Chem. Rev. 2006, 106, 3210.
24. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 718.
25. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11. 700.
26. Gao, J. L.; Xia, X. F. Science 1992, 258, 631.
27. Gao, J. L.; Truhlar, D. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 467.
28. Field, M. J.; Albe, M.; Bret, C.; Proust-De Martin, F.; Thomas, A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1088.
29. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.
30. Damm, W.; Frontera, A.; TiradoRives, J.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1955.
31. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
32. Takata, Y.; Huang, Y. F.; Komoto, J.; Yamada, T.; Konishi, K.; Ogawa, H.; Gomi, T.; Fujioka, M.; Takusagawa, F. Biochemistry 2003. 42, 8394.
33. Kim, H. J.; Hynes, J. T. J. Am. Chem. Soc. 1992. 114, 10508.
34. Andersen, H. C. J. Comput. Phys. 1983, 52, 24.
35. Verlet, L. Phys. Rev. 1967, 159, 98.
36. Roca, M.; Andres, J.; Moliner, V.; Tuñón, I.; Bertran, J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 10648.
37. Soriano, A.; Silla, E.; Tuñón, I.; Ruiz-Lopez, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1946.
38. Strnad, M.; MartinsCosta, M. T. C.; Millot, C.; Tuñón, I.; Ruiz-Lopez, M. F.; Rivail, J. L. J. Chem. Phys. 1997, 106, 3643.
39. Bergsma, J. P.; Gertner, B. J.; Wilson, K. R.; Hynes, J. T. J. Chem. Phys. 1987, 86, 1356.
40. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulations of Liquids; Oxford: Clarendon, U.K., 1989.
41. van der Zwan, G.; Hynes, J. T. J. Chem. Phys. 1982, 76, 2993.
42. van der Zwan, G.; Hynes, J. T. J. Chem. Phys. 1983, 78, 4174.
43. van der Zwan, G.; Hynes, J. T. J. Chem. Phys. 1984, 90, 21.
44. Kramers, H. A. Physica 1940, 7, 284.
45. Pu, J. Z.; Gao, J. L.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 2006, 106, 3140.
46. Schultz, E.; Nissinen, E. Biochem. Pharmacol. 1989, 38, 3953.
47. Warshel, A.; Hwang, J. K. J. Chem. Phys. 1986, 84, 4938.
48. Hwang, J. K.; Chu, Z. T.; Yadav, A.; Warshel, A. J. Phys. Chem. 1991, 95, 8445.